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- PDB-7tmd: Crystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Klebsiel... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tmd
タイトルCrystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Klebsiella pneumoniae
要素Ornithine carbamoyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Ornithine carbamoyltransferase / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine carbamoyltransferase / ornithine carbamoyltransferase activity / citrulline biosynthetic process / arginine biosynthetic process via ornithine / amino acid binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ornithine carbamoyltransferase / Ornithine/putrescine carbamoyltransferase / Aspartate and ornithine carbamoyltransferases signature. / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn-binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase superfamily / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, Asp/Orn binding domain / Aspartate/ornithine carbamoyltransferase, carbamoyl-P binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / IODIDE ION / ornithine carbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Ornithine carbamoyltransferase from Klebsiella pneumoniae
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. / Tillery, L. / Shek, R. / Craig, J.K. / Barrett, L.K. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase
C: Ornithine carbamoyltransferase
D: Ornithine carbamoyltransferase
E: Ornithine carbamoyltransferase
F: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)225,7549
ポリマ－225,4676
非ポリマー2873
水9,080504
1
A: Ornithine carbamoyltransferase
B: Ornithine carbamoyltransferase
C: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9405
ポリマ－112,7333
非ポリマー2072
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6410 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area35630 Å2
手法PISA
2
D: Ornithine carbamoyltransferase
E: Ornithine carbamoyltransferase
F: Ornithine carbamoyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,8134
ポリマ－112,7333
非ポリマー801
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6490 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area34730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.093, 154.714, 150.557
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MI121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

IOD

21A-592-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Ornithine carbamoyltransferase


分子量: 37577.824 Da / 分子数: 6 / 断片: KlpnC.00088.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_05120 / プラスミド: KlpnC.00088.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3GHJ1, ornithine carbamoyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 504 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Morpheus B10: 12% (v/v) Ethylene glycol: 6 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M (Sodium HEPES: MOPS (acid)), 0.03M Sodium fluoride: 0.03M Sodium bromide: 0.03M Sodium iodide: KlpnC.00088.a.B1.PS38685 at ...詳細: Morpheus B10: 12% (v/v) Ethylene glycol: 6 % (w/v) PEG 8000, 0.1 M (Sodium HEPES: MOPS (acid)), 0.03M Sodium fluoride: 0.03M Sodium bromide: 0.03M Sodium iodide: KlpnC.00088.a.B1.PS38685 at 24.8 mg/mL, Tray: plate 12314 well B10 drop 1, Puck: PSL1108, Cryo: direct

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→48.79 Å / Num. obs: 88612 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 28.71 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 312992 / Scaling rejects: 343
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
2.35-2.393.60.5441650545690.7872.598.9
12.66-48.793.50.05421266000.98516.298.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.20_4474精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DUV

1duv


解像度: 2.35→47.54 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 4410 4.98 %
Rwork0.1713 84119 -
obs0.1747 88529 97.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 125.81 Å2 / Biso mean: 35.0523 Å2 / Biso min: 12.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→47.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15037 0 5 504 15546
Biso mean--33.02 33.19 -
残基数----1978
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.380.29741590.21692818297799
2.38-2.40.30061620.22442789295199
2.4-2.430.36031210.22432860298199
2.43-2.460.28781090.2152841295099
2.46-2.50.30481490.20552827297699
2.5-2.530.23731420.20342789293199
2.53-2.570.28091600.19682814297499
2.57-2.610.26981690.2032795296499
2.61-2.650.2911670.19872801296898
2.65-2.690.27421320.1972795292798
2.69-2.740.3041400.20072816295698
2.74-2.790.33211230.20522696281994
2.79-2.840.25561270.20242600272791
2.84-2.90.24351310.20012865299699
2.9-2.960.28671340.20012846298099
2.96-3.030.27661620.19132820298299
3.03-3.110.27482110.18452760297199
3.11-3.190.27221710.17712806297799
3.19-3.280.26241580.18332848300699
3.28-3.390.28841750.18982802297799
3.39-3.510.23321380.16962847298599
3.51-3.650.23541520.16172839299199
3.65-3.820.2251100.14792872298299
3.82-4.020.18451460.142769291597
4.02-4.270.19521470.13292606275392
4.27-4.60.17661330.12362887302099
4.6-5.060.17371790.12712829300899
5.06-5.790.21051350.15082883301899
5.79-7.290.20041350.17342858299398
7.29-47.540.20751330.1662741287493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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