PDB-7tnb: Caulobacter segnis arene reductase (CSAR) - WT

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tnb

タイトル

Caulobacter segnis arene reductase (CSAR) - WT

要素

NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Reductase

機能・相同性

Oxidoreductase Oye-like / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FMN binding / Aldolase-type TIM barrel / oxidoreductase activity / ACETATE ION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase

機能・相同性情報

生物種

Caulobacter segnis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Garfinkle, S.E. / Jeffrey, P. / Hyster, T.K.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: An asymmetric sp 3 -sp 3 cross-electrophile coupling using 'ene'-reductases.
著者: Fu, H. / Cao, J. / Qiao, T. / Qi, Y. / Charnock, S.J. / Garfinkle, S. / Hyster, T.K.

履歴

登録	2022年1月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tnb.cif.gz	95.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tnb.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tnb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/7tnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/7tnb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6mywS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase

ヘテロ分子

40.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.470, 104.175, 144.328
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-501- HOH
2	1	AAA-502- HOH
3	1	AAA-658- HOH
4	1	AAA-703- HOH
5	1	AAA-747- HOH
6	1	AAA-748- HOH
7	1	AAA-767- HOH
8	1	AAA-788- HOH

#1: タンパク質	NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase 分子量: 39204.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Caulobacter segnis (バクテリア) 株: ATCC 21756 / DSM 7131 / JCM 7823 / NBRC 15250 / LMG 17158 / TK0059 遺伝子: Cseg_1902 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: D5VJG6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 294 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Crystal Screen #20: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000 Protein dissolved in 100 mM KPi, pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9201 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9201 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→29.68 Å / Num. obs: 33499 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.147 / R_pim(I) all: 0.06 / R_rim(I) all: 0.159 / Net I/σ(I): 12.9
反射シェル	解像度: 1.79→1.83 Å / R_merge(I) obs: 1.39 / Num. unique obs: 2315 / CC_1/2: 0.745 / R_pim(I) all: 0.589 / R_rim(I) all: 1.513 / % possible all: 97.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS	BUILT=20180808	データ削減
Aimless	0.7.3	データスケーリング
PHASER	2.8.1	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6MYW

6myw

解像度: 1.79→29.678 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.954 / WR_factor R_free: 0.161 / WR_factor R_work: 0.135 / SU B: 2.412 / SU ML: 0.071 / Average fsc free: 0.9395 / Average fsc work: 0.9441 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.106 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1859	1663	4.97 %
R_work	0.1531	31797	-
all	0.155	-	-
obs	-	33460	99.827 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.671 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.436 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	2.188 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.752 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→29.678 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2651	0	82	294	3027

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	2868
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2671
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.592	1.64	3921
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.464	1.577	6138
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.026	5	374
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.065	21.842	152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.373	15	429
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.07	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	663
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	635
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2628
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	229
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.245	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.165	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.329	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.34	1.755	1446
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.313	1.746	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.797	2.611	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.797	2.613	1811
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.867	2.058	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.767	2.016	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.024	2.992	2103
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.913	2.929	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.15	21.995	3344
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.959	21.488	3281

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.79-1.836	0.367	92	0.342	2315	X-RAY DIFFRACTION	98.0848
1.836-1.887	0.313	139	0.294	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.9576
1.887-1.941	0.285	124	0.247	2208	X-RAY DIFFRACTION	100
1.941-2.001	0.243	104	0.205	2139	X-RAY DIFFRACTION	100
2.001-2.067	0.177	104	0.154	2070	X-RAY DIFFRACTION	100
2.067-2.139	0.174	98	0.133	2032	X-RAY DIFFRACTION	100
2.139-2.22	0.185	98	0.127	1966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.31	0.152	94	0.126	1860	X-RAY DIFFRACTION	100
2.31-2.413	0.166	83	0.127	1814	X-RAY DIFFRACTION	100
2.413-2.53	0.18	92	0.121	1711	X-RAY DIFFRACTION	100
2.53-2.667	0.166	98	0.126	1641	X-RAY DIFFRACTION	100
2.667-2.829	0.176	84	0.123	1563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.829-3.024	0.155	82	0.132	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.024-3.265	0.156	68	0.128	1369	X-RAY DIFFRACTION	100
3.265-3.576	0.175	81	0.128	1272	X-RAY DIFFRACTION	100
3.576-3.997	0.129	63	0.122	1142	X-RAY DIFFRACTION	100
3.997-4.613	0.144	58	0.127	1018	X-RAY DIFFRACTION	100
4.613-5.644	0.174	40	0.191	890	X-RAY DIFFRACTION	100
5.644-7.958	0.3	39	0.226	703	X-RAY DIFFRACTION	100
7.958-29.678	0.32	22	0.219	407	X-RAY DIFFRACTION	97.7221

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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