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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tiy | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of SARS-CoV-2 3CL in complex with inhibitor NK01-48 | ||||||||||||||||||||||||
要素 | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN/INHIBITOR / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-INHIBITOR complex | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase ...viral genome replication / methyltransferase activity / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / ISG15-specific peptidase activity / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / Replication of the SARS-CoV-2 genome / double membrane vesicle viral factory outer membrane / SARS coronavirus main proteinase / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / host cell Golgi apparatus / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / methylation / cysteine-type deubiquitinase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / host cell perinuclear region of cytoplasm / single-stranded RNA binding / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / viral translational frameshifting / cysteine-type endopeptidase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / lipid binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / proteolysis / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Forouhar, F. / Liu, H. / Iketani, S. / Zack, A. / Khanizeman, N. / Bednarova, E. / Fowler, B. / Hong, S.J. / Mohri, H. / Nair, M.S. ...Forouhar, F. / Liu, H. / Iketani, S. / Zack, A. / Khanizeman, N. / Bednarova, E. / Fowler, B. / Hong, S.J. / Mohri, H. / Nair, M.S. / Huang, Y. / Tay, N.E.S. / Lee, S. / Karan, C. / Resnick, S.J. / Quinn, C. / Li, W. / Shion, H. / Jurtschenko, C. / Lauber, M.A. / McDonald, T. / Stokes, M.E. / Hurst, B. / Rovis, T. / Chavez, A. / Ho, D.D. / Stockwell, B.R. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Development of optimized drug-like small molecule inhibitors of the SARS-CoV-2 3CL protease for treatment of COVID-19. 著者: Liu, H. / Iketani, S. / Zask, A. / Khanizeman, N. / Bednarova, E. / Forouhar, F. / Fowler, B. / Hong, S.J. / Mohri, H. / Nair, M.S. / Huang, Y. / Tay, N.E.S. / Lee, S. / Karan, C. / Resnick, ...著者: Liu, H. / Iketani, S. / Zask, A. / Khanizeman, N. / Bednarova, E. / Forouhar, F. / Fowler, B. / Hong, S.J. / Mohri, H. / Nair, M.S. / Huang, Y. / Tay, N.E.S. / Lee, S. / Karan, C. / Resnick, S.J. / Quinn, C. / Li, W. / Shion, H. / Xia, X. / Daniels, J.D. / Bartolo-Cruz, M. / Farina, M. / Rajbhandari, P. / Jurtschenko, C. / Lauber, M.A. / McDonald, T. / Stokes, M.E. / Hurst, B.L. / Rovis, T. / Chavez, A. / Ho, D.D. / Stockwell, B.R. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tiy.cif.gz | 145 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tiy.ent.gz | 110.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tiy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tiy_validation.pdf.gz | 777.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tiy_full_validation.pdf.gz | 778.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7tiy_validation.xml.gz | 15.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tiy_validation.cif.gz | 21.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7tiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/7tiy | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tiaC 7tiuC 7tivC 7tiwC 7tixC 7tizC 7tj0C 7jsuS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC1, SARS coronavirus main proteinase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-Y48 / ( | ||||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.84 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 詳細: 0.1 M sodium phosphate-monobasic, 0.1 M MES, and 20% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.64→59.36 Å / Num. obs: 45585 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.64→1.67 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 1.898 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 2069 / CC1/2: 0.526 / % possible all: 90.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7JSU 解像度: 1.79→59.36 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 20.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.76 Å2 / Biso mean: 39.5299 Å2 / Biso min: 16.09 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.79→59.36 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 24
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -5.7133 Å / Origin y: -0.8012 Å / Origin z: 12.0719 Å
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精密化 TLSグループ |
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