PDB-7tcs: M379A mutant tyrosine phenol-lyase complexed with L-methionine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tcs

タイトル

M379A mutant tyrosine phenol-lyase complexed with L-methionine

要素

Tyrosine phenol-lyase

キーワード

LYASE / pyridoxal-5'-phosphate / mutation / substrate specificity

機能・相同性

機能・相同性情報

tyrosine phenol-lyase / tyrosine phenol-lyase activity / tyrosine metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Citrobacter freundii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.37 Å

データ登録者

Phillips, R.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chembiochem / 年: 2022
タイトル: M379A Mutant Tyrosine Phenol-lyase from Citrobacter freundii Has Altered Conformational Dynamics.
著者: Phillips, R.S. / Jones, B. / Nash, S.

履歴

登録	2021年12月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年7月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年8月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2023年10月18日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tcs.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tcs.ent.gz	974.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tcs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7tcs_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tcs_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7tcs_validation.xml.gz	81.6 KB	表示
CIF形式データ	7tcs_validation.cif.gz	124.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tc/7tcs	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7tdlC 2vlhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tyrosine phenol-lyase

B: Tyrosine phenol-lyase

C: Tyrosine phenol-lyase

D: Tyrosine phenol-lyase

ヘテロ分子

208 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.550, 82.990, 96.580
Angle α, β, γ (deg.)	93.730, 105.710, 114.240
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Tyrosine phenol-lyase / Beta-tyrosinase 分子量: 51448.637 Da / 分子数: 4 / 変異: M379A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Citrobacter freundii (バクテリア) 遺伝子: tpl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: P31013, tyrosine phenol-lyase

-
非ポリマー , 6種, 1699分子

#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PN9 / (4Z)-4-({[(1E)-1-carboxy-3-(methylsulfanyl)propylidene]azaniumyl}methylidene)-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]-1,4-dihydropyridin-3-olate / PLP-Met adduct intermediate in zwitterionic form 分子量: 378.338 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₉N₂O₇PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CS / CESIUM ION / セシウムカチオン分子量: 132.905 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cs
#6: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1681 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 mM PLP, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 19% PEG 5000 MME, 0.4 M CsCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→53.87 Å / Num. obs: 363833 / % possible obs: 87.1 % / 冗長度: 7.8 % / B_iso Wilson estimate: 20.01 Å² / CC_1/2: 0.998 / CC star: 0.999 / Net I/σ(I): 10.46
反射シェル	解像度: 1.3→1.346 Å / Num. unique obs: 18122 / CC_1/2: 0.274

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4444	精密化
autoPROC	1.19.2_4158	data processing
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2VLH

2vlh

解像度: 1.37→45.27 Å / SU ML: 0.1659 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 19.1939
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1549	2001	0.6 %
R_work	0.1412	333282	-
obs	0.1413	335283	93.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.37→45.27 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14451	0	107	1682	16240

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0059	16342
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9047	22090
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0699	2355
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0086	2889
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8405	6263

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.37-1.4	0.3802	120	0.3059	18321	X-RAY DIFFRACTION	72.3
1.4-1.44	0.2917	116	0.2724	22969	X-RAY DIFFRACTION	90.52
1.44-1.48	0.2417	155	0.2288	23605	X-RAY DIFFRACTION	93.32
1.48-1.53	0.2561	143	0.1921	23787	X-RAY DIFFRACTION	93.86
1.53-1.59	0.1809	138	0.1753	23933	X-RAY DIFFRACTION	94.56
1.59-1.65	0.1918	144	0.1661	23991	X-RAY DIFFRACTION	94.95
1.65-1.73	0.1836	141	0.1615	24255	X-RAY DIFFRACTION	95.36
1.73-1.82	0.1656	150	0.1612	24254	X-RAY DIFFRACTION	95.78
1.82-1.93	0.1688	141	0.151	24412	X-RAY DIFFRACTION	96.19
1.93-2.08	0.1538	153	0.1432	24394	X-RAY DIFFRACTION	96.63
2.08-2.29	0.1672	144	0.1328	24617	X-RAY DIFFRACTION	97.17
2.29-2.62	0.1518	150	0.1296	24776	X-RAY DIFFRACTION	97.7
2.62-3.3	0.148	152	0.1329	24858	X-RAY DIFFRACTION	98.3
3.3-45.27	0.1237	154	0.1237	25110	X-RAY DIFFRACTION	99.05

