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- PDB-7tn3: Crystal structure of Zea mays Inositol-tetrakisphosphate Kinase 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tn3
タイトルCrystal structure of Zea mays Inositol-tetrakisphosphate Kinase 1 mutant (ZmITPK1-F189A/H192A)
要素Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 1
キーワードTRANSFERASE / ATP-grasp / inositol phosphate / kinase / signal transduction
機能・相同性
機能・相同性情報


inositol-hexakisphosphate 5-kinase / inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / inositol-1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase / inositol-3,4,5,6-tetrakisphosphate 1-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity ...inositol-hexakisphosphate 5-kinase / inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / inositol-1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase / inositol-3,4,5,6-tetrakisphosphate 1-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 6-kinase activity / inositol-1,3,4-trisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 3-phosphatase activity / myo-inositol hexakisphosphate biosynthetic process / inositol hexakisphosphate 5-kinase activity / inositol-1,3,4,5-tetrakisphosphate 6-kinase activity / seed development / inositol trisphosphate metabolic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase, N-terminal / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase pre-ATP-grasp domain / Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase, ATP-grasp domain / Inositol 1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase ATP-grasp domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zong, G. / Wang, H. / Shears, S.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1ZI AES080046-31 米国
引用ジャーナル: Faseb J. / 年: 2022
タイトル: Structural and catalytic analyses of the InsP 6 kinase activities of higher plant ITPKs.
著者: Zong, G. / Shears, S.B. / Wang, H.
履歴
登録2022年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2052
ポリマ－37,1691
非ポリマー351
水61334
1
A: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 1
ヘテロ分子

A: Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4094
ポリマ－74,3392
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area3070 Å2
ΔGint-40 kcal/mol
Surface area24340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.594, 98.594, 202.571
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Inositol-tetrakisphosphate 1-kinase 1 / Inositol 1 / 3 / 4-trisphosphate 5/6-kinase 1 / Inositol-triphosphate 5/6-kinase 1 / Ins(1 / 4)P(3) ...Inositol 1 / 3 / 4-trisphosphate 5/6-kinase 1 / Inositol-triphosphate 5/6-kinase 1 / Ins(1 / 4)P(3) 5/6-kinase 1 / Low phytic acid protein 2 / ZmIpk


分子量: 37169.281 Da / 分子数: 1 / 変異: F189A/H192A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ITPK1, LPA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q84Y01, inositol-tetrakisphosphate 1-kinase, inositol-1,3,4-trisphosphate 5/6-kinase
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 12% PEG3350, 100 mM HEPES, pH 7.0, 200 mM calicum acetate, 10% glycerol
PH範囲: 7-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 13583 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 23.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.099 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 10.7 / Num. measured all: 323556
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.9-2.9525.60.9656360.9630.1930.9850.88100
2.95-325.10.8956760.9450.1810.9130.905100
3-3.0624.50.8046510.9480.1650.8210.899100
3.06-3.1223.80.7036530.970.1460.7180.905100
3.12-3.1921.50.5186610.9760.1140.530.928100
3.19-3.2724.40.4366680.980.0890.4450.959100
3.27-3.3526.50.3376590.9940.0660.3430.954100
3.35-3.4426.30.2726690.9930.0540.2780.978100
3.44-3.5426.30.2216630.9970.0440.2261.041100
3.54-3.65260.1856700.9970.0370.1891.17100
3.65-3.7825.40.1446750.9950.0290.1471.063100
3.78-3.9425.20.1316690.9970.0270.1341.09699.9
3.94-4.1124.30.1076670.9970.0230.1091.11299.6
4.11-4.3323.20.0896770.9980.0190.0911.08999.7
4.33-4.620.70.0756770.9970.0180.0771.03199.7
4.6-4.9619.80.0646860.9980.0160.0660.97599.4
4.96-5.4623.40.0656910.9990.0150.0671.01299.7
5.46-6.2423.70.0657050.9980.0140.0660.96399.9
6.24-7.8622.30.0627230.9980.0140.0631.029100
7.86-5019.60.078070.9870.0170.0721.43499.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→49.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.899 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.851 / SU B: 12.547 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.522 / ESU R Free: 0.352 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2803 654 5.1 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.2316 12186 94.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 165.94 Å2 / Biso mean: 50.937 Å2 / Biso min: 12.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0.07 Å2-0 Å2
2---0.13 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2081 0 1 34 2116
Biso mean--27.65 39.93 -
残基数----268
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172054
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9661.6342917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2321.5714734
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.1875267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.45520.833108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.6415336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9551516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02465
LS精密化 シェル解像度: 2.902→2.977 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 25 -
Rwork0.285 522 -
all-547 -
obs--56.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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