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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tdq | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of KSHV KicGAS/ORF52 | ||||||||||||
要素 | Tegument protein ORF52 | ||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / tegument protein / oligomerization / DNA-binding | ||||||||||||
機能・相同性 | Herpesvirus BLRF2 / Herpesvirus BLRF2 protein / : / viral tegument / double-stranded DNA binding / host cell cytoplasm / Tegument protein ORF52 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Human herpesvirus 8 strain GK18 (ヘルペスウイルス) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Yin, Q. / Tian, Y. / Bhowmik, D. / Zhu, F. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022 タイトル: Structural basis of higher order oligomerization of KSHV inhibitor of cGAS. 著者: Bhowmik, D. / Tian, Y. / Wang, B. / Zhu, F. / Yin, Q. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tdq.cif.gz | 93.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tdq.ent.gz | 60.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tdq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tdq_validation.pdf.gz | 423.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tdq_full_validation.pdf.gz | 425.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7tdq_validation.xml.gz | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tdq_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/7tdq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/7tdq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2oa5S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9623.736 Da / 分子数: 2 / 変異: L62M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 8 strain GK18 (ヘルペスウイルス) 株: isolate GK18 / 遺伝子: ORF52 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): E. coli / 参照: UniProt: Q2HR80 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.28 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1 microL of protein (10 mg/ml) + 1 microL of reservoir solution of 9% (v/v) PEG3350, 100mM Na-citrate pH 4.5 + 0.2microL of the detergent additive n-Octyl-N,N-dimethyl-3-ammonio-1-propanesulfonate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-1 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 15886 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 52.29 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.008 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.142 / Rsym value: 0.102 / Χ2: 1.911 / Net I/σ(I): 19.78 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 1.32 / Num. unique obs: 1481 / CC1/2: 0.751 / CC star: 0.926 / Rpim(I) all: 0.351 / Rrim(I) all: 0.696 / Rsym value: 0.497 / Χ2: 0.661 / % possible all: 90.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2OA5 解像度: 2.5→49.77 Å / SU ML: 0.3788 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 31.4291 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 64.27 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.77 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 11.6371299098 Å / Origin y: 45.0483533591 Å / Origin z: 56.2487140621 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |