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万見
- PDB-7thr: Cryo-electron microscopy of Adeno-associated virus serotype 4 at 2.2 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7thr
タイトルCryo-electron microscopy of Adeno-associated virus serotype 4 at 2.2 A
要素Capsid
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / AAV4 / adeno-associated virus / serotype 4
機能・相同性Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Parvovirus coat protein VP2 / Parvovirus coat protein VP1/VP2 / Parvovirus coat protein VP2 / Capsid/spike protein, ssDNA virus / T=1 icosahedral viral capsid / structural molecule activity / Capsid
機能・相同性情報
生物種Adeno-associated virus - 4 (アデノ随伴ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Zane, G.M. / Silveria, M.A. / Meyer, N.L. / White, T.A. / Chapman, M.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122564 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of adeno-associated virus 4 at 2.2 Å resolution.
著者: Grant Zane / Mark Silveria / Nancy Meyer / Tommi White / Rui Duan / Xiaoqin Zou / Michael Chapman /
要旨: Adeno-associated virus (AAV) is the vector of choice for several approved gene-therapy treatments and is the basis for many ongoing clinical trials. Various strains of AAV exist (referred to as ...Adeno-associated virus (AAV) is the vector of choice for several approved gene-therapy treatments and is the basis for many ongoing clinical trials. Various strains of AAV exist (referred to as serotypes), each with their own transfection characteristics. Here, a high-resolution cryo-electron microscopy structure (2.2 Å) of AAV serotype 4 (AAV4) is presented. The receptor responsible for transduction of the AAV4 clade of AAV viruses (including AAV11, AAV12 and AAVrh32.33) is unknown. Other AAVs interact with the same cell receptor, adeno-associated virus receptor (AAVR), in one of two different ways. AAV5-like viruses interact exclusively with the polycystic kidney disease-like 1 (PKD1) domain of AAVR, while most other AAVs interact primarily with the PKD2 domain. A comparison of the present AAV4 structure with prior corresponding structures of AAV5, AAV2 and AAV1 in complex with AAVR provides a foundation for understanding why the AAV4-like clade is unable to interact with either PKD1 or PKD2 of AAVR. The conformation of the AAV4 capsid in variable regions I, III, IV and V on the viral surface appears to be sufficiently different from AAV2 to ablate binding with PKD2. Differences between AAV4 and AAV5 in variable region VII appear to be sufficient to exclude binding with PKD1.
履歴
登録2022年1月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,7373
ポリマ－80,6881
非ポリマー492
水3,945219
1
A: Capsid
ヘテロ分子
x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 根拠: 電子顕微鏡法
  • 4.84 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,844,198180
ポリマ－4,841,28160
非ポリマー2,917120
水1,08160
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 404 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)403,68315
ポリマ－403,4405
非ポリマー24310
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 484 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)484,42018
ポリマ－484,1286
非ポリマー29212
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Capsid


分子量: 80688.023 Da / 分子数: 1 / 変異: M1T / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: VP1 sequence of AAV4
由来: (組換発現) Adeno-associated virus - 4 (アデノ随伴ウイルス)
プラスミド: pFastBac-LIC(4A) / 詳細 (発現宿主): AmpR / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O41855
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Adeno-associated virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 3.746 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Adeno-associated virus (アデノ随伴ウイルス)
株: Serotype 4
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株: Sf9 / プラスミド: pFastBac-LIC(4A)
ウイルスについての詳細中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: SEROTYPE / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Homo sapiens
ウイルス殻名称: Capsid / 直径: 250 nm / 三角数 (T数): 1
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
225 mMHEPESHEPES1
試料濃度: 0.33 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample was isolated by multiple rounds of cesium chloride density centrifugation and dialyzed into a HEPES-buffered, sodium chloride solution (see Meyer et al., 2019 Bioprotocols paper).
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in.
グリッドのタイプ: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K / 詳細: blot force: 4 time: 2 s

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 16500 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / C2レンズ絞り径: 50 µm
撮影平均露光時間: 1.4 sec. / 電子線照射量: 48 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4809
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
2SerialEM3.8画像取得At PNCC
4RELION3.1.1CTF補正
7CNS0.5モデルフィッティングpackaged with PaStO
9Coot0.8.9.2モデル精密化
10RELION3.1.1初期オイラー角割当
11RELION3.1.1最終オイラー角割当
12RELION3.1.1分類
13RELION3.1.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
粒子像の選択選択した粒子像数: 75226
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 75226 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築詳細: Link to CNS_RSRef software: https://chapman.missouri.edu/software/
原子モデル構築PDB-ID: 2G8G

2g8g


PDB chain-ID: A / Accession code: 2G8G / Pdb chain residue range: 211-734 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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