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- PDB-7tcy: The ubiquitin-associated domain of human thirty-eight negative ki... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7tcy | ||||||
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Title | The ubiquitin-associated domain of human thirty-eight negative kinase I | ||||||
![]() | Non-receptor tyrosine-protein kinase TNK1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Kinase / Ubiquitin-associated / UBA / ONCOPROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / protein tyrosine kinase activity / protein autophosphorylation / protein phosphorylation / ATP binding / membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nawarathnage, S. / Bunn, R.D. / Stewart, C. / Doukov, T. / Moody, J.D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Fusion crystallization reveals the behavior of both the 1TEL crystallization chaperone and the TNK1 UBA domain. Authors: Nawarathnage, S. / Tseng, Y.J. / Soleimani, S. / Smith, T. / Pedroza Romo, M.J. / Abiodun, W.O. / Egbert, C.M. / Madhusanka, D. / Bunn, D. / Woods, B. / Tsubaki, E. / Stewart, C. / Brown, S. ...Authors: Nawarathnage, S. / Tseng, Y.J. / Soleimani, S. / Smith, T. / Pedroza Romo, M.J. / Abiodun, W.O. / Egbert, C.M. / Madhusanka, D. / Bunn, D. / Woods, B. / Tsubaki, E. / Stewart, C. / Brown, S. / Doukov, T. / Andersen, J.L. / Moody, J.D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 440.6 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 12.6 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7t8jC ![]() 7tdyC ![]() 7u4wC ![]() 7u4zC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 8753.857 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UBA domain (UNP residues 589-666) / Mutation: P589G, C610A, C644A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Details (production host): Cleavable N-terminus 10X His-SUMO tag Production host: ![]() ![]() References: UniProt: Q13470, non-specific protein-tyrosine kinase |
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-Non-polymers , 5 types, 135 molecules ![](data/chem/img/FMT.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FMT / #3: Chemical | ChemComp-PO4 / | #4: Chemical | ChemComp-MG / | #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.79 Å3/Da / Density % sol: 31.35 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.8 / Details: 100 mM Bis-Tris, pH 6.8, 100 mM magnesium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2021 Details: Mirror: Rh coated flat bent M0, toroidal focusing post-monochromator M1 |
Radiation | Monochromator: Si(111) and Si(220) double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97946 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.54→44.03 Å / Num. obs: 19047 / % possible obs: 97.62 % / Redundancy: 10 % / Biso Wilson estimate: 21.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.05574 / Rpim(I) all: 0.01839 / Rrim(I) all: 0.05883 / Net I/σ(I): 19.86 |
Reflection shell | Resolution: 1.54→1.595 Å / Redundancy: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.8132 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / Num. unique obs: 1846 / CC1/2: 0.882 / CC star: 0.968 / Rpim(I) all: 0.2892 / Rrim(I) all: 0.8652 / % possible all: 99.51 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 29.35 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.54→44.03 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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