PDB-7tcy: The ubiquitin-associated domain of human thirty-eight negative ki...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tcy

タイトル

The ubiquitin-associated domain of human thirty-eight negative kinase I

要素

Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1

キーワード

TRANSFERASE / Kinase / Ubiquitin-associated / UBA / ONCOPROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Nawarathnage, S. / Bunn, R.D. / Stewart, C. / Doukov, T. / Moody, J.D.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Fusion crystallization reveals the behavior of both the 1TEL crystallization chaperone and the TNK1 UBA domain.
著者: Nawarathnage, S. / Tseng, Y.J. / Soleimani, S. / Smith, T. / Pedroza Romo, M.J. / Abiodun, W.O. / Egbert, C.M. / Madhusanka, D. / Bunn, D. / Woods, B. / Tsubaki, E. / Stewart, C. / Brown, S. ...

履歴

登録	2021年12月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月15日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / chem_comp_atom ...audit_author / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

関連構造データ	7t8jC 7tdyC 7u4wC 7u4zC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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登録構造単位

A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1

B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1

ヘテロ分子

17.9 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
9.08 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
8.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.734, 88.070, 26.497
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2
Space group name Hall	P22ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x+1/2,y+1/2,-z #4: -x,-y,z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-851- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1 / CD38 negative kinase 1 分子量: 8753.857 Da / 分子数: 2 / 断片: UBA domain (UNP residues 589-666) / 変異: P589G, C610A, C644A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK1 / プラスミド: pET42_SUMO 詳細 (発現宿主): Cleavable N-terminus 10X His-SUMO tag 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B 参照: UniProt: Q13470, non-specific protein-tyrosine kinase

#1: タンパク質

Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1 / CD38 negative kinase 1

分子量: 8753.857 Da / 分子数: 2 / 断片: UBA domain (UNP residues 589-666) / 変異: P589G, C610A, C644A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNK1 / プラスミド: pET42_SUMO
詳細 (発現宿主): Cleavable N-terminus 10X His-SUMO tag
発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): B
参照: UniProt: Q13470, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 135分子

#2: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, pH 6.8, 100 mM magnesium formate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月29日詳細: Mirror: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1
放射	モノクロメーター: Si(111) and Si(220) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→44.03 Å / Num. obs: 19047 / % possible obs: 97.62 % / 冗長度: 10 % / B_iso Wilson estimate: 21.01 Å² / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.05574 / R_pim(I) all: 0.01839 / R_rim(I) all: 0.05883 / Net I/σ(I): 19.86
反射シェル	解像度: 1.54→1.595 Å / 冗長度: 8.6 % / R_merge(I) obs: 0.8132 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique obs: 1846 / CC_1/2: 0.882 / CC star: 0.968 / R_pim(I) all: 0.2892 / R_rim(I) all: 0.8652 / % possible all: 99.51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
Coot	0.9	モデル構築
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHENIX	1.19.2_4158	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.54→44.03 Å / SU ML: 0.1917 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.9789
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2137	1001	5.26 %
R_work	0.1886	18045	-
obs	0.1899	19046	97.65 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→44.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1201	0	20	127	1348

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1277
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.1597	1736
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0666	198
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0083	223
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.7171	461

