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- PDB-7tl3: Crystal Structure of Yeast p58C Multi-Tyrosine Mutant 5YF431 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tl3
タイトルCrystal Structure of Yeast p58C Multi-Tyrosine Mutant 5YF431
要素DNA primase large subunit
キーワードREPLICATION / 4Fe-4S cluster / DNA binding
機能・相同性IRON/SULFUR CLUSTER / :
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.066 Å
データ登録者Blee, A.M. / Salay, L.E. / Chazin, W.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM118089 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)CA009582 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM80320 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Modification of the 4Fe-4S Cluster Charge Transport Pathway Alters RNA Synthesis by Yeast DNA Primase.
著者: Salay, L.E. / Blee, A.M. / Raza, M.K. / Gallagher, K.S. / Chen, H. / Dorfeuille, A.J. / Barton, J.K. / Chazin, W.J.
履歴
登録2022年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA primase large subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8714
ポリマ－23,2831
非ポリマー5883
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.044, 51.097, 90.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DNA primase large subunit


分子量: 23283.309 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal domain / 変異: Y352F, Y353F, Y395F, Y397F, Y431F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3693 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7I9C0U2
#2: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein drops contained 20 mM HEPES (pH 6.8), 75 mM NaCl, 2 mM DTT mixed with equal volume of 100 mM TRIS (pH 8.5) and 55-70% MPD.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30.359 Å / Num. obs: 11722 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.146 / Rpim(I) all: 0.078 / Rrim(I) all: 0.166 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.05-2.123.40.47310110.8870.2720.5491.06885
2.12-2.213.80.40911040.9320.2260.4691.05394
2.21-2.314.30.42111520.9310.2250.4790.9997.5
2.31-2.434.90.39911800.9550.1990.4481.04399.6
2.43-2.585.30.34212020.9440.1680.3830.99299.9
2.58-2.785.50.27811850.970.1340.310.99899.7
2.78-3.065.50.21312070.9810.1050.2381.01699.9
3.06-3.55.40.15812100.9720.080.1780.92999.8
3.5-4.415.30.10612290.9840.0550.120.93198.9
4.41-304.50.10412420.9790.0610.1221.0593.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4.97 Å30.36 Å
Translation4.97 Å30.36 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6DTZ

6dtz


解像度: 2.066→30.359 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2767 1165 9.99 %
Rwork0.2356 10492 -
obs0.2397 11657 96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.3 Å2 / Biso mean: 42.8526 Å2 / Biso min: 26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.066→30.359 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 24 19 1525
Biso mean--49.48 41.9 -
残基数----184
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031571
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4942126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.3291271
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003270
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0663-2.16040.37921200.2919109482
2.1604-2.27420.32991390.2662125394
2.2742-2.41670.30531500.2654133799
2.4167-2.60310.29621480.24661337100
2.6031-2.86490.31211490.25411350100
2.8649-3.27910.31541500.247135599
3.2791-4.12960.25981550.207138799
4.1296-30.3590.23361540.2257137994
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.3149 Å / Origin y: 24.6325 Å / Origin z: 14.3569 Å
111213212223313233
T0.5137 Å20.0399 Å20.0349 Å2-0.2196 Å2-0.0003 Å2--0.2246 Å2
L0.9952 °20.205 °2-0.6584 °2-0.8363 °20.0969 °2--1.8915 °2
S0.0211 Å °0.1203 Å °0.0559 Å °-0.1013 Å °-0.0703 Å °-0.0077 Å °0.0754 Å °-0.0284 Å °0.0647 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA316 - 512
2X-RAY DIFFRACTION1allC1
3X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 19

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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