PDB-7tkx: Crystal structure of R14A human Galectin-7 mutant in presence of ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tkx

タイトル

Crystal structure of R14A human Galectin-7 mutant in presence of 4-O-beta-D-Galactopyranosyl-D-glucose

要素

Galectin-7

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / human galectin-7 / dimer interface mutant / lactose

機能・相同性

機能・相同性情報

Differentiation of keratinocytes in interfollicular epidermis in mammalian skin / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / carbohydrate binding / apoptotic process / extracellular space / extracellular exosome / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.

資金援助

6件

組織	認可番号	国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN 2016-05557
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01GM105978
Other government	Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQ-S) - Research Scholar Senior Career Award (281993)
Other government	Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQ-S) - Junior 1 (251848)
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)	RGPIN-2017-06091
Other government	Fonds de Recherche du Quebec - Sante (FRQ-S) - Doctoral Training scholarship (287239)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of R14A human Galectin-7 mutant in presence of 4-O-beta-D-Galactopyranosyl-D-glucose
著者: Pham, N.T.H. / Calmettes, C. / Doucet, N.

履歴

登録	2022年1月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tkx.cif.gz	172.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tkx.ent.gz	138 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tkx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tkx_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tkx_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7tkx_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	7tkx_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/7tkx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/7tkx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4galS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-7

B: Galectin-7

ヘテロ分子

30.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	30.250, 76.380, 111.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Galectin-7 / Gal-7 / HKL-14 / PI7 / p53-induced gene 1 protein 分子量: 14879.734 Da / 分子数: 2 / 変異: R14A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS7, PIG1, LGALS7B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P47929
#2: 化合物	ChemComp-LBL / (2~{R},3~{R},4~{R},5~{R})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2,3,5, 6-tetrakis(oxidanyl)hexanal / 4-O-beta-D-Galactopyranosyl-D-glucose / D-ラクト-ス分子量: 342.296 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₂O₁₁ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化	温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M NaCl, 0.1 M Tris pH 8, 20 % PEG 6000, 10% Glycerol Temp details: Room temperature

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.0332 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2019年2月19日 / 詳細: 16 tiled fiber-optic tapers

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0332 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→36.12 Å / Num. obs: 23270 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 17.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.83-1.9	7.4	0.749	3	2241	0.828	0.294	0.805	95.8
1.9-1.97	7.3	0.452	4.9	2295	0.936	0.179	0.487	100
1.97-2.06	7.4	0.309	6.9	2242	0.962	0.122	0.332	96.8
2.06-2.17	7.3	0.214	9.4	2279	0.982	0.085	0.23	97.7
2.17-2.31	7.3	0.157	12.3	2316	0.99	0.063	0.169	99.6
2.31-2.48	7.3	0.123	14.9	2300	0.994	0.049	0.133	98.8
2.48-2.73	7.2	0.091	19	2339	0.996	0.037	0.098	98.7
2.73-3.13	7.1	0.061	25.9	2336	0.998	0.025	0.066	98.9
3.13-3.94	7	0.041	36.1	2388	0.999	0.017	0.044	99.6
3.94-33.38	6.7	0.038	39	2534	0.998	0.016	0.041	99.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	5.97 Å	44.98 Å
Translation	5.97 Å	44.98 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.7.12	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4gal

4gal

解像度: 1.83→36.12 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2134	1561	6.71 %
R_work	0.1686	21703	-
obs	0.1716	23264	98.53 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.02 Å² / B_iso mean: 26.5402 Å² / B_iso min: 8.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.83→36.12 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2084	0	144	233	2461
B_iso mean	-	-	37.84	33.59	-
残基数	-	-	-	-	267

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2227
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.289	3023
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.377	820
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	403

