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- PDB-7th0: Escherichia coli RpnA-S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7th0
タイトルEscherichia coli RpnA-S
要素Recombination-promoting nuclease RpnA
キーワードANTITOXIN / toxin-antitoxin phage defense endonuclease abortive infection
機能・相同性Transposase (putative), YhgA-like / Recombination-promoting nuclease RpnA / : / Putative transposase, YhgA-like / DNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / double-stranded DNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA recombination / Recombination-promoting nuclease RpnA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhong, A. / Hickman, A.B. / Storz, G. / Dyda, F.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK) 米国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD) 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: Toxic antiphage defense proteins inhibited by intragenic antitoxin proteins.
著者: Zhong, A. / Jiang, X. / Hickman, A.B. / Klier, K. / Teodoro, G.I.C. / Dyda, F. / Laub, M.T. / Storz, G.
履歴
登録2022年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Recombination-promoting nuclease RpnA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,5181
ポリマ－5,5181
非ポリマー00
水1448
1
A: Recombination-promoting nuclease RpnA

A: Recombination-promoting nuclease RpnA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0362
ポリマ－11,0362
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area1570 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.020, 58.270, 38.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Recombination-promoting nuclease RpnA


分子量: 5517.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655 (大腸菌)
株: K-12 / 遺伝子: rpnA, yhgA, b3411, JW3374 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P31667, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5M LiCl 0.1M Tris HCl 30% PEG 6K 5 mM Fe(III)Cl / PH範囲: 8.3-9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.36 Å / Num. obs: 3582 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.48 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 43.46
反射 シェル解像度: 1.91→1.95 Å / Num. unique obs: 262 / CC1/2: 0.987

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→19.36 Å / SU ML: -0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 24.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 108 3.02 %
Rwork0.225 3465 -
obs0.2258 3573 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 97.81 Å2 / Biso mean: 55.0758 Å2 / Biso min: 27.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→19.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数353 0 0 8 361
Biso mean---56.12 -
残基数----46
LS精密化 シェル解像度: 1.9→19.36 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 1
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 108 -
Rwork0.225 3465 -
all-3573 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.94040.77321.18095.3501-2.85034.44570.075-0.18810.14390.6074-0.18180.68170.0185-0.3370.45850.3153-0.010.02640.3907-0.0180.411915.246733.87489.7278
25.96783.061.82493.15682.1091.41940.8535-1.629-1.42480.4262-0.44960.38891.9266-1.04680.23420.6222-0.2883-0.10210.27830.12510.510413.203518.299712.1006
35.19041.2454-0.68326.53320.94314.07650.6007-1.92580.67631.0966-0.31033.51750.3064-1.2312-0.16230.6392-0.07940.21390.5113-0.04571.11145.58526.080111.7981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 244 through 268 )A244 - 268
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 269 through 280 )A269 - 280
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 281 through 289 )A281 - 289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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