ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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REFMAC | 5.8.0267精密化 | PDB_EXTRACT | 3.27 | データ抽出 | autoPROC | | データ削減 | STARANISO | | データスケーリング | MOLREP | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7TAL 解像度: 1.7→45.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 6.303 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.184 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2524 | 1550 | 4.9 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1814 | - | - | - |
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obs | 0.1849 | 29768 | 57.98 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 97.38 Å2 / Biso mean: 27.725 Å2 / Biso min: 13.71 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.21 Å2 | 0 Å2 | -0.39 Å2 |
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2- | - | 0.98 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.44 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.7→45.07 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 3395 | 0 | 34 | 246 | 3675 |
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Biso mean | - | - | 20.19 | 35.22 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 436 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.013 | 0.013 | 3473 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.017 | 3406 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.792 | 1.641 | 4697 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg1.441 | 1.586 | 7823 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg6.047 | 5 | 435 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg32.134 | 22.5 | 196 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg16.807 | 15 | 630 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg23.45 | 15 | 29 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.083 | 0.2 | 459 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.009 | 0.02 | 3959 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 757 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.294 | 4 | - |
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Rwork | 0.222 | 80 | - |
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all | - | 84 | - |
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obs | - | - | 2.12 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 28.41 Å / Origin y: -11.184 Å / Origin z: 17.306 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0012 Å2 | 0.0015 Å2 | -0.0019 Å2 | - | 0.0066 Å2 | -0.0049 Å2 | - | - | 0.0075 Å2 |
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L | 0.1038 °2 | 0.0225 °2 | 0.0254 °2 | - | 0.0239 °2 | -0.009 °2 | - | - | 0.0173 °2 |
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S | 0.0021 Å ° | -0.0105 Å ° | -0.0033 Å ° | -0.0013 Å ° | 0.0007 Å ° | 0.0018 Å ° | 0.0018 Å ° | -0.0044 Å ° | -0.0028 Å ° |
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