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.927150363234	0.0529343124325	-0.670266325017	0.186388573263	0.0635662247892	1.7793699648	-0.040082328887	0.0441189640931	0.00295907825111	0.0190812428004	-0.00734493373437	0.113618937051	0.0875343154152	-0.198185403789	0.0482474644719	0.185045387987	0.000884556269915	-0.00747009133934	0.175381724528	-0.0059450281984	0.221736178265	-24.6069803628	-1.43572265606	-4.97147961749
2	0.74059107781	0.223009628273	-0.00996488254673	1.42771134878	0.425162086668	0.560157024304	-0.0274937750569	0.0200934298504	0.00188821138457	-0.0423894036471	0.0827057951047	-0.26490011453	-0.0162799039215	0.0709078575271	-0.0390980308929	0.170023261558	0.000399799181635	-0.00652831434379	0.17706468961	-0.00209787095365	0.201377880509	2.46495711878	-11.1497385271	-14.2098837848
3	0.764850946818	0.164206283107	0.257187218693	0.908473410005	0.244504192218	1.11614289663	-0.00647039881332	-0.112733056665	0.0476043263362	0.272720137048	0.0339910366933	-0.048066034609	0.0599899369559	0.0126790668855	-0.0335300531857	0.22791544623	0.00261943356197	-0.0458649606427	0.193872079151	-0.0135754838875	0.214328925729	-0.652570872417	0.793626304367	10.8005284222
4	0.86058207037	-0.260121331904	0.0864049667312	1.00788879689	-0.476807183957	0.838197948522	-0.0113078394682	-0.169048292752	0.103181823544	0.207160870274	0.00641461816495	-0.151961648756	-0.0604131235536	0.110752235049	0.0162892387105	0.225914349122	-0.00768340525815	-0.0550877163799	0.208100296718	-0.0355207558964	0.251673701574	4.39267476264	8.36148946643	7.95680438494
5	0.474813937891	0.200318511238	0.0919927838041	0.929711985839	0.423973120664	0.583775506515	0.0377088287488	-0.000356067820744	0.0367073039342	0.124493938696	0.0520534469152	-0.235426522646	0.0417491149471	0.16268158145	-0.0709900956388	0.164706370547	-0.0013493096733	-0.041494832204	0.168045961812	-0.0204629162022	0.223269664949	5.23226063747	-1.41929250782	-1.57123888629
6	0.762011469046	-0.949776878736	-0.0623049889027	2.22512945482	0.367256257024	0.3647361839	-0.0324684958519	-0.0207914071099	0.0666121909034	0.0457043941109	0.0676911857035	-0.103864932682	-0.011301604351	0.0243862813923	-0.0323732762923	0.154112029101	-0.0132839170795	-0.0146504946685	0.149066590239	-0.00225031136595	0.171128100399	-7.00344787007	1.28879229176	-8.79907418427
7	0.501056094337	-0.0980472477299	-0.0158611546726	1.03842659753	-0.0755227623714	0.930080168112	-0.0244020704905	-0.146012941154	0.02658567165	0.265587694677	0.0261793453942	0.0922003193668	-0.0283729663485	-0.0620095682571	0.00261834947096	0.242877145397	0.00911862968217	0.00802209168903	0.20018696533	-0.0173784296536	0.207300408608	-22.3961858723	4.6049359338	9.41820301357
8	0.651634024753	-0.0342751664233	0.131440884426	0.948937912236	-0.652382304664	1.42424220464	-0.0489471738836	0.0532053186028	0.19257824727	0.0261671011139	-0.0781121166497	-0.190442875638	-0.143844395942	0.215559303714	0.10350311298	0.164495722689	-0.0263188517087	-0.0284339579975	0.166398393955	0.0103445697353	0.236647179696	-14.7832737877	7.70596644666	-30.136180113
9	0.928228070222	-0.284433458049	0.22976888487	0.518872398588	-0.119959413262	0.546017008558	-0.000708911421506	0.115229171252	0.0355812519829	-0.0488774332951	-0.0235703447491	0.093675775657	-0.0127072307731	-0.0433075730424	0.0201968459583	0.14443336656	-0.0110333821751	-0.00790714878669	0.195050790823	-0.00565540448635	0.191504181049	-37.6301716717	-5.74961199713	-40.980870498
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11	1.25784379362	-0.42119904541	0.418554595473	0.600769435164	0.00300311800137	0.707967681713	-0.0208458468234	0.068253294794	0.196393014961	-0.043640689441	-0.027219627239	-0.228475836274	-0.0454953060429	0.137633397655	0.0371430364131	0.144008936797	0.00346554459588	0.0206159577372	0.163638510494	0.000833894751547	0.215947680629	9.72730559997	-27.8267522007	-18.6169088779
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15	0.849252758156	0.313323904749	0.353957633057	1.11807144822	0.590342160298	1.52292287156	-0.0501544899313	-0.0582237528334	-0.043969207603	-0.0459736041581	-0.101519589758	0.375680597451	0.166812050171	-0.285725692157	0.0969836525441	0.22990084225	-0.00111624292325	0.00275540793822	0.180094336513	-0.00754368017073	0.294371661895	-18.7275179952	-36.4409182932	-32.4817698805
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17	1.36461654741	-0.39738007284	0.395810531094	1.08709320972	-0.205236280064	0.993834027131	0.150678391435	0.299906784712	-0.279595525594	-0.353786892181	-0.0938819417283	0.337909921343	0.221983726333	-0.125114096945	-0.0624495054791	0.329753951153	0.0322213138997	-0.0606280486786	0.28154407416	-0.0749037909281	0.316440166201	-18.6809946405	-40.6143134298	-47.6139734939

