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- PDB-7tcq: Crystal structure of SARS-CoV-2 neutralizing antibody WS6 in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tcq
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 neutralizing antibody WS6 in complex with spike S2 peptide
要素
  • (Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab light ...) x 2
  • Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab heavy chain
  • Pegylated spike S2 peptide
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV-2 / spike / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / Attachment and Entry / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor ligand activity / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell plasma membrane / virion membrane / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Spike glycoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Zhou, T. / Kwong, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Vaccine-elicited murine antibody WS6 neutralizes diverse beta-coronaviruses by recognizing a helical stem supersite of vulnerability.
著者: Shi, W. / Wang, L. / Zhou, T. / Sastry, M. / Yang, E.S. / Zhang, Y. / Chen, M. / Chen, X. / Choe, M. / Creanga, A. / Leung, K. / Olia, A.S. / Pegu, A. / Rawi, R. / Schon, A. / Shen, C.H. / ...著者: Shi, W. / Wang, L. / Zhou, T. / Sastry, M. / Yang, E.S. / Zhang, Y. / Chen, M. / Chen, X. / Choe, M. / Creanga, A. / Leung, K. / Olia, A.S. / Pegu, A. / Rawi, R. / Schon, A. / Shen, C.H. / Stancofski, E.D. / Talana, C.A. / Teng, I.T. / Wang, S. / Corbett, K.S. / Tsybovsky, Y. / Mascola, J.R. / Kwong, P.D.
履歴
登録2021年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab heavy chain
L: Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab light chain
C: Pegylated spike S2 peptide
A: Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab heavy chain
B: Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab light chain
D: Pegylated spike S2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,94328
ポリマ－95,8096
非ポリマー2,13422
水13,241735
1
H: Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab heavy chain
L: Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab light chain
C: Pegylated spike S2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,16516
ポリマ－47,8963
非ポリマー1,26913
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab heavy chain
B: Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab light chain
D: Pegylated spike S2 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,77812
ポリマ－47,9133
非ポリマー8659
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.063, 64.518, 137.963
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.340, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-569-

HOH

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 CD

#3: タンパク質・ペプチド Pegylated spike S2 peptide


分子量: 1462.708 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: N-term acetylated and C-term pegylated
由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
参照: UniProt: P0DTC2

-
抗体 , 3種, 4分子 HALB

#1: 抗体 Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab heavy chain


分子量: 23120.688 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab light chain


分子量: 23312.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Anti-SARS-CoV-2 antibody WS6 Fab light chain


分子量: 23329.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 757分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 735 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
配列の詳細(I2J) at the carboxy-terminus of the peptide (chains C and D) is a pegylation. The amino-terminal ...(I2J) at the carboxy-terminus of the peptide (chains C and D) is a pegylation. The amino-terminal glutamine of one of the light chains in the asymmetric unit (chain L) spontaneously formed pyroglutamate.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M Ammonium sulfate and 30 % PEG400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→50 Å / Num. obs: 75544 / % possible obs: 95.4 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 27.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.132 / Rpim(I) all: 0.083 / Rrim(I) all: 0.157 / Χ2: 1.453 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.03-2.072.80.79233260.4130.5130.9490.49288.8
2.07-2.12.90.70234680.5290.4580.8440.52591.4
2.1-2.1430.63434950.570.4090.760.57793.6
2.14-2.193.10.58936130.5970.380.7050.62594.6
2.19-2.233.10.56935560.5740.3710.6830.62795.3
2.23-2.293.20.50736210.6270.3310.610.6796
2.29-2.343.20.46636360.6480.3040.560.67596.1
2.34-2.413.30.4536530.6890.2930.540.7396.8
2.41-2.483.30.39636740.7470.2580.4750.80896.7
2.48-2.563.20.34734590.7830.2270.4170.90790.8
2.56-2.653.50.31636820.8220.1970.3740.97697.4
2.65-2.763.60.25937080.8630.160.3061.10798.1
2.76-2.883.60.21137060.9180.1290.2481.29198.1
2.88-3.033.60.1737300.9380.1050.2011.51898
3.03-3.223.50.13237350.9640.0820.1561.99597.9
3.22-3.473.40.10536870.9780.0660.1252.37397.2
3.47-3.823.30.08735220.9840.0550.1032.94192.2
3.82-4.373.60.0737240.990.0430.0822.91997
4.37-5.513.60.0637150.9920.0370.0712.8996.5
5.51-503.50.05837690.9930.0350.0682.92195.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3.8 Å40.23 Å
Translation3.8 Å40.23 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7JKT