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.83-1.89	0.2741	137	0.2647	1906	2043	96
1.89-1.96	0.2435	139	0.1895	1932	2071	100
1.96-2.03	0.2481	136	0.1802	1896	2032	97
2.04-2.13	0.1987	140	0.1748	1952	2092	100
2.13-2.24	0.2252	140	0.1725	1932	2072	98
2.24-2.38	0.2306	140	0.1684	1946	2086	98
2.38-2.56	0.223	142	0.1666	1984	2126	99
2.56-2.82	0.1997	142	0.173	1975	2117	99
2.82-3.23	0.211	144	0.1599	1985	2129	99
3.23-4.07	0.1864	146	0.135	2038	2184	100
4.07-36.12	0.214	155	0.1787	2157	2312	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0406	-0.0413	-0.061	0.1721	-0.0736	0.2288	-0.0457	-0.2482	0.0215	0.1072	0.0432	-0.0111	0.0195	-0.0148	0.0002	0.1437	0.0147	0.0037	0.2025	0.0011	0.1425	-10.0685	2.8268	7.3311
2	0.3089	0.4447	0.0572	1.0562	-0.4959	0.8257	-0.1287	-0.3859	0.6166	0.0123	0.2335	0.0489	-0.4853	-0.12	0.6186	0.2447	0.018	0.0019	0.2755	-0.0978	0.2321	-12.0175	11.3723	7.7941
3	0.0167	-0.0207	0.0074	0.025	-0.0097	0.0074	-0.0783	-0.2632	0.0791	0.0801	-0.0391	0.2392	-0.0566	-0.3548	-0	0.206	-0.001	0.0105	0.1887	0.0217	0.2394	-16.4128	-5.7058	0.0815
4	0.6349	0.136	-0.4174	0.324	-0.254	0.7792	0.0084	-0.0942	0.0321	0.0243	-0.0497	-0.0723	0.0112	-0.023	-0.0002	0.1463	0.0109	-0.0006	0.1523	-0.0056	0.1384	-6.0176	3.1609	-3.0617
5	0.1282	0.0162	0.0739	0.0311	0.0473	0.0915	-0.0337	0.3063	-0.2468	-0.1348	0.014	-0.1624	0.2111	-0.1155	-0.0013	0.1494	-0.023	-0.0012	0.1599	-0.0239	0.2231	-14.5259	0.5454	-28.0693
6	0.3286	0.0087	0.2135	0.0017	-0.0022	0.1728	-0.0388	0.0128	-0.033	0.0642	-0.0301	0.1306	0.0355	-0.1249	-0.0004	0.1435	0.0034	0.0061	0.1234	-0.0085	0.1345	-5.1283	-1.6372	-25.5207
7	0.2367	0.2085	0.0984	0.1836	0.0866	0.0408	0.0506	0.0667	-0.107	-0.0342	0.1127	0.0732	0.1321	0.093	0.3166	0.4133	-0.0006	-0.2934	0.5441	0.0205	0.6241	-12.9825	7.8369	-38.2662
8	0.2344	0.1245	0.1019	0.0997	0.073	0.4814	-0.083	0.1131	0.0281	-0.0774	0.036	-0.0304	-0.0003	-0.0371	-0.001	0.1139	0.0004	-0.0011	0.1133	0.0077	0.1141	2.2035	3.6763	-33.6777
9	0.233	0.0171	0.1874	0.1328	0.1401	0.3427	-0.0258	-0.0513	-0.0628	0.0429	0.0264	-0.055	0.0288	0.0669	-0.0007	0.1133	0.0056	0.0034	0.0944	-0.0046	0.1109	3.7483	-0.4737	-21.7701
10	0.2085	-0.1104	-0.1755	0.1363	0.0379	0.1834	0.035	0.0354	0.0215	0.0191	-0.0082	0.0452	-0.0323	0.0018	-0	0.1324	-0.0129	-0.001	0.1358	0.0074	0.1751	-5.7895	5.9279	-28.0734
11	0.1126	0.0223	-0.0904	0.0274	0.0042	0.092	0.0839	-0.0897	-0.2067	0.161	-0.0412	0.0903	0.1632	-0.0523	0.0553	0.1801	-0.0297	0.0011	0.1338	-0.0378	0.2121	-11.11	-4.1382	-19.3351
12	0.1694	0.0913	-0.0726	0.086	0.0287	0.1896	0.0721	-0.2801	-0.1896	-0.0567	0.0464	-0.0019	-0.01	-0.0078	0.0171	0.1806	-0.0056	-0.0405	0.2338	0.0587	0.305	5.029	-0.006	3.639
13	0.3314	-0.2429	0.2995	0.3334	-0.2664	0.3068	-0.0779	-0.1566	-0.0894	0.0387	-0.1173	-0.1731	0.0556	0.1093	-0.0728	0.1518	0.0075	0.0145	0.1645	0.0151	0.1293	-3.486	-1.429	0.0283
14	0.0191	-0.0037	0.0256	0.0144	-0.0104	0.0369	-0.0663	-0.2876	0.1449	0.2276	-0.1266	-0.3183	-0.2377	0.2589	0	0.2427	0.0001	-0.0342	0.2851	-0.0007	0.2298	1.711	10.3085	6.0825

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resid 42:60)	B	42 - 60
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 61:74)	B	61 - 74
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain B and resid 75:81)	B	75 - 81
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain B and resid 82:135)	B	82 - 135
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 3:10)	A	3 - 10
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 11:38)	A	11 - 38
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 39:43)	A	39 - 43
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 44:71)	A	44 - 71
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 72:109)	A	72 - 109
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 110:128)	A	110 - 128
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain A and resid 129:135)	A	129 - 135
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 2:9)	B	2 - 9
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 10:34)	B	10 - 34
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 35:41)	B	35 - 41

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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