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- PDB-7tds: Labrum-interacting protein from saliva LIPS-2 (34K-2) from Aedes ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tds
タイトルLabrum-interacting protein from saliva LIPS-2 (34K-2) from Aedes albopictus, native data
要素34k2 salivary protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / mosquito / saliva / feeding behaviour / protein-protein interaction / proboscis / cuticle
機能・相同性extracellular region / NITRATE ION / Labrum-interacting protein from saliva LIPS-2
機能・相同性情報
生物種Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Gabrieli, P. / Forneris, F.
資金援助 イタリア, 5件
組織認可番号国
NATO Science for Peace and Security ProgramG5701 イタリア
Ministero dell Universita e della RicercaPRIN 2017RPHBCW イタリア
The Giovanni Armenise-Harvard FoundationCDA 2013 イタリア
Fondazione CARIPLO2017-0798 イタリア
Ministero dell Universita e della RicercaDipartimenti di Eccellenza 2018-2022 イタリア
引用ジャーナル: Curr.Biol. / 年: 2022
タイトル: A salivary factor binds a cuticular protein and modulates biting by inducing morphological changes in the mosquito labrum.
著者: Arnoldi, I. / Mancini, G. / Fumagalli, M. / Gastaldi, D. / D'Andrea, L. / Bandi, C. / Di Venere, M. / Iadarola, P. / Forneris, F. / Gabrieli, P.
履歴
登録2022年1月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 34k2 salivary protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,4939
ポリマ－34,9001
非ポリマー5938
水1,71195
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.875, 109.875, 141.782
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質 34k2 salivary protein


分子量: 34899.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The construct was deprived of the signal sequence (uniprot residues 1-20) and cloning introduced an additional N-terminal GLY and three C-terminal ALA residues.
由来: (組換発現) Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
組織: Saliva / プラスミド: pET-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): T7 SHUFFLE K12 / 参照: UniProt: Q5MIU2
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1 M (NH4)2SO4, 1 M LI2SO4, 0.1 M KNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→47.26 Å / Num. obs: 43932 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 49.41 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.035 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 1.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3689 / CC1/2: 0.616 / Rpim(I) all: 0.728 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.43 Å / SU ML: 0.2829 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.9181
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2079 2191 5 %
Rwork0.1863 41661 -
obs0.1874 43852 98.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 64.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2329 0 33 95 2457
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072382
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80553204
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0466362
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0044415
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.61981471
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.34081440.31552527X-RAY DIFFRACTION97.38
2.25-2.30.27391310.27672537X-RAY DIFFRACTION97.3
2.3-2.360.29861480.25082520X-RAY DIFFRACTION97.41
2.36-2.420.29261370.2492533X-RAY DIFFRACTION97.34
2.42-2.490.26561120.22912586X-RAY DIFFRACTION97.65
2.49-2.570.24881470.21462530X-RAY DIFFRACTION97.49
2.57-2.670.23411260.2172582X-RAY DIFFRACTION98.08
2.67-2.770.25051140.22512596X-RAY DIFFRACTION98.4
2.77-2.90.28661600.21442580X-RAY DIFFRACTION98.28
2.9-3.050.24661290.2172634X-RAY DIFFRACTION98.68
3.05-3.240.19721470.20612580X-RAY DIFFRACTION98.98
3.24-3.490.20021360.19882633X-RAY DIFFRACTION99.11
3.49-3.840.18891560.1642638X-RAY DIFFRACTION99.11
3.84-4.40.18011340.14772676X-RAY DIFFRACTION99.08
4.4-5.540.16421350.15722699X-RAY DIFFRACTION98.75
5.54-46.420.19051350.1732810X-RAY DIFFRACTION97.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.972868064332.80949892191-0.6006168505225.16018397374-1.070717354530.206590881450.14101336759-0.3124358377280.0250288923250.163136324499-0.231135211068-0.200031864156-0.03187615866950.08664709898570.07809062471370.484982214997-0.06623443820590.002069373443130.508080967674-0.03115504153980.46143449752630.67001169681.014241134947.6744120931
22.20770643273-0.8386057485631.966533831963.15086928637-2.505863540156.760819304630.0854904362813-0.0757929129496-0.01026760511830.0724127287809-0.006494007837740.324912346605-0.0962273083045-0.371317046895-0.03215347107790.2777654398930.01680286212920.01224188439280.314814911229-0.02108854675250.3418290209863.2834522628960.874376073344.6848377301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 164 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 165 through 315 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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