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- PDB-7tbp: X-ray structure of the HIV-1 myristoylated matrix protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tbp
タイトルX-ray structure of the HIV-1 myristoylated matrix protein
要素Capsid protein p24
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 / matrix / Gag / myristoyl group
機能・相同性
機能・相同性情報


viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / viral translational frameshifting / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / gag protein p24 N-terminal domain / Immunodeficiency lentiviral matrix, N-terminal / gag gene protein p17 (matrix protein) / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / MYRISTIC ACID / Gag polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.151 Å
データ登録者Green, T.J. / Saad, J.S. / Samal, A.B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)9R01AI150901 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Atomic view of the HIV-1 matrix lattice; implications on virus assembly and envelope incorporation.
著者: Samal, A.B. / Green, T.J. / Saad, J.S.
履歴
登録2021年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Capsid protein p24
A: Capsid protein p24
C: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9718
ポリマ－37,8823
非ポリマー1,0895
水1,51384
1
B: Capsid protein p24
ヘテロ分子

B: Capsid protein p24
ヘテロ分子

B: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,85912
ポリマ－37,8823
非ポリマー1,9769
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
2
A: Capsid protein p24
ヘテロ分子

A: Capsid protein p24
ヘテロ分子

A: Capsid protein p24
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1739
ポリマ－37,8823
非ポリマー1,2916
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
3
C: Capsid protein p24

C: Capsid protein p24

C: Capsid protein p24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8823
ポリマ－37,8823
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)96.562, 96.562, 216.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-325-

HOH

21A-327-

HOH

31A-329-

HOH

41A-331-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Capsid protein p24 / Matrix protein p17 / Nucleocapsid protein p7


分子量: 12627.417 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
遺伝子: gag / プラスミド: pET-19B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon-plus RIL-competent cells / 参照: UniProt: C1JB69
#2: 化合物 ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 40% PEG 400, 0.1 M Bis-Tris-propane buffer (pH 4.7)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97954 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→24.9 Å / Num. obs: 21434 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 43.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.04682 / Rpim(I) all: 0.02045 / Rrim(I) all: 0.05124 / Net I/σ(I): 21.66
反射 シェル解像度: 2.15→2.228 Å / Rmerge(I) obs: 0.5734 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / Num. unique obs: 2087 / CC1/2: 0.805 / CC star: 0.945 / Rpim(I) all: 0.2634 / Rrim(I) all: 0.6327 / % possible all: 98.86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HIW