7jkt


解像度: 2.02→40.23 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2128 1989 2.63 %
Rwork0.1715 73555 -
obs0.1725 75544 94.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 94.1 Å2 / Biso mean: 32.9514 Å2 / Biso min: 12.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→40.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6720 0 148 735 7603
Biso mean--53.7 38.92 -
残基数----873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9289553
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.011967
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071193
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.02-2.070.27631130.24674152426575
2.07-2.130.25921340.22645066520092
2.13-2.190.24791400.20415167530794
2.19-2.260.26141450.1975328547396
2.26-2.340.24921440.19745370551497
2.34-2.430.24171440.19665320546497
2.43-2.540.22941450.19665349549496
2.54-2.680.27041400.19075171531194
2.68-2.850.21711470.18325429557698
2.85-3.070.20691490.16965477562698
3.07-3.370.2091480.16145461560998
3.37-3.860.18391420.14745245538794
3.86-4.860.1751480.13635483563198
4.86-40.230.20181500.16875537568796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6988-0.80430.14244.96530.37712.21350.0013-0.06030.06880.1063-0.01950.0550.170.03530.02130.1101-0.0011-0.01520.1569-0.01930.134542.19312.692221.1952
24.20110.64021.20011.91340.76552.1307-0.0565-0.05890.0426-0.0338-0.01440.11850.011-0.24330.05470.1120.01370.01360.14080.01760.168112.989619.42318.2319
33.4159-0.35160.3481.62690.38471.7502-0.00670.143-0.0212-0.0818-0.06390.25330.0469-0.24710.05590.13710.0045-0.01750.152-0.03730.199735.0931-7.31481.021
41.7619-1.4588-0.29931.2101-0.0906-0.0219-0.02040.1785-0.22540.0596-0.01330.22220.0238-0.02280.01330.12040.0012-0.01250.1975-0.03040.202423.02058.84384.9945
51.28520.4054-0.23026.55291.15031.9488-0.13050.18020.0691-0.4060.3077-0.3753-0.22820.1049-0.15250.16740.0134-0.01510.25720.03340.242116.601925.3308-2.7412
61.7845-0.37270.6316.00492.49863.0919-0.0580.15970.06880.0098-0.05780.3023-0.2439-0.13670.11480.1013-0.01070.040.22450.05510.174512.389123.87892.569
77.38742.954-0.50877.1376-2.43181.90820.1713-0.234-0.7890.1925-0.0327-0.65581.32360.6854-0.13820.3720.1646-0.05930.295-0.03570.264351.1296-11.793615.8213
88.08843.9884-5.472.6473-3.01075.09320.132-0.0803-0.32380.0739-0.1795-0.18020.23470.19280.05670.37090.0866-0.08620.2559-0.06510.1947-15.800230.316338.5199
95.04262.18150.20124.12411.25493.8140.15520.19380.3646-0.2241-0.08460.04650.04310.0491-0.08240.20370.0917-0.00820.1750.01030.1494-20.299238.987939.1867
104.0870.5101-2.25861.2738-0.39953.25120.07430.05920.3216-0.01320.02530.07710.11780.1356-0.09950.25790.0719-0.03750.2502-0.03690.2043-12.60638.067741.6947
111.8126-0.0325-1.06761.8217-0.47872.8993-0.15470.0440.35870.1444-0.1218-0.3266-0.1480.48390.22670.20710.02430.00750.1911-0.0140.220918.630132.935135.7864
124.7857-1.53982.59581.9294-1.23725.2308-0.0135-0.1652-0.11640.2137-0.01010.0904-0.0684-0.13340.03170.18670.02060.03490.16960.03720.162215.569428.485540.1431
134.10890.59880.91362.52240.51863.28890.0925-0.55020.07910.1568-0.12290.08510.3230.16530.08940.2882-0.00880.0160.3608-0.10130.1778-10.973541.620362.0241
143.5768-0.3402-0.35690.23670.09330.5749-0.1947-0.46930.33810.05060.0832-0.0167-0.03420.110.05190.33180.0055-0.03040.1863-0.02430.234713.306242.17749.0085
154.71640.2056-2.28181.43020.00564.51970.0049-0.25190.5522-0.00680.0325-0.1291-0.76690.2549-0.0460.4148-0.0136-0.09470.20810.00520.300524.094642.320646.0365
168.6112-1.76293.00663.2977-4.78877.03090.459-0.6381-0.22530.20710.06070.78960.194-0.9822-0.48950.3533-0.010.01710.3605-0.05770.2618-30.850139.569150.5126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-IDBeg PDB ins code
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 1 through 111 )H1 - 111
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 112 through 213 )H112 - 213
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'L' and (resid 2 through 75 )L2 - 75
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'L' and (resid 76 through 139 )L76 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'L' and (resid 140 through 158 )L140 - 158
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'L' and (resid 159 through 213 )L159 - 213
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1149 through 1157 )C1149 - 1157
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1 through 32 )A1 - 32
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 33 through 82 )A33 - 82
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 82A through 111 )A82 - 111A
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 112 through 134 )A112 - 134
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 135 through 213 )A135 - 213
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 89 )B1 - 89
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 90 through 155 )B90 - 155
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 156 through 213 )B156 - 213
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 1149 through 1157 )D1149 - 1157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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