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- PDB-7thb: Crystal structure of an RNA-5'/DNA-3' strand exchange junction -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7thb
タイトルCrystal structure of an RNA-5'/DNA-3' strand exchange junction
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*C)-3')
  • RNA (5'-R(*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
キーワードDNA-RNA HYBRID / strand exchange junction / DNA / RNA / DNA:DNA duplex / RNA:DNA hybrid / A-form/B-form junction / nucleic acid
機能・相同性DNA / DNA (> 10) / RNA
機能・相同性情報
生物種Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Cofsky, J.C. / Knott, G.J. / Gee, C.L. / Doudna, J.A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1817593 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of an RNA/DNA strand exchange junction.
著者: Cofsky, J.C. / Knott, G.J. / Gee, C.L. / Doudna, J.A.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*TP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*C)-3')
H: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8999
ポリマ－23,8999
非ポリマー00
水1,20767
1
A: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*C)-3')
B: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9663
ポリマ－7,9663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area4730 Å2
手法PISA
2
D: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*C)-3')
E: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9663
ポリマ－7,9663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area4740 Å2
手法PISA
3
G: DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*C)-3')
H: RNA (5'-R(*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')
I: DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9663
ポリマ－7,9663
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area4790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.025, 43.586, 52.182
Angle α, β, γ (deg.)92.056, 103.722, 99.952
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*TP*AP*AP*GP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*C)-3')


分子量: 3671.418 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*GP*CP*UP*UP*AP*C)-3')


分子量: 2181.355 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*TP*GP*CP*TP*C)-3')


分子量: 2113.410 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.5 uL of sample was combined with 0.5 uL reservoir solution (0.05 M sodium succinate (pH 5.3), 0.5 mM spermine, 20 mM magnesium chloride, 2.6 M ammonium sulfate) over 500 uL reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.116 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.116 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.637→35.34 Å / Num. obs: 24808 / % possible obs: 64.7 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 41.63 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.037 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 15.641
反射 シェル

Num. unique obs: 1240 / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
5.089-35.3355.70.02844.80.9990.0130.03197.7
1.637-1.7816.31.2931.50.4740.5561.4114.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
STARANISO3.339データスケーリング
PHASER位相決定
Coot0.9.2モデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: see methods in primary citation

