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- PDB-7tbs: Crystal Structure of the Glutaredoxin 2 from Francisella tularensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tbs
タイトルCrystal Structure of the Glutaredoxin 2 from Francisella tularensis
要素Glutaredoxin 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性Glutaredoxin 2, C-terminal / Glutaredoxin 2, C terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutaredoxin domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily / Glutaredoxin 2
機能・相同性情報
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Kim, Y. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the Glutaredoxin 2 from Francisella tularensis
著者: Kim, Y. / Zhou, M. / Grimshaw, S. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutaredoxin 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5666
ポリマ－28,1461
非ポリマー4205
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.989, 83.164, 84.089
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Space group name HallI22
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z
#4: -x,-y,z
#5: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#6: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-494-

HOH

21A-510-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Glutaredoxin 2


分子量: 28146.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis SCHU S4 (バクテリア)
株: SCHU S4 / Schu 4 / 遺伝子: grxB, FTT_0650c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q5NH24
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.23 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M lithium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25 % (w/v) PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 19617 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 7.6 % / Biso Wilson estimate: 27.08 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.95→1.98 Å / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.729 / Mean I/σ(I) obs: 2.32 / Num. unique obs: 817 / % possible all: 84.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19_4092精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.96→42.04 Å / SU ML: 0.2267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.4211
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 974 5.12 %
Rwork0.1819 18065 -
obs0.1837 19039 97.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.44 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→42.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1838 0 21 110 1969
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0021930
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.58152618
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0439278
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004335
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7124719
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.060.3121190.25822243X-RAY DIFFRACTION85.86
2.06-2.190.25031280.21122566X-RAY DIFFRACTION97.75
2.19-2.360.2671270.18482585X-RAY DIFFRACTION98.76
2.36-2.60.20971500.18422613X-RAY DIFFRACTION99.46
2.6-2.970.21171500.18722625X-RAY DIFFRACTION99.68
2.97-3.740.19461470.17452659X-RAY DIFFRACTION100
3.75-42.040.20651530.16692774X-RAY DIFFRACTION99.86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.342791162759-0.341376405712-0.01186891393590.2487872470420.02250148788970.4251109582460.013155762424-0.4097446639210.06228793451150.17597349526-0.0295197601546-0.411077632669-0.4539669193840.419191925301-0.03766006127510.386656963921-0.0899248153882-0.04292104020170.3695632668110.002775551550140.305364801195-2.18328919997-13.1877242849-15.8631060047
20.228833115952-0.08672537117470.3526955279761.983158250280.1603864004061.348936946870.0851409153318-0.110153301087-0.0552230567490.0592058822409-0.0443489283718-0.002146201381140.12819899966-0.0168702232315-0.007797175536670.195930081303-0.0414274832191-0.02827392692120.2221700414110.03976543985590.237451603878-8.07992154234-18.6650675753-14.1260344215
32.70235912484-1.585840441921.859424848571.58224624704-1.694629511311.78912075906-0.21254099911-0.2316220574550.08571153330990.3798232294970.09413682601170.00352303723788-0.478435448133-0.1288900628670.1133079440150.270172953474-0.00962468401235-0.02131081633260.25491646187-0.001132657720440.225778510623-12.9509163285-3.34371780581-11.1565211792
41.09170354239-1.15068099197-0.7797921531434.007008477061.841830033912.82341996699-0.27957425818-0.122740946572-0.2090249121980.4052285704920.160385782360.4802597555560.2610113056140.107377329041-0.006583839116080.277823186654-0.04312498925320.03520659594520.2774484695240.03596690783610.284191241893-26.2200188066-9.83817691501-30.2867503954
51.52799390503-0.4956768409971.776889706845.07429404177-1.308197096564.607067367880.3410443567690.130948044788-0.184073661488-0.792030803487-0.226447304081-0.1305330877510.801766201319-0.0289227055559-0.1959999973970.388794174076-0.00600125924308-0.04107279502940.269410520458-0.02984774838260.276571087777-11.6044578195-25.2753899642-31.0104797845
62.0001459099-0.1508977451081.064773434834.13225659253-4.346175394687.329098703740.247705472893-0.677683846003-0.7271073120230.4575680431250.1271976417620.07967702352190.823186620102-0.360854172284-0.3458083393060.441126183843-0.0587386951946-0.07208313157480.3741732696380.03142095687070.469883431827-22.3468137102-24.8499509511-37.5088225061
72.020261781211.105753568460.8153913652417.03227122052.645589317183.56625615983-0.1893266082180.1518904796480.0407367582974-0.303657255419-0.02184171017050.653239156440.0332753080733-0.3883359130620.005379996730310.173068540505-0.0255250089799-0.02087318102760.2436796034880.04101661607790.230215833752-24.5433210404-5.04047928878-38.2957832924
82.97627573045-0.1279559140210.3591148178612.30512611362-1.228633899414.21429429223-0.0677298828741-0.1451897940790.6080834458360.255147189932-0.0990364845987-0.0172629757115-1.040318757120.4814311895710.07020004953380.445387432923-0.0672322004276-0.04847570528460.269633772994-0.01791147182720.325641917325-13.15724810635.18439295965-22.4119391336
91.15593326716-0.310527424337-0.08784868708031.4086166458-0.3495788422441.59469380369-0.01551408848970.0658610575403-0.06624793398760.110489976593-2.14779582021E-5-0.1828669617110.4095952952870.06708862140290.04185048179350.205354925222-0.00879935046749-0.02126714067510.1947609537910.007009497083450.210616550214-15.4369419855-7.49926013964-30.201305457
101.175881220670.1408978435670.5067800240981.76801595074-0.5589779368591.744540798050.05908782416350.1391333959090.233543607164-0.0922137813436-0.120371180197-0.381646123093-0.07406031739210.3365227384520.1120662639550.166518968755-0.0298195646657-0.00775881854570.2286229003890.01673587170850.228952051725-7.59328082854-3.19255479208-29.6688572649
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid -21 through 9 )-21 - 91 - 16
22chain 'A' and (resid 10 through 61 )10 - 6117 - 68
33chain 'A' and (resid 62 through 83 )62 - 8369 - 90
44chain 'A' and (resid 84 through 100 )84 - 10091 - 107
55chain 'A' and (resid 101 through 128 )101 - 128108 - 135
66chain 'A' and (resid 129 through 143 )129 - 143136 - 150
77chain 'A' and (resid 144 through 160 )144 - 160151 - 167
88chain 'A' and (resid 161 through 172 )161 - 172168 - 179
99chain 'A' and (resid 173 through 195 )173 - 195180 - 202
1010chain 'A' and (resid 196 through 214 )196 - 214203 - 221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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