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- PDB-7to8: BRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 2xAcK.1 (diAcK.1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7to8
タイトルBRD3-BD1 in complex with RaPID linear peptide 2xAcK.1 (diAcK.1)
要素
  • 2xAcK.1 (diAcK.1)
  • Bromodomain-containing protein 3
キーワードTRANSCRIPTION / BET / bromodomain / RaPID / BRD3 / acetylated
機能・相同性
機能・相同性情報


lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II ...lncRNA binding / endodermal cell differentiation / protein localization to chromatin / : / molecular condensate scaffold activity / histone binding / chromatin remodeling / protein serine/threonine kinase activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site ...Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Patel, K. / Low, J.K.K. / Mackay, J.P.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1161623 オーストラリア
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: mRNA display reveals a class of high-affinity bromodomain-binding motifs that are not found in the human proteome.
著者: Low, J.K.K. / Patel, K. / Jones, N. / Solomon, P. / Norman, A. / Maxwell, J.W.C. / Pachl, P. / Matthews, J.M. / Payne, R.J. / Passioura, T. / Suga, H. / Walport, L.J. / Mackay, J.P.
履歴
登録2022年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年2月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 3
B: Bromodomain-containing protein 3
C: 2xAcK.1 (diAcK.1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1265
ポリマ－31,9423
非ポリマー1842
水4,161231
1
B: Bromodomain-containing protein 3
C: 2xAcK.1 (diAcK.1)
ヘテロ分子

A: Bromodomain-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1265
ポリマ－31,9423
非ポリマー1842
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area3150 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.842, 64.434, 53.473
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.035, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 3 / RING3-like protein


分子量: 15095.392 Da / 分子数: 2 / 断片: BD1 (UNP residues 25-147) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD3, KIAA0043, RING3L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15059
#2: タンパク質・ペプチド 2xAcK.1 (diAcK.1)


分子量: 1751.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MMT, pH 6.0, 25% w/v PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→41.05 Å / Num. obs: 43909 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 17.85 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 2114 / CC1/2: 0.94 / Rpim(I) all: 0.229 / Rrim(I) all: 0.438 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3S91

3s91


解像度: 1.5→41.05 Å / SU ML: 0.1277 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.5228
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2001 2190 4.99 %
Rwork0.177 41694 -
obs0.1781 43884 99.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→41.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2064 0 12 231 2307
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00582265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.83263061
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0459323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048386
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5912308
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.530.26531350.21762566X-RAY DIFFRACTION98.18
1.53-1.570.21631390.20162563X-RAY DIFFRACTION98.15
1.57-1.610.20571490.18952546X-RAY DIFFRACTION99.3
1.61-1.650.20621520.17912579X-RAY DIFFRACTION98.63
1.65-1.70.21641240.17792623X-RAY DIFFRACTION98.92
1.7-1.750.18771140.18282603X-RAY DIFFRACTION99.67
1.75-1.820.23471290.18352611X-RAY DIFFRACTION99.13
1.82-1.890.20471200.18282616X-RAY DIFFRACTION99.35
1.89-1.980.22351240.18672625X-RAY DIFFRACTION99.46
1.98-2.080.21781310.18422620X-RAY DIFFRACTION99.53
2.08-2.210.21271390.17682618X-RAY DIFFRACTION99.64
2.21-2.380.20731680.18372574X-RAY DIFFRACTION99.24
2.38-2.620.19241260.17922629X-RAY DIFFRACTION99.49
2.62-30.21171270.17792638X-RAY DIFFRACTION99.71
3-3.780.18751660.16352628X-RAY DIFFRACTION99.68
3.78-41.050.18141470.17032655X-RAY DIFFRACTION99.12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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