[日本語] English
万見
- PDB-7tn4: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tn4
タイトルDiphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 (DIPP1/NUDT3) in complex with 3-diphosphoinositol 1,2,4,5-tetrakisphosphate (3-PP-IP4), Mg and Fluoride ion
要素Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / inositol pyrophosphate / signal transduction / NUDT3
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process ...inositol diphosphate pentakisphosphate diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate catabolic process / inositol diphosphate tetrakisphosphate diphosphatase activity / endopolyphosphatase / diadenosine polyphosphate catabolic process / 5'-(N7-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase / bis(5'-adenosyl)-hexaphosphatase activity / diadenosine pentaphosphate catabolic process / diadenosine hexaphosphate catabolic process / adenosine 5'-(hexahydrogen pentaphosphate) catabolic process / endopolyphosphatase activity / inositol-3,5-bisdiphosphate-2,3,4,6-tetrakisphosphate 5-diphosphatase activity / diphosphoinositol polyphosphate metabolic process / RNA decapping / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase activity / inositol-5-diphosphate-1,2,3,4,6-pentakisphosphate diphosphatase activity / 5'-(N(7)-methyl 5'-triphosphoguanosine)-[mRNA] diphosphatase activity / bis(5'-adenosyl)-pentaphosphatase activity / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / Synthesis of pyrophosphates in the cytosol / diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase / 5'-(N7-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase / 5'-(N(7)-methylguanosine 5'-triphospho)-[mRNA] hydrolase activity / cell-cell signaling / manganese ion binding / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLUORIDE ION / Chem-ZM2 / Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZIAES080046-31 米国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2022
タイトル: Structural and catalytic analyses of the InsP 6 kinase activities of higher plant ITPKs.
著者: Zong, G. / Shears, S.B. / Wang, H.
履歴
登録2022年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3208
ポリマ－19,4971
非ポリマー8237
水2,414134
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, SDS-PAGE
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area7410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.149, 59.743, 62.769
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Diphosphoinositol polyphosphate phosphohydrolase 1 / DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked ...DIPP-1 / Diadenosine 5' / 5'''-P1 / P6-hexaphosphate hydrolase 1 / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 3 / Nudix motif 3


分子量: 19496.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT3, DIPP, DIPP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O95989, diphosphoinositol-polyphosphate diphosphatase, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用

-
非ポリマー , 5種, 141分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド


分子量: 18.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: F / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-ZM2 / (1R,2S,3R,4R,5S,6S)-4-hydroxy-2,3,5,6-tetrakis(phosphonooxy)cyclohexyl trihydrogen diphosphate


分子量: 660.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 10% w/v PEG8000, 10% v/v isopropanol, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 5 mM IP6, soaked in 200 mM lithium chloride, 20% w/v PEG8000, 20% v/v isopropanol, 100 mM sodium ...詳細: 10% w/v PEG8000, 10% v/v isopropanol, 200 mM lithium sulfate, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 5 mM IP6, soaked in 200 mM lithium chloride, 20% w/v PEG8000, 20% v/v isopropanol, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 20 mM magnesium chloride, 100 mM sodium fluoride in presence of ZmITPK1 reaction solution with 1,2,3,4,5-IP5
PH範囲: 4-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 14853 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.122 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 165071
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.85-1.889.90.387260.9820.1220.3990.87298.4
1.88-1.929.90.3537280.980.1140.3710.92799.9
1.92-1.95100.3047290.9820.0980.320.92799.3
1.95-1.9910.20.2887160.9680.0930.3030.92699.3
1.99-2.049.90.2647250.9890.0860.2780.99699.3
2.04-2.089.10.2427290.9880.0820.2560.9899.9
2.08-2.148.70.2287270.9560.080.2420.94698.4
2.14-2.1911.20.2117290.9930.0650.2220.926100
2.19-2.2612.30.1877420.9910.0560.1951.001100
2.26-2.3312.80.1647440.9950.0490.1710.972100
2.33-2.4112.80.1547280.9940.0460.1610.948100
2.41-2.5112.70.1517370.9960.0450.1580.914100
2.51-2.6312.60.147470.990.0410.1460.927100
2.63-2.7612.40.1277390.9950.0370.1320.896100
2.76-2.9412.10.1177370.9950.0350.1220.91100
2.94-3.1611.60.1037580.9920.0320.1080.862100
3.16-3.4811.40.0977550.9950.030.1010.90599.2
3.48-3.999.10.17400.9930.0330.1060.95797.4
3.99-5.0211.70.0927810.9940.0270.0960.848100
5.02-5011.70.1058360.9870.0330.110.81499.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 6wo7

6wo7


解像度: 1.85→31.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 2.432 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2173 658 4.8 %RANDOM
Rwork0.1825 ---
obs0.1841 12918 90.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 58.6 Å2 / Biso mean: 19.449 Å2 / Biso min: 9.33 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2--0.04 Å2-0 Å2
3----0.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→31.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1086 0 42 134 1262
Biso mean--24.64 27.75 -
残基数----134
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0181058
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9361.6921593
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4361.5952458
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.475141
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.6921.17668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9815203
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.931511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02255
LS精密化 シェル解像度: 1.853→1.901 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 28 -
Rwork0.192 680 -
all-708 -
obs--65.13 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る