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- PDB-7tjp: HIV-1 gp120 complex with CJF-II-195 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tjp
タイトルHIV-1 gp120 complex with CJF-II-195
要素Glycoprotein 120
キーワードVIRUS / HIV / gp120 / entry inhibitor / structure-based drug design / antibody-dependent cellular cytotoxicity
機能・相同性HIV Envelope Protein Gp120; Chain G / Human immunodeficiency virus 1, Gp160, envelope glycoprotein / Beta Complex / Mainly Beta / Chem-I6M / IMIDAZOLE
機能・相同性情報
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å
データ登録者Gong, Z. / Hendrickson, W.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5P01AI150471-25 米国
引用ジャーナル: Acs Medicinal Chemistry Letters / 年: 2023
タイトル: Structural and Functional Characterization of Indane-Core CD4-Mimetic Compounds Substituted with Heterocyclic Amines
著者: Chaplain, C. / Fritschi, C.J. / Anang, S. / Gong, Z. / Richard, J. / Bourassa, C. / Liang, S. / Mohammadi, M. / Park, J. / Finzi, A. / Madani, N. / Sodroski, J.G. / Abrams, C.F. / Hendrickson, W.A. / Smith, A.B.
履歴
登録2022年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoprotein 120
B: Glycoprotein 120
D: Glycoprotein 120
C: Glycoprotein 120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,12345
ポリマ－159,0234
非ポリマー10,10141
水2,162120
1
A: Glycoprotein 120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,33312
ポリマ－39,7561
非ポリマー2,57711
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoprotein 120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,26411
ポリマ－39,7561
非ポリマー2,50810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: Glycoprotein 120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,26411
ポリマ－39,7561
非ポリマー2,50810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
C: Glycoprotein 120
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,26411
ポリマ－39,7561
非ポリマー2,50810
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.210, 121.635, 194.967
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 49 through 502 or resid 503 through 508 or resid 600))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 49 through 502 or resid 503 through 508 or resid 600))
d_3ens_1(chain "C" and (resid 49 through 502 or resid 503 through 508 or resid 600))
d_4ens_1(chain "D" and (resid 49 through 502 or resid 503 through 508 or resid 600))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1LYSGLUA1 - 335
d_21ens_1LYSGLUB1 - 335
d_31ens_1LYSGLUD1 - 335
d_41ens_1LYSGLUC1 - 335

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.961100995711, 0.22481277388, 0.160449657974), (-0.154994192559, -0.919833010933, 0.360394273361), (0.228608128282, 0.321506529792, 0.91889709706)-40.687971363, 2.01511375294, 1.51752160654
2given(-0.998866220723, 0.0426644429386, -0.0211191478882), (0.0437042332018, 0.997716131721, -0.0515020436863), (0.0188736085321, -0.0523666479008, -0.99844955861)-34.8073305524, -1.50566747449, -93.9869483741
3given(-0.967619489812, 0.142274942703, 0.208495476245), (-0.0634789992221, -0.936623779539, 0.344537824135), (0.244300920165, 0.320146429436, 0.915326894681)-5.46976275943, 62.4725857529, -1.53334469675

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要素

#1: タンパク質
Glycoprotein 120


分子量: 39755.664 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物
ChemComp-I6M / N~1~-[(1R,2R)-2-(carbamimidamidomethyl)-5-{[(2R)-2-(hydroxymethyl)pyrrolidin-1-yl]methyl}-2,3-dihydro-1H-inden-1-yl]-N~2~-(4-chloro-3-fluorophenyl)ethanediamide


分子量: 516.996 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H30ClFN6O3
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 14%(w/v) PEG 1500, 0.1 M calcium chloride, 0.1 M imidazole pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.77→50 Å / Num. obs: 31647 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 60.79 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.252 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.77→3.04 Å / Rmerge(I) obs: 2.107 / Num. unique obs: 1582 / CC1/2: 0.561

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20rc3_4406精密化
PHENIX1.20rc3_4406精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TGR

3tgr


解像度: 2.77→48.74 Å / SU ML: 0.3486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6058
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2645 1999 6.32 %
Rwork0.2244 29634 -
obs0.227 31633 72.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.77→48.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10508 0 653 120 11281
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012411549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.715915689
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07821840
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.02171965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.45941680
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints0.0428556324756
ens_1d_3CX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints0.052119394579
ens_1d_4DX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints0.0606095916536
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.77-2.840.046430.278150X-RAY DIFFRACTION1.72
2.85-2.920.4056240.339341X-RAY DIFFRACTION12.32
2.92-3.010.4417510.3461775X-RAY DIFFRACTION26.91
3.01-3.10.3956800.3191185X-RAY DIFFRACTION40.81
3.1-3.210.3161180.30171730X-RAY DIFFRACTION60.12
3.21-3.340.32421470.29432187X-RAY DIFFRACTION75.68
3.34-3.50.34041770.25862619X-RAY DIFFRACTION90.69
3.5-3.680.33651960.23962904X-RAY DIFFRACTION99.97
3.68-3.910.29141970.22542938X-RAY DIFFRACTION100
3.91-4.210.23751960.21412906X-RAY DIFFRACTION100
4.21-4.640.2141990.17292929X-RAY DIFFRACTION99.94
4.64-5.310.2311990.17782955X-RAY DIFFRACTION100
5.31-6.680.22462020.22632995X-RAY DIFFRACTION100
6.68-48.740.25272100.23293120X-RAY DIFFRACTION99.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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