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- PDB-7tdl: M379A mutant tyrosine phenol-lyase complexed with 3-bromo-DL-phen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tdl
タイトルM379A mutant tyrosine phenol-lyase complexed with 3-bromo-DL-phenylalanine
要素Tyrosine phenol-lyase
キーワードLYASE / pyridoxal-5'-phosphate / mutation / substrate specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能
Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain ...Tyrosine phenol-lyase / Beta-eliminating lyase family / Tryptophanase, conserved site / Beta-eliminating lyases pyridoxal-phosphate attachment site. / Aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase / Beta-eliminating lyase / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-OY3 / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Tyrosine phenol-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Citrobacter freundii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Phillips, R.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM137008 米国
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022
タイトル: M379A Mutant Tyrosine Phenol-lyase from Citrobacter freundii Has Altered Conformational Dynamics.
著者: Phillips, R.S. / Jones, B. / Nash, S.
履歴
登録2022年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年8月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine phenol-lyase
B: Tyrosine phenol-lyase
C: Tyrosine phenol-lyase
D: Tyrosine phenol-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)208,05820
ポリマ－205,7954
非ポリマー2,26316
水27,5271528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21460 Å2
ΔGint-115 kcal/mol
Surface area54450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.250, 82.870, 94.330
Angle α, β, γ (deg.)113.160, 96.540, 102.210
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1
Symmetry operation#1: x,y,z

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase


分子量: 51448.637 Da / 分子数: 4 / 変異: M379A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア)
遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

-
非ポリマー , 6種, 1544分子

#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-OY3 / (4Z)-4-({[(1E)-2-(3-bromophenyl)-1-carboxyethylidene]azaniumyl}methylidene)-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]-1,4-dihydropyridin-3-olate


分子量: 473.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C17H18BrN2O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 mM PLP, 1 mM DTT, 19% PEG 5000MME

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→58.41 Å / Num. obs: 213258 / % possible obs: 98.65 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 24.92 Å2 / CC1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 6.48
反射 シェル解像度: 1.6→1.657 Å / Num. unique obs: 21321 / CC1/2: 0.333

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC20211020data processing
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VLH