1hiw


解像度: 2.151→24.896 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2381 1996 9.31 %
Rwork0.1843 19433 -
obs0.1872 21429 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 161.68 Å2 / Biso mean: 66.2679 Å2 / Biso min: 26.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.151→24.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2499 0 58 84 2641
Biso mean--96.12 60.51 -
残基数----310
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062589
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7973463
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048372
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005443
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5341596
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1513-2.20510.32731380.2687134398
2.2051-2.26470.32631290.23931377100
2.2647-2.33130.26761500.22371358100
2.3313-2.40650.2931430.21181398100
2.4065-2.49240.24351410.19041361100
2.4924-2.59210.23831420.19391378100
2.5921-2.70990.24831500.1851368100
2.7099-2.85260.24271450.1911387100
2.8526-3.03110.25461390.1981390100
3.0311-3.26460.2811400.20151394100
3.2646-3.59230.25071450.1961388100
3.5923-4.11010.21371400.16481412100
4.1101-5.17060.21061420.15331422100
5.1706-24.8960.22231520.1703145798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.88726.2-5.86664.9995-4.73195.1779-0.28011.31230.172-1.8482-0.0075-0.625-0.1666-0.49420.25540.7669-0.05580.08190.8444-0.08010.6691-18.937949.31274.302
23.2621-3.0917-3.54813.46843.57784.3054-0.1198-1.2751-0.0940.66430.4716-0.6826-0.27690.5567-0.44230.3053-0.04130.01220.4188-0.02140.3664-20.549539.60877.5684
33.16-0.7172-1.26957.957-3.50413.18540.35810.6793-1.1671-1.19750.0354-1.04842.80881.7684-0.33270.76170.2387-0.01570.5778-0.08750.6417-19.591928.25546.0547
41.47881.9291-3.07257.4284-1.83416.9222-0.8972.1378-0.0119-0.65570.82430.92870.3756-1.49570.08140.3829-0.1349-0.0430.55650.06720.3679-35.443234.02063.4973
52.37022.78111.43736.91363.14515.71060.34040.29620.84190.0564-0.37441.1733-0.56950.01940.1540.2908-0.0416-0.02610.36320.05380.6689-38.908339.500511.0976
66.06143.86380.1174.85391.53394.02070.2604-0.6605-0.14371.0387-0.42620.7810.4334-0.24320.19780.4174-0.0310.12440.42040.01040.3966-37.633230.880218.3132
75.58413.17251.8674.4084.36138.5111-0.05730.0612-0.5250.3014-0.13520.13350.58020.04930.02410.31460.01140.00940.29550.0170.2848-30.957831.073212.9541
83.4293-2.0791-2.8063.87464.35715.1424-0.0653-1.3190.71160.68250.5047-1.3448-0.35771.8558-0.58310.4318-0.0017-0.10920.5895-0.05640.621-19.923736.75417.1334
97.29711.7419-5.03485.0495-0.00726.434-0.4576-1.6225-0.07172.51430.5666-0.66410.53561.51170.6250.95670.12890.01080.5630.20040.352-25.14429.647122.3041
107.26385.0592-4.16816.55770.97677.3596-0.01020.01630.9362-0.22190.3328-0.0895-0.5039-0.1923-0.10060.48120.0889-0.03610.4443-0.07020.712-22.750817.731628.8511
114.00622.7655-1.52163.87631.93469.90320.3051-0.5299-1.9655-0.2734-0.10480.91431.4778-1.7741-0.28530.5962-0.1048-0.10560.65170.07680.8353-27.31994.691730.0634
125.3308-3.1247-4.97673.00423.08994.719-0.4307-1.3485-0.61720.73190.5337-0.69350.17430.6084-0.10340.51360.1399-0.06990.6366-0.00030.4868-10.94758.573532.2302
134.24631.46933.1339.4026-4.26346.8855-0.00320.87110.957-0.0504-0.5639-0.8181-0.24340.26910.33890.3589-0.0030.07040.3612-0.05640.661-6.932513.274124.7132
146.7198-3.94131.29322.8298-1.52613.61090.33170.4736-0.0676-1.2309-0.2518-0.02770.2385-0.1693-0.08940.53640.04570.03470.47430.05290.3395-10.07495.061717.7239
156.0075-5.15881.35934.6038-2.29964.0911-0.06850.3362-0.2762-0.9765-0.13730.14450.5746-0.39280.21180.43240.034-0.02170.3707-0.01040.4155-16.28566.317323.0942
168.05293.6538-2.25288.5062-4.38186.30610.99631.2841-0.6888-0.9651-1.03121.40080.21870.49-0.23630.45880.0822-0.19420.6985-0.04590.6538-26.631913.450319.4237
173.72851.1668-4.03343.5378-2.36655.3493-0.62651.8149-1.0227-2.29280.030.43111.3042-1.41520.2681.0248-0.0619-0.15870.7382-0.220.7596-22.31875.939714.4039
181.34192.6135-2.51657.3978-6.06995.3474-1.38020.88040.1728-0.8627-1.4521-0.98371.72531.42061.0251.15060.3356-0.24480.9472-0.20551.35549.691427.24648.2016
199.4671-1.4568-3.43037.13190.5097.1685-0.1311.0684-1.58520.35760.27471.26452.1978-1.31240.04531.0059-0.0379-0.14810.705-0.04181.4868-2.663427.96727.2064
203.3219-3.4418-1.18994.60873.33646.12870.41760.87150.8784-0.6899-0.48020.2596-0.4313-0.41050.02860.44570.1243-0.00130.640.21990.89287.243844.13048.577
214.4714-6.2207-2.04979.55032.09176.9739-0.5802-1.6934-0.5850.8330.2840.55150.43830.1050.23250.49650.05670.01490.6250.0180.70432.312444.62220.1664
225.3908-4.93020.72635.49311.98218.4518-0.0241-0.4645-0.38090.2668-0.38030.38820.3857-0.66620.35850.521-0.0395-0.04780.47420.17670.85331.764838.126214.5155
230.081-0.0006-0.74960.0222-0.00467.2793-0.05310.8611-1.94750.99430.05962.38030.66891.64460.27571.1157-0.0382-0.01580.62340.08141.64956.459726.74417.4582
242.77963.82211.50016.0244.72732.02650.3223-1.6365-1.94180.99630.76480.91421.69510.43160.19530.99230.07260.34271.28050.56631.5307-0.35531.236722.6923
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 3 through 11 )B3 - 11
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 12 through 18 )B12 - 18
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 19 through 30 )B19 - 30
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 31 through 43 )B31 - 43
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 44 through 53 )B44 - 53
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 54 through 72 )B54 - 72
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 73 through 89 )B73 - 89
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13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 44 through 53 )A44 - 53
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 54 through 72 )A54 - 72
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 73 through 89 )A73 - 89
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17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 97 through 108 )A97 - 108
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 10 through 18 )C10 - 18
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 19 through 30 )C19 - 30
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 31 through 53 )C31 - 53
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 54 through 72 )C54 - 72
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 73 through 89 )C73 - 89
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 90 through 96 )C90 - 96
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 97 through 107 )C97 - 107

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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