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- PDB-7tcz: Human cytomegalovirus protease mutant (C84A, C87A, C138A, C202A) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tcz
タイトルHuman cytomegalovirus protease mutant (C84A, C87A, C138A, C202A) in complex with inhibitor
要素Assemblin
キーワードHYRDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protease / VIRAL PROTEIN / HYRDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


assemblin / nuclear capsid assembly / viral release from host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / host cell nucleus / proteolysis / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase S21 / Herpesvirus protease superfamily / Assemblin (Peptidase family S21)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GIT / Capsid scaffolding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Hulce, K.R. / Bohn, M. / Ongpipattanakul, C. / Jaishankar, P. / Renslo, A.R. / Craik, C.S.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P50 GM082250 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM104659 米国
引用ジャーナル: Cell Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Inhibiting a dynamic viral protease by targeting a non-catalytic cysteine.
著者: Hulce, K.R. / Jaishankar, P. / Lee, G.M. / Bohn, M.F. / Connelly, E.J. / Wucherer, K. / Ongpipattanakul, C. / Volk, R.F. / Chuo, S.W. / Arkin, M.R. / Renslo, A.R. / Craik, C.S.
履歴
登録2021年12月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Assemblin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,3262
ポリマ－28,9611
非ポリマー3641
水724
1
A: Assemblin
ヘテロ分子

A: Assemblin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6524
ポリマ－57,9232
非ポリマー7292
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_644y+1,x-1,-z-1/41
Buried area3120 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area18620 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.673, 51.673, 215.726
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

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要素

#1: タンパク質 Assemblin / Protease


分子量: 28961.416 Da / 分子数: 1 / 変異: C84A, C87A, C138A, C202A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL80 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A126N917, assemblin
#2: 化合物 ChemComp-GIT / [1-(2-oxopropyl)-4-phenyl-1H-1,2,3-triazol-5-yl]methyl benzylcarbamate


分子量: 364.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.26 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 40% v/v PEG 200, 0.1 M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.669→51.67 Å / Num. obs: 9026 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 23.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.2958 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.306 / Net I/σ(I): 7.94
反射 シェル解像度: 2.669→2.766 Å / 冗長度: 24.7 % / Rmerge(I) obs: 3.171 / Num. unique obs: 871 / CC1/2: 0.814 / % possible all: 98.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.17.1_3660: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NJT

1njt


解像度: 2.67→51.67 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2884 444 4.95 %
Rwork0.2488 --
obs0.2507 8978 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→51.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1630 0 27 4 1661
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091696
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2232303
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.773605
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058254
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007302
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.67-3.060.40071400.31592758X-RAY DIFFRACTION99
3.06-3.850.31661580.26342758X-RAY DIFFRACTION99
3.85-51.670.24791460.22813018X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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