[日本語] English
万見
- PDB-7tc3: Human APE1 in the apo form -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tc3
タイトルHuman APE1 in the apo form
要素DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / AP Endonuclease1 / APE1
機能・相同性
機能・相同性情報


Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / : / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III ...Resolution of Abasic Sites (AP sites) / phosphodiesterase activity, acting on 3'-phosphoglycolate-terminated DNA strands / telomere maintenance via base-excision repair / class II DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / : / DNA-(abasic site) binding / double-stranded DNA exodeoxyribonuclease activity / double-stranded telomeric DNA binding / double-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / exodeoxyribonuclease III / Displacement of DNA glycosylase by APEX1 / 3'-5'-DNA exonuclease activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / phosphoric diester hydrolase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / uracil DNA N-glycosylase activity / DNA catabolic process / phosphodiesterase I activity / Resolution of AP sites via the multiple-nucleotide patch replacement pathway / Abasic sugar-phosphate removal via the single-nucleotide replacement pathway / POLB-Dependent Long Patch Base Excision Repair / PCNA-Dependent Long Patch Base Excision Repair / base-excision repair, gap-filling / 3'-5' exonuclease activity / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / regulation of mRNA stability / telomere maintenance / cell redox homeostasis / DNA endonuclease activity / chromatin DNA binding / base-excision repair / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / transcription corepressor activity / endonuclease activity / regulation of apoptotic process / DNA recombination / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / nuclear speck / ribosome / DNA repair / centrosome / nucleolus / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
AP endonucleases family 1 signature 2. / AP endonuclease 1, conserved site / AP endonucleases family 1 signature 3. / AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair nuclease/redox regulator APEX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.252 Å
データ登録者Pidugu, L.S. / Pozharski, E. / Drohat, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM072711, R35-GM136225 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2023
タイトル: Characterizing inhibitors of human AP endonuclease 1.
著者: Pidugu, L.S. / Servius, H.W. / Sevdalis, S.E. / Cook, M.E. / Varney, K.M. / Pozharski, E. / Drohat, A.C.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4116
ポリマ－32,1001
非ポリマー3105
水6,774376
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.651, 141.442, 45.264
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-615-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease, mitochondrial


分子量: 32100.492 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APEX1, APE, APE1, APEX, APX, HAP1, REF1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27695
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 376 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, Sodium Formate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月16日
放射モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent Si(220)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→38.942 Å / Num. obs: 82613 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 10.8 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.25-1.271.71.484533531910.1661.2221.9350.578.9
6.86-38.9411.30.024692361510.0070.02575.499.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3409精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LND

