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- PDB-7ths: Macrocyclic plasmin inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ths
タイトルMacrocyclic plasmin inhibitor
要素Plasminogen
キーワードBLOOD CLOTTING / Hydrolase/Inhibitor / protease / inhibitor / Hydrolase-Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis ...plasmin / trans-synaptic signaling by BDNF, modulating synaptic transmission / trophoblast giant cell differentiation / tissue remodeling / tissue regeneration / protein antigen binding / mononuclear cell migration / Signaling by PDGF / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of fibrinolysis / Dissolution of Fibrin Clot / myoblast differentiation / negative regulation of cell-substrate adhesion / biological process involved in interaction with symbiont / labyrinthine layer blood vessel development / muscle cell cellular homeostasis / Activation of Matrix Metalloproteinases / apolipoprotein binding / extracellular matrix disassembly / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of fibrinolysis / fibrinolysis / Degradation of the extracellular matrix / serine-type peptidase activity / platelet alpha granule lumen / kinase binding / Schaffer collateral - CA1 synapse / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / blood coagulation / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / protease binding / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / blood microparticle / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily ...Peptidase S1A, plasmin / divergent subfamily of APPLE domains / : / PAN/Apple domain profile. / PAN domain / PAN/Apple domain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-butane-1,2-diol / Chem-I5Y / Plasminogen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guojie, W.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1127593 オーストラリア
引用ジャーナル: Chemmedchem / 年: 2023
タイトル: Synthesis and Structural Characterization of Macrocyclic Plasmin Inhibitors.
著者: Wiedemeyer, S.J.A. / Wu, G. / Pham, T.L.P. / Lang-Henkel, H. / Perez Urzua, B. / Whisstock, J.C. / Law, R.H.P. / Steinmetzer, T.
履歴
登録2022年1月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月2日Group: Database references / Source and taxonomy / カテゴリ: citation / citation_author / entity_src_gen
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasminogen
B: Plasminogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,01912
ポリマ－54,6392
非ポリマー2,38110
水6,395355
1
A: Plasminogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5136
ポリマ－27,3191
非ポリマー1,1935
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Plasminogen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5076
ポリマ－27,3191
非ポリマー1,1875
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.723, 50.598, 92.757
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.040, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Plasminogen


分子量: 27319.402 Da / 分子数: 2 / 変異: S760A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PLG / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00747, plasmin
#2: 化合物 ChemComp-I5Y / (6S,9R,20R,23S)-N-{[4-(aminomethyl)phenyl]methyl}-20-[(benzenesulfonyl)amino]-3,13,21-trioxo-2,6,9,14,22-pentaazatetracyclo[23.2.2.2~6,9~.2~15,18~]tritriaconta-1(27),15,17,25,28,30-hexaene-23-carboxamide


分子量: 808.988 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C43H52N8O6S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-I5Q / (2S)-butane-1,2-diol / (S)-1,2-ブタンジオ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 13-18% PEG 4000, 150 mM Ammonium sulfate, 100 mM MES
PH範囲: 4.5-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→92.627 Å / Num. obs: 42073 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 16.49 Å2 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.162 / Rsym value: 0.146 / Net I/av σ(I): 4 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 227640
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.95.20.8530.73154260830.410.9490.8532.3100
1.9-2.015.40.5661.13108757830.2650.6260.5663.4100
2.01-2.155.60.3921.73035454230.1790.4310.3924.7100
2.15-2.325.50.2672.52801750720.1230.2940.2676.3100
2.32-2.555.40.2063.42503646620.0960.2280.2067.5100
2.55-2.855.20.1512.32187042170.0740.1690.1519.7100
2.85-3.295.70.09972145437630.0450.1090.09914.1100
3.29-4.025.60.0698.41782231770.0320.0760.06919.7100
4.02-5.695.20.05311.91288024850.0250.0580.05322.3100
5.69-48.6555.40.0512.6757814080.0230.0560.0521.199.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
SCALA3.3.22データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UGG

5ugg


解像度: 1.8→46.31 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208 2097 4.99 %
Rwork0.1852 39941 -
obs0.1863 42038 99.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.45 Å2 / Biso mean: 22.2901 Å2 / Biso min: 6.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→46.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3751 0 271 355 4377
Biso mean--29.12 27.63 -
残基数----491
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.8-1.840.28831310.25526182749
1.84-1.890.28531370.241326472784
1.89-1.940.25851510.219726422793
1.94-20.22781600.200526022762
2-2.060.2141410.199426502791
2.06-2.130.19551410.198326602801
2.13-2.220.22371540.192426262780
2.22-2.320.20511360.184726702806
2.32-2.440.20111270.18626772804
2.44-2.60.19851630.188826222785
2.6-2.80.22231470.184126582805
2.8-3.080.21781120.184826792791
3.08-3.520.18991450.171127062851
3.52-4.440.17021270.15327132840
4.44-46.310.20331250.181127712896
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9174-0.31820.33381.9470.53971.7290.0527-0.0654-0.0298-0.0526-0.0313-0.538-0.14190.4724-0.01230.1147-0.0390.01410.22970.01370.237142.0146-26.231933.9173
21.89180.2815-0.60111.23560.19142.1636-0.08560.2490.0887-0.64160.0343-0.4718-0.30040.32070.11640.3573-0.02030.12110.23920.01610.28440.613-27.833722.1529
31.31420.0981-0.1421.633-0.03461.20730.0378-0.0317-0.0137-0.0849-0.0424-0.2876-0.17180.24890.02390.1453-0.01790.01890.120.00580.168335.1029-27.936234.7587
44.8812-0.826-0.99811.99790.95181.3071-0.0187-0.14510.10530.0128-0.01660.046-0.11450.01770.03460.1440.001-0.01760.08650.00160.063923.7778-19.331339.9704
51.4983-0.0599-0.05021.67290.73791.92670.063-0.1088-0.06990.0416-0.0335-0.1007-0.01010.0809-0.02510.0598-0.0137-0.00710.08330.01720.070929.312-29.867836.8695
60.85010.08830.0251.74430.47560.9359-0.0146-0.04970.02440.06770.01660.03690.03370.01950.00280.0410.0185-0.0160.0780.00070.072819.2374-4.020713.0425
71.8888-1.90110.04054.70461.39212.5089-0.0713-0.19350.03650.1490.1901-0.20750.35450.3618-0.02340.10950.0292-0.04290.1414-0.00930.115425.1785-5.198520.2208
81.26750.30350.34080.95660.2670.77330.0217-0.00510.01090.0428-0.03310.05850.0003-0.040.01510.06440.01440.00440.0771-0.0020.06849.2064-4.21659.7327
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 547 through 600 )A547 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 601 through 640 )A601 - 640
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 641 through 697 )A641 - 697
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 698 through 743 )A698 - 743
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 744 through 791 )A744 - 791
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 542 through 610 )B542 - 610
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 611 through 630 )B611 - 630
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 631 through 791 )B631 - 791

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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