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.62	0.3324	133	0.2776	2571	X-RAY DIFFRACTION	99.67
1.62-1.72	0.2871	142	0.229	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.74
1.72-1.85	0.2578	154	0.2225	2567	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.85-2.04	0.1968	116		2254	X-RAY DIFFRACTION	85.19
2.04-2.33	0.2188	140	0.1837	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.86
2.33-2.94	0.1903	165	0.172	2642	X-RAY DIFFRACTION	99.61
2.94-44.03	0.2057	151	0.1786	2802	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0831878121	-5.22834042383	-4.5891109118	4.57022590423	4.00410707348	3.59936530249	0.102662007025	0.179741456086	-0.340428548181	-0.345140148202	-0.514971846646	0.992552965653	-0.195202305755	-0.664147417674	0.387909909786	0.230544018657	0.0258321422659	-0.05061631339	0.283960932212	0.0164872455351	0.23236543305	15.0482611975	18.2902164309	6.67436817048
2	3.948496184	2.64877607615	2.43399233348	6.87686051019	5.27975949725	7.9780340933	0.0477987708546	-0.134998477713	-0.0447162553024	-0.0462998716539	0.0477788742377	-0.07815891789	0.301767715861	-0.238810632499	-0.0804288762546	0.143535086514	-0.00991520225222	-0.00014186815289	0.175181873413	0.0223989084893	0.110403652451	22.1018245241	14.3216423036	9.90037867696
3	7.9921513582	-5.71704893791	-3.01125713721	9.12333827205	4.43862477693	7.06083249377	-0.00939254394231	-0.0971930869754	-0.148262077552	0.206002553108	0.0385402261917	-0.269221562959	0.170126727424	0.0633870329834	-0.0142278866492	0.115514214994	-0.0248382948629	-0.0163638182477	0.112951264246	-0.00659957359758	0.102830474666	29.1332358909	11.6551754773	3.62559377479
4	9.11736338738	-3.16723668242	6.27897281718	6.63127756686	-2.62323277387	9.26066736943	0.154295945499	-0.269894306936	-0.00114814641455	0.120191846771	-0.106599799253	-0.319677689281	0.22660645702	0.207241033093	0.00391744314294	0.167590693426	-0.0173215941392	0.00178464704749	0.188191432194	-0.0112817464256	0.15412439378	37.1007354613	10.6132077107	-2.03880502605
5	5.70593062022	-0.493194649885	0.0525689617814	8.24343554121	0.0311136340169	6.23965126626	0.0508991931556	0.152853827687	-0.396288917837	-0.428033762889	-0.0493807009369	-0.0670393137576	0.326594488885	-0.0771682194959	-0.0137148313864	0.146657957607	-0.000240554208325	-0.00539990018915	0.138067008909	-0.0288346715671	0.111280315088	30.0993209903	5.64831221805	-7.32323884045
6	5.57372604049	4.56190359036	3.94752295996	5.7341093172	5.33971578671	5.07890327276	0.029133611554	-0.73646258623	-0.133904099995	0.933380222758	0.0462713171431	0.0127789637081	0.77860969872	-0.241449464499	-0.0542133134251	0.249542953218	0.0481549991007	0.0147043109875	0.309026280172	0.0293832847985	0.177591529826	17.8161889614	23.5563587884	-4.2760864697
7	4.78432411686	-4.20200513761	-2.66654171636	3.81903281885	3.30353088726	6.69648807442	0.593063610061	0.441148220531	0.306233792162	-0.764588888823	-0.462050313315	-0.00852545394917	-0.660106587552	-0.490959131498	-0.147585124532	0.260779155648	0.0192224140695	-0.00864211827439	0.202091600001	-0.00206729746675	0.180041721359	23.5091006022	29.6218499343	-8.1622104197
8	7.33607346183	3.17861905084	0.959087272099	2.78637440355	3.06261086833	7.81453279866	0.0980123944802	0.286905782861	0.540382597394	-0.570049108034	-0.0636358464221	-0.220702748254	-0.335265743061	0.0320371870755	-0.0322749746858	0.143929739744	0.00934195587089	0.0207515352971	0.125728228836	0.0119966511148	0.151287300377	29.7474870799	34.1474281097	-2.16581080093
9	0.181154207063	-0.368094153804	-0.280997884275	0.871475203925	0.662718173057	0.497440495348	0.096390649611	0.136945479111	0.273224547884	-0.412042705655	-0.175984962368	-0.335697312874	-0.62848169271	0.508327010765	-0.152031290981	0.793858862974	-0.405442244233	-0.039870242116	0.430244509915	0.7233891177	1.04167502157	36.0144916133	44.9640841673	0.021803381358
10	2.24101959558	0.367418531905	0.507660767914	9.24324876971	-0.787692186805	2.129806896	-0.29768309639	0.353341451176	0.0551782175135	-0.269247404648	-0.165354060128	-0.817254401752	0.463198590795	0.342838228861	0.505738075853	0.164078797621	0.0108752144099	0.0176754638848	0.226568103889	0.0135096477488	0.277290728742	35.8505668617	34.4297912278	4.67419876846
11	4.48957700605	3.88442108982	4.7207586249	3.80977565323	2.72555032845	9.1969443772	0.211926731109	-0.47203944249	0.552428402708	0.60326224491	-0.153040499007	0.207357056731	-0.166643285947	-0.818776211635	-0.0696704938301	0.16204756421	0.00285655528947	0.020223481659	0.265594298891	-0.0679482730469	0.339705841686	31.833127714	42.9431741524	8.84662659978

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 589 through 601 )	A	A	589 - 601	1 - 13
2	2	chain 'A' and (resid 602 through 620 )	A	A	602 - 620	14 - 32
3	3	chain 'A' and (resid 621 through 637 )	A	A	621 - 637	33 - 49
4	4	chain 'A' and (resid 638 through 650 )	A	A	638 - 650	50 - 62
5	5	chain 'A' and (resid 651 through 665 )	A	A	651 - 665	63 - 77
6	6	chain 'B' and (resid 589 through 601 )	B	I	589 - 601	1 - 13
7	7	chain 'B' and (resid 602 through 620 )	B	I	602 - 620	14 - 32
8	8	chain 'B' and (resid 621 through 635 )	B	I	621 - 635	33 - 47
9	9	chain 'B' and (resid 636 through 640 )	B	I	636 - 640	48 - 52
10	10	chain 'B' and (resid 641 through 654 )	B	I	641 - 654	53 - 66
11	11	chain 'B' and (resid 655 through 665 )	B	I	655 - 665	67 - 77

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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