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1 through 57 )	A	A	1 - 57	1 - 57
2	2	chain 'A' and (resid 58 through 88 )	A	A	58 - 88	58 - 88
3	3	chain 'A' and (resid 89 through 159 )	A	A	89 - 159	89 - 159
4	4	chain 'A' and (resid 160 through 228 )	A	A	160 - 228	160 - 228
5	5	chain 'A' and (resid 229 through 285 )	A	A	229 - 285	229 - 285
6	6	chain 'A' and (resid 286 through 331 )	A	A	286 - 331	286 - 331
7	7	chain 'A' and (resid 332 through 456 )	A	A	332 - 456	332 - 456
8	8	chain 'C' and (resid 1 through 57 )	C	J	1 - 57	1 - 57
9	9	chain 'C' and (resid 58 through 285 )	C	J	58 - 285	58 - 285
10	10	chain 'C' and (resid 286 through 456 )	C	J	286 - 456	286 - 456
11	11	chain 'D' and (resid 1 through 47 )	D	Q	1 - 47	1 - 47
12	12	chain 'D' and (resid 48 through 159 )	D	Q	48 - 159	48 - 159
13	13	chain 'D' and (resid 160 through 264 )	D	Q	160 - 264	160 - 264
14	14	chain 'D' and (resid 265 through 456 )	D	Q	265 - 456	265 - 456
15	15	chain 'B' and (resid 1 through 47 )	B	E	1 - 47	1 - 47
16	16	chain 'B' and (resid 48 through 328 )	B	E	48 - 328	48 - 328
17	17	chain 'B' and (resid 329 through 456 )	B	E	329 - 456	329 - 456

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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