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- PDB-7tm8: Crystal structure of Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tm8
タイトルCrystal structure of Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein from Klebsiella pneumoniae
要素Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein
キーワードTRANSFERASE / Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


adenosylcobinamide kinase / : / : / adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase / cobinamide phosphate guanylyltransferase activity / cobalamin biosynthetic process / GTP binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Cobinamide kinase/cobinamide phosphate guanyltransferase / Cobinamide kinase / cobinamide phosphate guanyltransferase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein from Klebsiella pneumoniae
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Tillery, L. / Shek, R. / Craig, J.K. / Barrett, L.K. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2022年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein
B: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein
C: Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,06010
ポリマ－62,3873
非ポリマー6727
水9,224512
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5990 Å2
ΔGint-149 kcal/mol
Surface area20990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.138, 63.279, 131.599
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bifunctional adenosylcobalamin biosynthesis protein


分子量: 20795.762 Da / 分子数: 3 / 断片: KlpnC.20504.a.B1 / 変異: A75E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae subsp. pneumoniae HS11286 (肺炎桿菌)
株: HS11286 / 遺伝子: KPHS_42470 / プラスミド: KlpnC.20504.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0H3GSH0, adenosylcobinamide kinase, adenosylcobinamide-phosphate guanylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 % / Mosaicity: 0.11 °
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Index A4: 2.0 M Ammonium sulfate, 0.1 M BIS-TRIS, KlpnC.20504.a.B1.PW39083 at 40 mg/mL, Tray: plate 12369 well A4 drop 1, Puck: PSL0616, Cryo: 80% crystallant + 20% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.984 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.984 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→65.8 Å / Num. obs: 64185 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 21.11 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 381328 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.65-1.696.20.8422914846850.7470.3650.9192.399.9
7.38-65.85.10.03942968420.9990.0170.04331.799.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.32 Å45.61 Å
Translation3.32 Å45.61 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.7データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.2_4158精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1C9K

1c9k


解像度: 1.65→45.56 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.205 3088 4.82 %
Rwork0.1766 60988 -
obs0.1779 64076 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.55 Å2 / Biso mean: 25.8344 Å2 / Biso min: 12.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→45.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3792 0 35 512 4339
Biso mean--31.66 35.29 -
残基数----502
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.680.25441360.227927412877100
1.68-1.70.27361340.226627282862100
1.7-1.730.27071360.22327292865100
1.73-1.760.2721100.222127932903100
1.76-1.80.28841630.226426942857100
1.8-1.830.27781370.226827582895100
1.83-1.870.21941380.204927452883100
1.87-1.920.22641310.183927752906100
1.92-1.970.18051200.17472750287099
1.97-2.020.1671120.17672736284899
2.02-2.080.18881550.162527622917100
2.08-2.150.21071360.170727562892100
2.15-2.220.20441550.166727302885100
2.22-2.310.19641300.165827932923100
2.31-2.420.20581220.165628012923100
2.42-2.540.20611310.172427732904100
2.54-2.70.21791730.179327532926100
2.7-2.910.20441560.18142752290899
2.91-3.210.19671640.179127932957100
3.21-3.670.18821310.157628302961100
3.67-4.620.18291370.150328612998100
4.62-45.560.20471810.19392935311699
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.3948-0.06450.09410.72470.07160.95890.0234-0.0727-0.11660.09-0.00550.08680.1224-0.0372-0.02220.1703-0.01390.00720.13390.00270.134-20.4197-1.39783.0016
20.97530.07810.11421.06820.18151.3620.00540.05620.1088-0.0317-0.03130.124-0.0808-0.10620.03780.15180.0003-0.00180.14220.00910.1518-18.45819.4506-20.1661
31.39130.03910.11111.3362-0.00840.6868-0.01450.1635-0.0188-0.11010.0311-0.08640.05680.1248-0.02020.16850.0097-0.00710.1905-0.00330.12612.8177-3.356-18.4663
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid -1 through 181)A-1 - 181
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -2 through 181)B-2 - 181
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid -2 through 181)C-2 - 181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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