解像度: 1.64→35.34 Å / SU ML: 0.2983 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 50.1152
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2841 1223 4.95 %
Rwork0.2369 23496 -
obs0.2391 24719 64.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→35.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1584 0 67 1651
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01441770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41572721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0917324
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.015978
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.5301786
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.64-1.70.218110.3798227X-RAY DIFFRACTION5.61
1.7-1.780.3861370.3721960X-RAY DIFFRACTION23.39
1.78-1.870.3895880.37871582X-RAY DIFFRACTION39.07
1.87-1.990.37721180.35182228X-RAY DIFFRACTION55.37
1.99-2.150.45241870.36732957X-RAY DIFFRACTION73.68
2.15-2.360.39942120.36923747X-RAY DIFFRACTION93.17
2.36-2.70.34391770.34643958X-RAY DIFFRACTION97.2
2.7-3.40.32532090.27743873X-RAY DIFFRACTION95.89
3.41-35.340.20831840.16683964X-RAY DIFFRACTION97.39
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7529823813-0.372657452220.9491749267673.69928184868-2.481106798675.969944776850.2683708054040.262244540666-0.373316695567-0.3682482664120.2143717158540.1544919948610.50277093202-1.09148730482-0.2889015581340.566157330094-0.01718240090650.06876777281850.748419770096-0.01037754923850.639716845416-18.1225574291-1.50308527387-3.58795662268
26.11145035390.4196545353840.6994827256423.63843868429-0.3832703453046.18570323076-0.3124817292931.209294864721.01830863588-0.812831481390.2320064499660.567013838137-0.12127404664-0.6637339068340.04400633776010.4834464808710.0010270333666-0.07447887468650.674500578860.2017931669990.650500978226-14.34690596199.63656249138-13.1167235645
34.38593741221-0.105067876890.01670206883092.53790497733-0.2551305622684.32580481528-0.3179397859710.3467725754680.368754691974-0.05702432777730.07835746902750.0146921165643-0.3087912874470.03633340480840.2345884416270.343033908794-0.07024698056-0.051903229550.4420640603750.001956501448870.4015561902831.272974442839.90586930685-12.7509583072
44.38280326680.00283842832748-0.2434775412673.73818357815-1.048481149054.717824784-0.0391453772129-0.3284853377740.234293061990.3665646232410.1228457096830.9650611686150.312924283607-1.72747580815-0.05953211809310.3237092001990.02272473402410.01091032720340.6337715426890.003435925794990.582047877496-18.51674659996.83466482627-2.91875749086
54.266283218910.515125916228-1.62651115433.53887534684-0.8100472903987.47418148355-0.1631508766431.11052700543-0.771675118683-0.5206052526590.3610227116280.2045552902210.986880073613-0.19223005811-0.2402391998660.3288347034110.01005602754930.008960330014460.431836415343-0.008819798431060.28418628478-2.974066265025.45630142131-13.1861777878
64.741896837921.52151898999-4.329757523946.846765972820.4140225443157.85663002406-0.595380242233-0.803010531859-0.8826447822770.6155371436850.320247205633-0.1195622955720.9458145106671.010065135510.280010296820.4447225813410.002834643899590.04926005204751.058051683310.3732858583550.82549644781514.0839924977-3.4076610679511.0070708341
72.559190714340.8139662259850.228302593640.272643311525-0.1730321390424.011520582830.15556428695-0.8594035476480.1492230172490.839859730881-0.151152644934-0.6811046513940.2336589499651.68713347921-0.01592377772330.613969798323-0.243737572328-0.1342503820141.511573789790.09948881262380.48245941234511.85171948524.5995790434423.5764264029
83.75661404447-1.1329541155-3.539081306593.44218759548-0.8918494161919.343522346730.163793692662-0.2325840962270.4878188388790.198064875242-0.0391017888863-0.048338259085-0.8158139188240.187049823582-0.1360713383610.5100236565050.01541309580760.02102463997060.501301905361-0.01879800466590.388675478258-3.89007998527.1164421362223.1914006539
94.83336547023-1.56398188569-1.848969308483.831701271620.4664020034790.7116293980650.380910167534-0.439136994677-0.1208993349740.03098346052940.214251349726-1.333726068780.009960330837321.91705313129-0.3498339101690.333800909291-0.0193029524574-0.02467249520621.07675536082-0.01501935917980.4472588347115.92093172924.3833670909912.892888703
104.332746946640.822190815889-4.250456445922.226066692521.234996453268.72810963836-0.236377241152-0.884794334477-0.3601673594470.441058423058-0.0881889969897-0.0333202552840.6719504591290.6801383234280.3577464263840.3323932036760.0260390001916-0.007443936001520.4367368863910.02767852890230.2463005844930.3104983590942.3976999480422.6701036808
113.98958901928-0.8363902622941.099517163065.35326444459-3.879039760414.20618197436-0.198205290399-0.767629653733-0.8796323541310.7758652665590.5093070267960.1590631120880.8989566293220.070544542142-0.218369623970.8039737180780.1663740131870.03106172316480.422405410481-0.06143050580740.683658744035-9.1530608973338.62888434266.98574733955
120.189235203794-0.1910898697-0.05809469269980.6030348905050.4243901096430.34624629195-0.3201344299170.0846486403428-0.448481409827-0.489941580461-0.08289258083920.268209909980.850179747328-0.2421189687880.237702402361.394075713760.504660381442-0.204681835332-0.229475448138-0.05396361824411.79980354828-8.6295622832426.0138170525-1.29777595189
132.11989524033-0.5121816362280.3315902255074.4228974007-2.909226485442.721081344240.6890587630430.309011106613-0.157074955935-0.766773053091-0.876637515263-0.325487110040.3393720000990.9700752061150.431284856191.517498458180.2103034071530.1501010126670.4459686325480.2352233021791.038887527143.6782870196917.10441000362.81463552575
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 1:4)AA1 - 4
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 5:8)AA5 - 8
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 9:12)AA9 - 12
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resid 1:7)BB1 - 7
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 1:7)CC1 - 7
6X-RAY DIFFRACTION6(chain D and resid 1:4)DD1 - 4
7X-RAY DIFFRACTION7(chain D and resid 5:8)DD5 - 8
8X-RAY DIFFRACTION8(chain D and resid 9:12)DD9 - 12
9X-RAY DIFFRACTION9(chain E and resid 1:7)EE1 - 7
10X-RAY DIFFRACTION10(chain F and resid 1:7)FF1 - 7
11X-RAY DIFFRACTION11(chain G and resid 1:4)GG1 - 4
12X-RAY DIFFRACTION12(chain G and resid 5:8)GG5 - 8
13X-RAY DIFFRACTION13(chain G and resid 9:12)GG9 - 12
14X-RAY DIFFRACTION14(chain H and resid 1:7)HH1 - 7
15X-RAY DIFFRACTION15(chain I and resid 1:7)II1 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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