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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tef | ||||||
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タイトル | Cytochrome P450 14 alpha-sterol demethylase CYP51 from Mycobacterium marinum | ||||||
要素 | Cytochrome P450 51B1 Cyp51B1 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / 14 alpha sterol demethylase Cytochrome P450 Substrate free | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium marinum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Mohamed, H.A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
資金援助 | オーストラリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Steroid Biochem.Mol.Biol. / 年: 2022 タイトル: A comparison of the bacterial CYP51 cytochrome P450 enzymes from Mycobacterium marinum and Mycobacterium tuberculosis. 著者: Mohamed, H. / Child, S.A. / Bruning, J.B. / Bell, S.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tef.cif.gz | 119 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tef.ent.gz | 87.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tef.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tef_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tef_full_validation.pdf.gz | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7tef_validation.xml.gz | 23.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tef_validation.cif.gz | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/7tef ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/te/7tef | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ea1S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52441.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium marinum (バクテリア) 株: ATCC BAA-535 / M / 遺伝子: cyp51B1, MMAR_4932 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B2HH81 | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-BTB / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / Density meas: 1 Mg/m3 / 溶媒含有率: 45.04 % / 解説: Needle-shaped crystals |
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結晶化 | 温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris, PEG 3350, ammonium sulfate / PH範囲: 5.5-6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2020年6月14日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.98→44.28 Å / Num. obs: 33253 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.27 / Net I/σ(I): 9.3 / Num. measured all: 447875 / Scaling rejects: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EA1 解像度: 1.98→44.28 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 126.78 Å2 / Biso mean: 26.3023 Å2 / Biso min: 9.24 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.98→44.28 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 12 / % reflection obs: 100 %
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