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万見
- PDB-7tdb: Crystal structure of the E. coli thiM riboswitch in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tdb
タイトルCrystal structure of the E. coli thiM riboswitch in complex with thiamine bisphosphonate, manganese ions
要素thiM riboswitch RNA (83-MER)
キーワードRNA
機能・相同性Chem-GMI / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.56 Å
データ登録者Nuthanakanti, A. / Serganov, A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM112940 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: Subsite Ligand Recognition and Cooperativity in the TPP Riboswitch: Implications for Fragment-Linking in RNA Ligand Discovery.
著者: Zeller, M.J. / Nuthanakanti, A. / Li, K. / Aube, J. / Serganov, A. / Weeks, K.M.
履歴
登録2021年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_radiation / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: thiM riboswitch RNA (83-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,59511
ポリマ－26,8611
非ポリマー73410
水46826
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.962, 64.962, 101.518
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: -y,-x,-z+1/3
#5: -x+y,y,-z+2/3
#6: x,x-y,-z

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要素

#1: RNA鎖 thiM riboswitch RNA (83-MER)


分子量: 26860.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GMI / [2-[3-[(4-azanyl-2-methyl-pyrimidin-5-yl)methyl]-4-methyl-1,3-thiazol-5-yl]ethoxy-oxidanyl-phosphoryl]methylphosphonic acid


分子量: 423.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H21N4O6P2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.74 % / 解説: Rod-shaped crystals
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: RNA (0.15 mM) was incubated in a buffer containing 5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 3 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.1 M KCl, and 0.5 mM spermine with 0.75 mM TPPc. Reservoir solution was 50 mM sodium ...詳細: RNA (0.15 mM) was incubated in a buffer containing 5 mM Tris-HCl, pH 8.0, 3 mM MgCl2, 10 mM NaCl, 0.1 M KCl, and 0.5 mM spermine with 0.75 mM TPPc. Reservoir solution was 50 mM sodium cacodylate, pH 6.0, 0.35 M NH4Cl, 10 mm MnCl2, and 30% (v/v) PEG2000
PH範囲: 6.0-6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.56→56.26 Å / Num. obs: 8128 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 83.01 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.56→2.67 Å / 冗長度: 14.9 % / Rmerge(I) obs: 3.817 / Num. unique obs: 966 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER1.14_3260位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HOJ

2hoj


解像度: 2.56→56.26 Å / SU ML: 0.583 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.47
立体化学のターゲット値: GEOSTD + MONOMER LIBRARY + CDL V1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 1562 10.14 %
Rwork0.217 --
obs0.22 8128 99.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 85.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.56→56.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1664 35 26 1725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0031910
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8142971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.588938
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00578
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.56-2.640.52341340.46751219X-RAY DIFFRACTION98
2.64-2.740.45321500.43211295X-RAY DIFFRACTION100
2.74-2.850.4271450.37081245X-RAY DIFFRACTION100
2.85-2.980.39311480.33091265X-RAY DIFFRACTION100
2.98-3.130.36071440.29011242X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.330.3011380.2471254X-RAY DIFFRACTION99
3.33-3.580.24631400.20511266X-RAY DIFFRACTION99
3.59-3.940.21681280.20841242X-RAY DIFFRACTION99
3.95-4.520.27181500.19521267X-RAY DIFFRACTION100
4.52-5.690.18331500.1911269X-RAY DIFFRACTION100
5.69-56.260.19271350.1761275X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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