[日本語] English
万見
- PDB-7td9: G-059 bound to the SMARCA4 (BRG1) Bromodomain -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7td9
タイトルG-059 bound to the SMARCA4 (BRG1) Bromodomain
要素Isoform 4 of Transcription activator BRG1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / bromodomain BRG1 SMARCA4 inhibitor / protein binding / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 4-phenyl-5H-pyridazino[4,3-b]indol-3-amine / Isoform 4 of Transcription activator BRG1
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Tang, Y. / Poy, F. / Taylor, A.M. / Cochran, A.G. / Bellon, S.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: GNE-064: A Potent, Selective, and Orally Bioavailable Chemical Probe for the Bromodomains of SMARCA2 and SMARCA4 and the Fifth Bromodomain of PBRM1.
著者: Taylor, A.M. / Bailey, C. / Belmont, L.D. / Campbell, R. / Cantone, N. / Cote, A. / Crawford, T.D. / Cummings, R. / DeMent, K. / Duplessis, M. / Flynn, M. / Good, A.C. / Huang, H.R. / Joshi, ...著者: Taylor, A.M. / Bailey, C. / Belmont, L.D. / Campbell, R. / Cantone, N. / Cote, A. / Crawford, T.D. / Cummings, R. / DeMent, K. / Duplessis, M. / Flynn, M. / Good, A.C. / Huang, H.R. / Joshi, S. / Leblanc, Y. / Murray, J. / Nasveschuk, C.G. / Neiss, A. / Poy, F. / Romero, F.A. / Sandy, P. / Tang, Y. / Tsui, V. / Zawadzke, L. / Sims 3rd, R.J. / Audia, J.E. / Bellon, S.F. / Magnuson, S.R. / Albrecht, B.K. / Cochran, A.G.
履歴
登録2021年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Isoform 4 of Transcription activator BRG1
BBB: Isoform 4 of Transcription activator BRG1
CCC: Isoform 4 of Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0946
ポリマ－45,3133
非ポリマー7813
水4,125229
1
AAA: Isoform 4 of Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
  • 15.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3652
ポリマ－15,1041
非ポリマー2601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
BBB: Isoform 4 of Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 15.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3652
ポリマ－15,1041
非ポリマー2601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
CCC: Isoform 4 of Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 15.4 kDa, 1 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3652
ポリマ－15,1041
非ポリマー2601
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.260, 90.260, 96.790
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB
32AAA
42CCC
53BBB
63CCC

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
111SERSERILEILEAAAA1452 - 15647 - 119
211SERSERILEILEBBBB1452 - 15647 - 119
322LYSLYSLYSLYSAAAA1450 - 15635 - 118
422LYSLYSLYSLYSCCCC1450 - 15635 - 118
533SERSERLYSLYSBBBB1452 - 15637 - 118
633SERSERLYSLYSCCCC1452 - 15637 - 118

NCSアンサンブル:
ID詳細
1Local NCS retraints between domains: 1 2
2Local NCS retraints between domains: 3 4
3Local NCS retraints between domains: 5 6

-
要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of Transcription activator BRG1 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and ...ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and transcription activator / Protein BRG-1 / Protein brahma homolog 1 / SNF2-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4


分子量: 15104.229 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Two N-terminus residues "GS" are vector-derived residues.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51532-4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GJN / 4-phenyl-5H-pyridazino[4,3-b]indol-3-amine


分子量: 260.293 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H12N4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.44 %
解説: Very thin plates that nonetheless diffract to extreme high resolution.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein in buffer: 20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, at a concentration of 15.55 mg/ml (1.03 mM) Reservoir solution contains: Jeffamine ED-2001 pH 7.0 at 30%, Tris-HCl pH 8.5 at 0. ...詳細: Protein in buffer: 20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, at a concentration of 15.55 mg/ml (1.03 mM) Reservoir solution contains: Jeffamine ED-2001 pH 7.0 at 30%, Tris-HCl pH 8.5 at 0.1 M, 5% v/v Ethyl acetate
PH範囲: 8.2-8.8 / Temp details: 4 degree Celsius

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2 flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月28日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 57838 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Χ2: 1.044 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 538312
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.61-1.679.40.84457411.0011100
1.67-1.739.50.62457731.0421100
1.73-1.819.50.45957531.0771100
1.81-1.919.50.3257701.0651100
1.91-2.039.50.21457591.0221100
2.03-2.199.50.14357791.0541100
2.19-2.49.40.10157841.0271100
2.4-2.759.20.157981.081100
2.75-3.4790.06658131.031100
3.47-508.60.04658681.049199.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 39.79 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å41.15 Å
Translation2.5 Å41.15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TAB

7tab


解像度: 1.61→41.147 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 1.434 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.095 / 詳細: Hydrogens have not been used
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 2933 5.079 %
Rwork0.2063 54814 -
all0.208 --
obs-57747 99.874 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.413 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.058 Å20.029 Å20 Å2
2--0.058 Å2-0 Å2
3----0.189 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→41.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2862 0 60 229 3151
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0122990
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.961.6784021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8515348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.58822.549153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.78515614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7431521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2379
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022181
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.21388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.22091
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0920.2181
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2020.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4482.6221398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1993.9191742
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1163.0461592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9224.3762279
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.60635.9874799
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.1180.053693
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_20.1370.053631
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_30.1360.053585
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.117950.05007
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.117950.05007
23AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.13690.05007
24CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.13690.05007
35BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.135980.05007
36CCCX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.135980.05007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
1.61-1.6520.2021930.17440300.17542450.9360.94599.48170.163
1.652-1.6970.1962290.17439390.17541700.9420.94799.9520.16
1.697-1.7460.2141910.17238000.17439930.940.94999.94990.157
1.746-1.80.2422010.19137380.19339450.9140.93699.84790.172
1.8-1.8590.2282060.19335940.19538060.9220.93499.84240.176
1.859-1.9240.2582010.21134730.21436780.9120.92399.89120.197
1.924-1.9960.2392060.21333440.21535520.9160.92899.94370.206
1.996-2.0770.2351570.21432570.21534140.9280.9361000.209
2.077-2.170.2631560.21831220.22132790.9110.92899.96950.217
2.17-2.2750.2591740.21329650.21531420.910.92899.90450.215
2.275-2.3980.2791570.21128200.21529810.9020.9299.86580.22
2.398-2.5430.2731610.21826620.22128240.9150.9399.96460.237
2.543-2.7180.2751170.2325410.23226580.9170.9291000.261
2.718-2.9340.2471240.23123630.23224890.9270.92699.91960.264
2.934-3.2130.2471050.23121630.23222700.9210.92499.91190.27
3.213-3.5890.234960.2219730.22120720.9370.93899.85520.254
3.589-4.1390.218910.18317480.18418390.9430.9571000.219
4.139-5.0570.223630.17914910.18115540.9430.9571000.226
5.057-7.0980.253650.20911420.21212080.950.95399.91720.264
7.098-41.1470.214400.1836490.1846980.9590.96398.71060.243

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る