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- PDB-7tbc: Crystal structure of Plasmepsin X from Plasmodium falciparum in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tbc
タイトルCrystal structure of Plasmepsin X from Plasmodium falciparum in complex with WM382
要素Plasmepsin 10
キーワードHYDROLASE / Aspartyl Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


protein processing / aspartic-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-I0L / Plasmepsin 10
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Christensen, J.B. / Hodder, A.N. / Scally, S.W. / Cowman, A.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust109662/Z/15/Z, 202749/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Basis for drug selectivity of plasmepsin IX and X inhibition in Plasmodium falciparum and vivax.
著者: Hodder, A.N. / Christensen, J. / Scally, S. / Triglia, T. / Ngo, A. / Birkinshaw, R.W. / Bailey, B. / Favuzza, P. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. / Czabotar, P.E. / Lowes, K. / Guo, Z. / ...著者: Hodder, A.N. / Christensen, J. / Scally, S. / Triglia, T. / Ngo, A. / Birkinshaw, R.W. / Bailey, B. / Favuzza, P. / Dietrich, M.H. / Tham, W.H. / Czabotar, P.E. / Lowes, K. / Guo, Z. / Murgolo, N. / Lera Ruiz, M. / McCauley, J.A. / Sleebs, B.E. / Olsen, D. / Cowman, A.F.
履歴
登録2021年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmepsin 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,80019
ポリマ－42,9491
非ポリマー1,85118
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.320, 109.320, 118.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Plasmepsin 10


分子量: 42948.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q2KNW6
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 4種, 26分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-I0L / (4R)-4-[(2E)-4,4-diethyl-2-imino-6-oxo-1,3-diazinan-1-yl]-N-[(4S)-2,2-dimethyl-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-4-yl]-3,4-dihydro-2H-1-benzopyran-6-carboxamide


分子量: 504.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H36N4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 12.5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M bicine-tris pH 8.5, 2.85% (v/v) diethylene glycol, 6.35% (v/v) pentaethylene glycol, 12.5% (w/v) polyethylene glycol 1000, 12.5% (w/v) polyethylene ...詳細: 12.5% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M bicine-tris pH 8.5, 2.85% (v/v) diethylene glycol, 6.35% (v/v) pentaethylene glycol, 12.5% (w/v) polyethylene glycol 1000, 12.5% (w/v) polyethylene glycol 3350, 5.2% (v/v) tetraethylene glycol, 4.1% (v/v) triethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→49.63 Å / Num. obs: 21289 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 22.6 % / Biso Wilson estimate: 96.22 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.76→2.91 Å / 冗長度: 6.5 % / Num. unique obs: 2860 / CC1/2: 0.936 / Rpim(I) all: 0.496 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7TBB

7tbb


解像度: 2.76→49.62 Å / SU ML: 0.3746 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.7843
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1061 4.99 %
Rwork0.1966 20199 -
obs0.1982 21260 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 91.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.76→49.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2659 0 124 9 2792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00252837
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.56133820
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041501
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.68851047
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.76-2.880.3941240.31612293X-RAY DIFFRACTION91.59
2.88-3.040.25911280.23672518X-RAY DIFFRACTION99.51
3.04-3.230.31051270.27412525X-RAY DIFFRACTION99.96
3.23-3.480.26531380.19892504X-RAY DIFFRACTION99.96
3.48-3.820.23661350.21852539X-RAY DIFFRACTION99.96
3.83-4.380.23881380.18332561X-RAY DIFFRACTION100
4.38-5.510.20141340.17182564X-RAY DIFFRACTION100
5.52-49.620.20091370.192695X-RAY DIFFRACTION99.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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