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万見
- PDB-7tax: Cryo-EM structure of the Csy-AcrIF24-promoter DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tax
タイトルCryo-EM structure of the Csy-AcrIF24-promoter DNA complex
要素
  • (CRISPR type I-F/YPEST-associated protein ...) x 2
  • (CRISPR-associated ...) x 2
  • AcrIF24
  • DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP*T)-3')
  • RNA (61-MER)
キーワードHYDROLASE/RNA/DNA / Csy / Cascade / CRISPR / anti-CRISPR / AcrIF24 / HYDROLASE-RNA-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / defense response to virus / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST / CRISPR-associated endoribonuclease Cas6/Csy4, subtype I-F/YPEST superfamily / CRISPR-associated protein (Cas_Csy4) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3)
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3 / Uncharacterized protein / CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Mukherjee, I.A. / Chang, L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM138675 米国
引用ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022
タイトル: Structural basis of AcrIF24 as an anti-CRISPR protein and transcriptional suppressor.
著者: Indranil Arun Mukherjee / Clinton Gabel / Nicholas Noinaj / Joseph Bondy-Denomy / Leifu Chang /
要旨: Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure ...Anti-CRISPR (Acr) proteins are encoded by phages to inactivate CRISPR-Cas systems of bacteria and archaea and are used to enhance the CRISPR toolbox for genome editing. Here we report the structure and mechanism of AcrIF24, an Acr protein that inhibits the type I-F CRISPR-Cas system from Pseudomonas aeruginosa. AcrIF24 is a homodimer that associates with two copies of the surveillance complex (Csy) and prevents the hybridization between CRISPR RNA and target DNA. Furthermore, AcrIF24 functions as an anti-CRISPR-associated (Aca) protein to repress the transcription of the acrIF23-acrIF24 operon. Alone or in complex with Csy, AcrIF24 is capable of binding to the acrIF23-acrIF24 promoter DNA with nanomolar affinity. The structure of a Csy-AcrIF24-promoter DNA complex at 2.7 Å reveals the mechanism for transcriptional suppression. Our results reveal that AcrIF24 functions as an Acr-Aca fusion protein, and they extend understanding of the diverse mechanisms used by Acr proteins.
履歴
登録2021年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年12月7日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年6月5日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list
Item: _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id ..._em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated protein Csy1
B: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2
C: CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4
D: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
E: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
F: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
G: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
H: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
I: CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3
J: AcrIF24
K: AcrIF24
M: RNA (61-MER)
Y: DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP*A)-3')
X: DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)426,71514
ポリマ－426,71514
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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CRISPR-associated ... , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 CRISPR-associated protein Csy1


分子量: 49194.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 遺伝子: csy1, PA14_33330 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: Q02ML9
#3: タンパク質 CRISPR-associated endonuclease Cas6/Csy4


分子量: 21427.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 遺伝子: cas6f, csy4, PA14_33300 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア)
参照: UniProt: Q02MM2, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

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CRISPR type I-F/YPEST-associated protein ... , 2種, 7分子 BDEFGHI

#2: タンパク質 CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy2 / Type I-F CRISPR-associated protein Csy2


分子量: 36244.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア)
遺伝子: csy2, ALP65_00953, IPC1598_32520, IPC29_26970, PA52Ts2_3638, PACL_0128
発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: B3G161
#4: タンパク質
CRISPR type I-F/YPEST-associated protein Csy3


分子量: 39778.594 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 遺伝子: PA52Ts2_3639 / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A444M080

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DNA鎖 , 2種, 2分子 YX

#7: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP*A)-3')


分子量: 5828.798 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas (バクテリア)
#8: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*TP*AP*GP*CP*TP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*GP*AP*GP*CP*TP*AP*T)-3')


分子量: 5819.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas (バクテリア)

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 JKM

#5: タンパク質 AcrIF24


分子量: 24995.271 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia (バクテリア)
#6: RNA鎖 RNA (61-MER)


分子量: 19538.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas (バクテリア) / 発現宿主: Escherichia (バクテリア) / 参照: GenBank: 313291946

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Csy-AcrIF / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 400 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Pseudomonas (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 54 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 426924 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 7JZW

7jzw


Accession code: 7JZW / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00352793
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.63672465
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.6168650
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0428164
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0068966

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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