[日本語] English
万見
- PDB-7tmv: Crystal structure of a Putative structural protein from Klebsiell... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tmv
タイトルCrystal structure of a Putative structural protein from Klebsiella pneumoniae
要素Putative structural protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / structural protein / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性Protein of unknown function DUF892, YciF-like / Domain of unknown function (DUF892) / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Putative structural protein
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a Putative structural protein from Klebsiella pneumoniae
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Tillery, L. / Shek, R. / Craig, J.K. / Barrett, L.K. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2022年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative structural protein
B: Putative structural protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8226
ポリマ－38,5602
非ポリマー2624
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area13230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.227, 104.652, 45.889
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 11 through 33 or (resid 34...
21(chain B and (resid 11 or (resid 12 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETTHRTHR(chain A and (resid 11 through 33 or (resid 34...AA11 - 3311 - 33
12ARGARGARGARG(chain A and (resid 11 through 33 or (resid 34...AA3434
13METMETLYSLYS(chain A and (resid 11 through 33 or (resid 34...AA11 - 16911 - 169
14METMETLYSLYS(chain A and (resid 11 through 33 or (resid 34...AA11 - 16911 - 169
15METMETLYSLYS(chain A and (resid 11 through 33 or (resid 34...AA11 - 16911 - 169
16METMETLYSLYS(chain A and (resid 11 through 33 or (resid 34...AA11 - 16911 - 169
21METMETMETMET(chain B and (resid 11 or (resid 12 and (name...BB1111
22LYSLYSLYSLYS(chain B and (resid 11 or (resid 12 and (name...BB1212
23ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 11 or (resid 12 and (name...BB10 - 16410 - 164
24ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 11 or (resid 12 and (name...BB10 - 16410 - 164
25ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 11 or (resid 12 and (name...BB10 - 16410 - 164
26ASNASNGLYGLY(chain B and (resid 11 or (resid 12 and (name...BB10 - 16410 - 164

-
要素

#1: タンパク質 Putative structural protein


分子量: 19279.934 Da / 分子数: 2 / 断片: KlpnC.20486.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_20300 / プラスミド: KlpnC.20486.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3GMY9
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.52 % / Mosaicity: 0.13 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus F1: 12% (v/v) PEG 500 MME, 6% (w/v) PEG 20,000, 0.05 M imidazole, 0.05 M MES, 0.02 M each of D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose and N-acetyl-D-glucosamine, KlpnC. ...詳細: Morpheus F1: 12% (v/v) PEG 500 MME, 6% (w/v) PEG 20,000, 0.05 M imidazole, 0.05 M MES, 0.02 M each of D-glucose, D-mannose, D-galactose, L-fucose, D-xylose and N-acetyl-D-glucosamine, KlpnC.20486.a.B1.PW39078 at 5 mg/mL, Tray: plate 12355 well F1 drop 1, Puck: PSL1206, Cryo: direct

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→62.23 Å / Num. obs: 13864 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 42.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 9.8 / Num. measured all: 88737 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.386.81.112900613270.7151.999.9
8.91-62.235.70.04315892810.99926.696.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GS4

2gs4


解像度: 2.3→52.33 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2669 642 4.65 %
Rwork0.2255 13171 -
obs0.2275 13813 99.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.85 Å / VDWプローブ半径: 1.22 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 109.92 Å2 / Biso mean: 52.2841 Å2 / Biso min: 28.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→52.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2317 0 4 29 2350
Biso mean--72.55 43.77 -
残基数----314
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1312X-RAY DIFFRACTION6.194TORSIONAL
12B1312X-RAY DIFFRACTION6.194TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.480.34061190.270925962715100
2.48-2.730.32971290.274325832712100
2.73-3.120.28621270.263826122739100
3.12-3.930.29441260.216526472773100
3.93-52.330.21961410.19852733287498
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.816 Å / Origin y: 25.442 Å / Origin z: 14.243 Å
111213212223313233
T0.3065 Å2-0.0157 Å20.0305 Å2-0.2583 Å2-0.1191 Å2--0.3548 Å2
L2.4144 °20.7923 °20.044 °2-2.2309 °2-0.6538 °2--1.4132 °2
S0.021 Å °-0.2217 Å °0.6233 Å °0.0434 Å °-0.0044 Å °0.1491 Å °-0.0022 Å °0.0684 Å °-0.0087 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 11:169 OR RESID 201:202 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 10:164 OR RESID 201:202 ) )A11 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 11:169 OR RESID 201:202 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 10:164 OR RESID 201:202 ) )A201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 11:169 OR RESID 201:202 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 10:164 OR RESID 201:202 ) )B10 - 164
4X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND ( RESID 11:169 OR RESID 201:202 ) ) OR ( CHAIN B AND ( RESID 10:164 OR RESID 201:202 ) )B201 - 202

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る