2vlh


解像度: 1.6→58.41 Å / SU ML: 0.2452 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.778
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 1985 0.94 %
Rwork0.1774 209779 -
obs0.1778 211764 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 35.33 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→58.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14481 0 79 1529 16089
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013715210
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.205420561
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06512181
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01272690
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.64385802
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.640.35731340.355714213X-RAY DIFFRACTION93.39
1.64-1.680.38891400.333714809X-RAY DIFFRACTION97.53
1.68-1.730.32961410.310814823X-RAY DIFFRACTION97.86
1.73-1.790.29271410.286414953X-RAY DIFFRACTION98.4
1.79-1.850.35771410.26614892X-RAY DIFFRACTION97.72
1.85-1.930.30071440.243415143X-RAY DIFFRACTION99.75
1.93-2.020.28411430.229515102X-RAY DIFFRACTION99.66
2.02-2.120.30551430.21415107X-RAY DIFFRACTION99.49
2.12-2.260.24461430.199415128X-RAY DIFFRACTION99.34
2.26-2.430.26271420.191415068X-RAY DIFFRACTION99.28
2.43-2.670.22191430.183515087X-RAY DIFFRACTION99.42
2.67-3.060.24921430.168315145X-RAY DIFFRACTION99.68
3.06-3.860.17591430.138115143X-RAY DIFFRACTION99.78
3.86-58.410.14471440.126415166X-RAY DIFFRACTION99.85
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03170442771-0.408001750006-0.1472399488611.381357137390.1174372221371.29373427843-0.0279304695882-0.159526894634-0.06669996642490.135071825651-0.01603336731530.392651200646-0.0520721904849-0.3208841425610.002117911078240.1753022819080.01383352310620.03446418080510.29290478865-0.007365278226460.306870982324-26.036214924929.2779207987-14.0571509722
20.651628322678-0.05929530313850.2847507247241.50052742847-0.6600861911690.795201654888-0.0732264721127-0.110053519580.119840670090.5574419493530.00334167678794-0.211936755024-0.2487298495870.06745612322620.03359486547910.32583693869-0.00803441705736-0.0638117684020.236810754293-0.01496238041970.2461584871321.7978813172433.7888679391-6.90906004544
30.4903878852630.09718902702170.197016719591.177992532470.44546392590.6459132702550.02156376803660.01152445927040.03976789334590.107514643915-0.00801180028575-0.0863582030974-0.0710859229330.1090279648350.002094023228220.201490906235-0.0123465600588-0.005955705328430.2229951799230.01257398556250.22617921167-1.5595085815328.6354948701-15.2226942175
40.720014844799-0.111137723665-0.03249691148280.614872578074-0.6761499052070.739689709714-0.267488371664-0.3479583789090.4920628936210.7719676837560.298309291877-0.135946196305-0.2985265304920.03389788620730.07680566864010.4971833471990.117677422801-0.0673010263330.300497606363-0.1156908904940.352161313574-21.023769687441.7498424822-3.32179703926
50.7484013221280.4656951802170.1153023469230.678253013668-0.2700398531261.01457296636-0.531547907682-0.5231283329270.359017616230.9286082012490.3800958683210.5160400808940.4533393647760.0548542120797-0.1665896578070.7730559227620.3421070377210.1772665771180.480934419365-0.1258794857460.282933576282-28.099868807938.8386025442-2.48885860007
60.926930162645-0.4627404011480.4529554056760.968536606724-0.298034938860.99554197322-0.006839799643330.1525523311850.0441351650891-0.123636939281-0.085145111266-0.4539568090630.1529365000990.2733934995430.071860986380.3215467545890.0480139111330.03326565516190.2516459100480.02585612682110.3699151355460.960403762342-3.86436422688-16.7490977865
70.774155039662-0.0001636024027760.1001044994451.24775896751-0.5209385414780.8446801937460.0248072795604-0.290161609387-0.07273355797480.534834379015-0.02285453852920.09348558150420.0527083587825-0.0170179606679-0.00432856550220.510550435253-0.01951179073240.040072132210.3407540048030.01882814366790.211865929529-12.64364720561.901151627277.85383187547
80.7663299735910.02758170261370.05188409253580.583485999092-0.4237663258170.7443340406260.0136387389084-0.126818183074-0.05310816430680.3799258434220.0519397927860.1288048087690.0311626479265-0.08479453136-0.01670881710580.353014589643-0.01394320993550.02447885812780.2454180451810.01425622764560.205132527942-13.94240993493.36881190563-2.97579671233
91.28276882008-0.3216408698430.104745050280.977375776051-0.6727635485980.848718936942-0.0994011091542-0.1368233647060.2760604818250.246878171914-0.132491550168-0.7000497134760.1747041658960.3998097400480.07328744679520.4465016600270.063274301516-0.1221893291520.3677353021540.05094944567360.57255019438210.8637809399-6.59762323523-4.12584109696
100.2812919663640.1326511690650.1618267746570.528035701505-0.2510588633931.27869528685-0.06944223310260.1301218403020.0599653874377-0.134649117954-0.0473123214146-0.12851243093-0.150571888020.201827325670.04383473327250.223994199388-0.002531635240230.004268223486090.2650204261490.02195927788780.29961429613-18.186923125726.8705458399-40.8239736977
110.56553409112-0.051468517180.1963101338180.3913759435060.1310361263710.6188207552360.009863444004550.0142704351394-0.0358670823489-0.0490471642356-0.01084731167380.08249608078380.025773141063-0.1239402357830.006760216483440.167595606881-0.01096159047040.001905340505920.243695978882-0.00419553026420.247202048976-40.918946841413.3751129192-41.1161987823
120.801984932777-0.3340438839280.01584878921760.9057055117750.1700548993230.8847823050560.01047620185770.2370813349330.0465628257359-0.300073020532-0.0541318345767-0.058826969253-0.2006571402230.00876166146760.02297072667350.3320983764370.00669793044648-0.01453312819380.2661320072750.02476065234510.270520983218-26.746726101430.0908177679-53.7633211926
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 57 )AA1 - 571 - 57
22chain 'A' and (resid 58 through 228 )AA58 - 22858 - 228
33chain 'A' and (resid 229 through 331 )AA229 - 331229 - 331
44chain 'A' and (resid 332 through 413 )AA332 - 413332 - 413
55chain 'A' and (resid 414 through 456 )AA414 - 456414 - 456
66chain 'B' and (resid 1 through 57 )BF1 - 571 - 57
77chain 'B' and (resid 58 through 271 )BF58 - 27158 - 271
88chain 'B' and (resid 272 through 332 )BF272 - 332272 - 332
99chain 'B' and (resid 333 through 456 )BF333 - 456333 - 456
1010chain 'C' and (resid 1 through 57 )CJ1 - 571 - 57
1111chain 'C' and (resid 58 through 331 )CJ58 - 33158 - 331
1212chain 'C' and (resid 332 through 456 )CJ332 - 456332 - 456
1313chain 'D' and (resid 1 through 57 )DN1 - 571 - 57
1414chain 'D' and (resid 58 through 331 )DN58 - 33158 - 331
1515chain 'D' and (resid 332 through 413 )DN332 - 413332 - 413
1616chain 'D' and (resid 414 through 456 )DN414 - 456414 - 456

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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