4lnd


解像度: 1.252→38.942 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.78 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1779 4098 4.99 %
Rwork0.1511 78067 -
obs0.1524 82165 98.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.75 Å2 / Biso mean: 30.2559 Å2 / Biso min: 11.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.252→38.942 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2189 0 24 398 2611
Biso mean--50.05 50.13 -
残基数----282
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.252-1.26650.3909820.3735180467
1.2665-1.2820.34571360.3523249192
1.282-1.29820.34641280.3305266497
1.2982-1.31530.34181330.3116260599
1.3153-1.33330.32371600.28242734100
1.3333-1.35240.28971320.27012658100
1.3524-1.37260.24031420.23592724100
1.3726-1.3940.22741410.21322651100
1.394-1.41690.22671310.21272782100
1.4169-1.44130.2281510.20162655100
1.4413-1.46750.21871160.19222744100
1.4675-1.49570.20791300.18382713100
1.4957-1.52630.20971380.17852696100
1.5263-1.55940.17861420.17092751100
1.5594-1.59570.16591380.16492703100
1.5957-1.63560.16761360.16512706100
1.6356-1.67990.16481550.16732714100
1.6799-1.72930.19131660.15952742100
1.7293-1.78510.20941450.15852680100
1.7851-1.84890.15411330.152763100
1.8489-1.92290.16951540.14762723100
1.9229-2.01040.14881410.14692726100
2.0104-2.11640.17231450.14652760100
2.1164-2.2490.14831480.14572758100
2.249-2.42260.18591470.14362761100
2.4226-2.66640.16661300.14722801100
2.6664-3.05210.16421880.13832754100
3.0521-3.84480.16811620.1222818100
3.8448-38.9420.16551480.12582986100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.3898-2.12195.23254.534-1.81286.3494-0.5489-0.9879-0.12480.50790.3605-0.1942-0.3866-0.8137-0.01490.15320.03540.020.39960.04960.324215.070519.8756-7.5825
25.1085-1.41285.44374.95520.63517.448-0.27380.87930.1626-0.6832-0.0564-0.08460.04240.18980.28310.2463-0.07510.05880.3862-0.00410.1225-3.350822.0978-29.6324
32.9932-0.52260.14852.47390.8838.0647-0.12740.09410.2397-0.12060.06180.0071-0.1608-0.25190.10090.1290.0049-0.04420.1199-0.00080.1654-10.304826.107-15.0118
41.47251.2856-1.14156.7312-1.79314.63390.157-0.59280.92820.7126-0.04280.1132-1.10.0961-0.43860.32520.0518-0.05970.2217-0.13830.3337-10.044935.6735-2.6012
53.20690.1509-0.35733.3672-0.22656.6793-0.0832-0.00850.48530.02360.06660.0006-0.4733-0.0085-0.0180.15270.0398-0.05670.1127-0.01840.2325-10.777630.976-11.0391
69.28455.1402-2.36824.9739-5.41158.84310.5124-0.41850.50520.5364-0.24251.1205-0.6957-0.2981-0.32940.36450.08920.04840.2718-0.09570.4068-19.985134.1283-0.9178
73.9097-0.3867-0.21783.12320.1984.1211-0.01230.11130.49310.06270.07120.0588-1.0577-0.4328-0.11650.29080.0809-0.0450.17860.00040.2502-20.542731.9729-10.8639
89.85566.3345-0.42358.5921-4.21855.73571.0538-2.1750.28341.8781-0.8410.673-1.5058-1.4246-0.09010.62540.0030.01380.6107-0.0360.2271-16.828522.9396.4455
94.8946-0.23820.73744.0039-0.98273.9316-0.0862-0.156-0.24050.0350.12230.40020.0993-0.3533-0.05040.10010.03990.00660.1638-0.02330.1777-21.566118.7077-7.1934
103.62423.32042.95555.81044.97654.2708-0.0761.2144-0.1889-1.16980.03970.5794-0.0957-0.64920.05260.2895-0.0088-0.06520.4084-0.0440.2663-23.843818.1304-21.4511
115.0558-2.6132.77794.3101-3.39585.7742-0.4364-0.5205-0.07870.50460.184-0.2145-0.08070.01730.24360.19870.0725-0.00580.20210.00330.1877-9.673112.2809-0.6897
124.7907-0.06534.33953.2551-2.40085.6345-0.2535-0.4141-0.68490.59680.23270.43090.42270.1059-0.06260.28430.04020.0860.220.08460.349-12.45615.8982-0.7622
138.2716-2.06184.25196.7793-1.78483.0811-0.00590.2097-0.7566-0.12940.1620.59050.3423-0.358-0.13880.2047-0.04440.02760.1711-0.03320.355-18.21625.3395-10.4147
142.2588-0.31253.59635.9764-0.42885.73050.04350.0371-0.41840.10180.03570.85330.3911-1.0311-0.14880.2091-0.10230.00710.3785-0.08170.3211-22.235310.7575-19.161
152.50490.0541-0.29861.7921-0.28721.5861-0.1478-0.0503-0.49730.01990.0608-0.18370.18780.10910.06320.13280.0304-0.00210.1244-0.01420.2599-0.25910.6158-10.9559
163.2504-3.43940.04364.13231.62815.6779-0.3613-0.47540.63090.25250.2365-0.6493-0.46540.6526-0.00250.25270.0208-0.11210.3296-0.09060.28956.673125.6037-0.1754
173.04510.41190.47581.59980.48122.6349-0.11420.1096-0.0265-0.07340.054-0.1211-0.02750.07620.04980.12250.0003-0.01080.1241-0.01790.1677-2.760720.1256-15.2617
188.4372-0.35446.30326.92671.6455.24250.02360.5475-0.3846-0.34510.17590.2241-0.131-0.7842-0.1080.1883-0.0458-0.03030.3184-0.01460.1355-12.148420.8747-26.0331
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 36:45)A36 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 46:58)A46 - 58
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 59:72)A59 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 73:77)A73 - 77
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 78:100)A78 - 100
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 101:107)A101 - 107
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 108:122)A108 - 122
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 123:128)A123 - 128
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 129:160)A129 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 161:165)A161 - 165
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 166:185)A166 - 185
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 186:189)A186 - 189
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 190:201)A190 - 201
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 202:206)A202 - 206
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 207:267)A207 - 267
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 268:272)A268 - 272
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 273:313)A273 - 313
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 314:318)A314 - 318

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る