PDB-7tcv: VDAC K12E mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tcv

タイトル

VDAC K12E mutant

要素

Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Voltage-dependent ion channel / VDAC

機能・相同性

機能・相同性情報

Pyruvate metabolism / negative regulation of calcium import into the mitochondrion / voltage-gated monoatomic anion channel activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / neuron-neuron synaptic transmission / calcium import into the mitochondrion / ceramide binding / regulation of mitophagy / pyruvate decarboxylation to acetyl-CoA / mitochondrial permeability transition pore complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.604 Å

データ登録者

Khan, F. / Abramson, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Dynamical control of the mitochondrial beta-barrel channel VDAC by electrostatic and mechanical coupling
著者: Ngo, V.A. / Martin, M.Q. / Khan, F. / Bergdoll, L. / Abramson, J. / Bezrukov, S.M. / Rostovtseva, T.K. / Hoogerheide, D.P. / Noskov, S.Y.

履歴

登録	2021年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tcv.cif.gz	121 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tcv.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tcv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tcv_validation.pdf.gz	618.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tcv_full_validation.pdf.gz	621.4 KB	表示
XML形式データ	7tcv_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	7tcv_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3emnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

XXX: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

XXX: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

ヘテロ分子

XXX: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
65.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.197, 57.800, 66.440
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 97.664, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / mVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Voltage-dependent ...mVDAC1 / Outer mitochondrial membrane protein porin 1 / Plasmalemmal porin / Voltage-dependent anion-selective channel protein 5 / mVDAC5 分子量: 32195.879 Da / 分子数: 1 / 変異: K12E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vdac1, Vdac5 / 発現宿主: Escherichia coli M15 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q60932
#2: 化合物	ChemComp-MC3 / 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE 分子量: 677.933 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₇₂NO₈P / コメント: リン脂質*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.03 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 10% Polyethylene glycol (PEG) 400 and 16% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→49.745 Å / Num. obs: 11349 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.6→2.72 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 1290 / CC_1/2: 0.85

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EMN

3emn

解像度: 2.604→49.745 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.892 / SU B: 10.95 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.59 / ESU R Free: 0.33 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2766	571	5.032 %
R_work	0.2175	10777	-
all	0.22	-	-
obs	-	11348	98.893 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.627 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.585 Å²	-0 Å²	-0.296 Å²
2-	-	2.414 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.817 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.604→49.745 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2097	0	21	47	2165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2164
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1935
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.542	1.646	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.235	1.577	4485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.031	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.899	24.194	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.116	15	333
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.253	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	443
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.191	0.2	325
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.188	0.2	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	977
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1192
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.197	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.2	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.223	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.535	5.8	1136
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.521	5.797	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.036	8.693	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.038	8.696	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.664	6.396	1028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.61	6.387	1026
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.587	9.357	1514
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.584	9.356	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.91	67.326	2183
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.911	67.309	2182

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.604-2.671	0.35	31	0.27	714	X-RAY DIFFRACTION	87.7503
2.671-2.744	0.337	53	0.236	755	X-RAY DIFFRACTION	97.9394
2.744-2.824	0.253	28	0.217	756	X-RAY DIFFRACTION	100
2.824-2.911	0.268	42	0.216	727	X-RAY DIFFRACTION	99.8701
2.911-3.006	0.296	38	0.208	730	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.006-3.111	0.289	37	0.197	655	X-RAY DIFFRACTION	100
3.111-3.228	0.312	32	0.203	683	X-RAY DIFFRACTION	100
3.228-3.36	0.296	33	0.182	645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.36-3.509	0.234	46	0.184	601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.509-3.679	0.25	35	0.193	591	X-RAY DIFFRACTION	100
3.679-3.878	0.299	42	0.236	546	X-RAY DIFFRACTION	100
3.878-4.112	0.265	29	0.232	541	X-RAY DIFFRACTION	100
4.112-4.395	0.204	25	0.194	505	X-RAY DIFFRACTION	100
4.395-4.745	0.218	21	0.179	470	X-RAY DIFFRACTION	99.7967
4.745-5.195	0.222	19	0.196	442	X-RAY DIFFRACTION	100
5.195-5.804	0.302	21	0.227	383	X-RAY DIFFRACTION	100
5.804-6.693	0.329	12	0.297	346	X-RAY DIFFRACTION	100
6.693-8.177	0.375	7	0.254	318	X-RAY DIFFRACTION	100
8.177-11.475	0.387	12	0.224	235	X-RAY DIFFRACTION	100
11.475-49.745	0.367	8	0.297	134	X-RAY DIFFRACTION	98.6111

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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