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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tid | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) and primer-template DNA | |||||||||||||||
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![]() | REPLICATION/DNA / sliding clamp / DNA replication / AAA+ / clamp loader / REPLICATION-DNA complex | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Rad17 RFC-like complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex ...DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / Rad17 RFC-like complex / Processive synthesis on the lagging strand / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA clamp loader activity / DNA replication factor C complex / Elg1 RFC-like complex / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / SUMOylation of DNA replication proteins / positive regulation of DNA metabolic process / maintenance of DNA trinucleotide repeats / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / DNA replication checkpoint signaling / PCNA complex / Activation of ATR in response to replication stress / Termination of translesion DNA synthesis / lagging strand elongation / postreplication repair / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / positive regulation of DNA replication / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of DNA repair / mismatch repair / translesion synthesis / DNA damage checkpoint signaling / replication fork / nucleotide-excision repair / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / chromosome, telomeric region / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||||||||
![]() | Gaubitz, C. / Liu, X. / Pajak, J. / Stone, N. / Hayes, J. / Demo, G. / Kelch, B.A. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures reveal high-resolution mechanism of a DNA polymerase sliding clamp loader. 著者: Christl Gaubitz / Xingchen Liu / Joshua Pajak / Nicholas P Stone / Janelle A Hayes / Gabriel Demo / Brian A Kelch / ![]() ![]() 要旨: Sliding clamps are ring-shaped protein complexes that are integral to the DNA replication machinery of all life. Sliding clamps are opened and installed onto DNA by clamp loader AAA+ ATPase complexes. ...Sliding clamps are ring-shaped protein complexes that are integral to the DNA replication machinery of all life. Sliding clamps are opened and installed onto DNA by clamp loader AAA+ ATPase complexes. However, how a clamp loader opens and closes the sliding clamp around DNA is still unknown. Here, we describe structures of the clamp loader Replication Factor C (RFC) bound to its cognate sliding clamp Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) en route to successful loading. RFC first binds to PCNA in a dynamic, closed conformation that blocks both ATPase activity and DNA binding. RFC then opens the PCNA ring through a large-scale 'crab-claw' expansion of both RFC and PCNA that explains how RFC prefers initial binding of PCNA over DNA. Next, the open RFC:PCNA complex binds DNA and interrogates the primer-template junction using a surprising base-flipping mechanism. Our structures indicate that initial PCNA opening and subsequent closure around DNA do not require ATP hydrolysis, but are driven by binding energy. ATP hydrolysis, which is necessary for RFC release, is triggered by interactions with both PCNA and DNA, explaining RFC's switch-like ATPase activity. Our work reveals how a AAA+ machine undergoes dramatic conformational changes for achieving binding preference and substrate remodeling. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 485.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 385.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Replication factor C subunit ... , 5種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 95048.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC1, CDC44, YOR217W, YOR50-7 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 36201.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC4, YOL094C, O0923 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 38254.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC3, YNL290W, N0533 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 39794.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC2, YJR068W, J1808 / 発現宿主: ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: RFC5, YBR087W, YBR0810 / 発現宿主: ![]() ![]() |
-タンパク質 , 1種, 3分子 FGH
#6: タンパク質 | 分子量: 29525.713 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#7: DNA鎖 | 分子量: 9172.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 6136.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 3種, 9分子 ![](data/chem/img/AGS.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/ADP.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-AGS / #10: 化合物 | ChemComp-MG / #11: 化合物 | ChemComp-ADP / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: yeast clamp loader (Replication Factor C RFC) bound to the sliding clamp (Proliferating Cell Nuclear Antigen PCNA) and primer-template DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.351 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: dev_3699: / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | |||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76270 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | |||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 1SXJ Accession code: 1SXJ / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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