PDB-7tjb: Structure of Neisseria gonorrhoeae peptidoglycan O-acetyltransfer...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tjb

タイトル

Structure of Neisseria gonorrhoeae peptidoglycan O-acetyltransferase B (PatB)

要素

Peptidoglycan O-acetyltransferase B

キーワード

TRANSFERASE / Peptidoglycan / O-acetyltransferase / Neisseria / gonorrhoeae

機能・相同性

Protein of unknown function DUF459 / Protein of unknown function (DUF459) / SGNH hydrolase superfamily / hydrolase activity, acting on ester bonds / Periplasmic protein

機能・相同性情報

生物種

Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.30003477218 Å

データ登録者

Brott, A.S. / Stangherlin, S. / Clarke, A.J.

資金援助

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Neisseria gonorrhoeae peptidoglycan O-acetyltransferase B (PatB)
著者: Brott, A.S. / Stangherlin, S. / Clarke, A.J.

履歴

登録	2022年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tjb.cif.gz	127.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tjb.ent.gz	81.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tjb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tjb_validation.pdf.gz	435.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tjb_full_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示
XML形式データ	7tjb_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	7tjb_validation.cif.gz	17.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/7tjb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tj/7tjb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7tlvSC 7trrC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidoglycan O-acetyltransferase B

ヘテロ分子

25.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	144.900, 144.900, 80.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	155
Space group name H-M	H32
Space group name Hall	R32"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z #3: -x+y,-x,z #4: x-y,-y,-z #5: -x,-x+y,-z #6: y,x,-z #7: x+1/3,y+2/3,z+2/3 #8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3 #9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3 #10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3 #11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3 #12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3 #13: x+2/3,y+1/3,z+1/3 #14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3 #15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3 #16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3 #17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3 #18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-582- HOH

#1: タンパク質	Peptidoglycan O-acetyltransferase B 分子量: 25595.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae FA 1090 (淋菌) 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO_0533 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q5F966
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 2.08 M ammonium sulfate in 0.1 M phosphate-citrate buffer

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.19→41.83 Å / Num. obs: 78745 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 16.932585492 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.19→1.22 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 102048 / CC_1/2: 0.203

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID 7TLV

7tlv

解像度: 1.30003477218→41.8290270028 Å / SU ML: 0.145565745133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34638024946 / 位相誤差: 18.2376304099
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.188628037446	3937	4.99968251953 %
R_work	0.166287530393	74808	-
obs	0.167431382176	78745	99.9631858227 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.5363455938 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.30003477218→41.8290270028 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1770	0	5	204	1979

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00467505029793	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.763825957674	2480
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0802385132082	266
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00567902319908	314
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.77188833083	1130

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.30003477218-1.3159	0.333172545686	140	0.327503114007	2661	X-RAY DIFFRACTION	99.7862486641
1.3159-1.3325	0.274267120585	141	0.289271818042	2669	X-RAY DIFFRACTION	99.8223801066
1.3325-1.3501	0.328526652991	139	0.269719808868	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.964015833
1.3501-1.3686	0.250513777035	140	0.254236529121	2650	X-RAY DIFFRACTION	99.9283667622
1.3686-1.3881	0.284969538672	137	0.240470725193	2638	X-RAY DIFFRACTION	99.8920086393
1.3881-1.4089	0.267085444944	140	0.219686288226	2658	X-RAY DIFFRACTION	99.7504456328
1.4089-1.4309	0.254271849659	140	0.214821274856	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4309-1.4543	0.243864508657	139	0.210745248385	2652	X-RAY DIFFRACTION	99.9283924096
1.4543-1.4794	0.219466470513	141	0.197590316731	2667	X-RAY DIFFRACTION	99.9644001424
1.4794-1.5063	0.197208987624	140	0.161126827729	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5063-1.5353	0.175912233289	139	0.145975142246	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5353-1.5666	0.186765537033	141	0.14324523818	2672	X-RAY DIFFRACTION	99.9644633973
1.5666-1.6007	0.18890377539	140	0.142719404571	2673	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6007-1.6379	0.167115552005	140	0.138408226988	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6379-1.6789	0.18445776145	140	0.13343210445	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6789-1.7243	0.151564166696	141	0.133825676418	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7243-1.775	0.170317736763	140	0.137400901735	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
1.775-1.8323	0.152129962831	141	0.138821720187	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8323-1.8978	0.15151175475	140	0.140469609077	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8978-1.9738	0.171026868714	140	0.146757865413	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9738-2.0636	0.190514411154	141	0.153895548909	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0636-2.1724	0.173534682146	141	0.155295045413	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1724-2.3085	0.184545306879	141	0.159217220193	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3085-2.4867	0.198879390168	141	0.167693266701	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4867-2.7369	0.209537768991	142	0.178809108755	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7369-3.1329	0.216955807914	142	0.178563911094	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1329-3.9466	0.177686709139	143	0.160556368394	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9466-41.8290270028	0.168362295593	147	0.17009546074	2787	X-RAY DIFFRACTION	99.9659284497

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関連情報:EMDBヘッダ

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