PDB-7tak: Structure of a NAT transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7tak

タイトル

Structure of a NAT transporter

要素

Putative membrane protein PurT

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / nucleobase ascorbic acid transporter

機能・相同性

nucleobase transmembrane transporter activity / Nucleobase cation symporter 2 family / Permease family / membrane / GUANINE / Putative membrane protein

機能・相同性情報

生物種

Colwellia psychrerythraea (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.79828 Å

データ登録者

Weng, J. / Zhou, X. / Ren, Z. / Chen, K. / Zhou, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a NAT transporter
著者: Weng, J. / Zhou, X. / Ren, Z. / Chen, K. / Zhou, M.

履歴

登録	2021年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月13日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / struct_keywords Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _struct_keywords.text
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7tak.cif.gz	365.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7tak.ent.gz	301.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7tak.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7tak_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7tak_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	7tak_validation.xml.gz	32.4 KB	表示
CIF形式データ	7tak_validation.cif.gz	43.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7tak ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7tak	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xlsS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative membrane protein PurT

B: Putative membrane protein PurT

ヘテロ分子

104 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.713, 135.993, 79.169
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Putative membrane protein PurT 分子量: 51785.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Colwellia psychrerythraea (バクテリア) 遺伝子: CPS_4258 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q47WB4
#2: 化合物	ChemComp-GUN / GUANINE / グアニン分子量: 151.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₅O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.07 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸発脱水法詳細: 30% (v/v) PEG 400, 0.1 M MES pH 6.0, 3 mM Na-glycochenodeoxycholate and 0.5 mM 6-bromopurine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.915 Å
検出器	タイプ: MPCCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年1月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.79828→48.0306 Å / Num. obs: 35338 / % possible obs: 98.7018 % / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.25 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2.7983→2.8983 Å / R_merge(I) obs: 0.25 / Num. unique obs: 2307

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1951	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5xls

5xls

解像度: 2.79828→41.781 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	1771	5.01 %
R_work	0.198	-	-
obs	0.1997	35338	98.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.79828→41.781 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6992	0	22	17	7031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7216
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.192	9836
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.379	2564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	1127
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1213

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7983-2.8739	0.334	103	0.3382	2307	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8739-2.9585	0.3431	118	0.3089	2499	X-RAY DIFFRACTION	96
2.9585-3.0539	0.2885	142	0.2726	2541	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0539-3.163	0.324	120	0.2512	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
3.163-3.2896	0.2565	137	0.2227	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2896-3.4393	0.2285	145	0.1979	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4393-3.6205	0.2722	146	0.187	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6205-3.8472	0.2232	159	0.1782	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8472-4.144	0.2176	138	0.164	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
4.144-4.5606	0.1871	155	0.1573	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5606-5.2194	0.2294	141	0.1754	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2194-6.5718	0.2723	125	0.2357	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5718-41.78	0.21	142	0.1948	2756	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2237	0.3288	-0.1212	2.8705	0.2677	1.7164	0.016	-0.0525	0.702	0.1628	0.0444	-0.812	0.1343	0.1301	-0.032	0.6833	0.0081	-0.0909	0.9178	-0.0539	0.8664	38.572	2.93	21.98
2	5.376	0.6729	-0.3974	5.732	-1.4068	9.1798	-0.3834	0.2997	-0.6725	-0.1763	0.0857	-0.7622	0.0982	0.1017	0.25	0.6089	0.0475	-0.083	0.765	-0.1221	0.962	34.221	-13.523	14.466
3	5.109	-1.7376	-0.4985	4.6917	-0.2762	2.2175	-0.0632	-0.0098	0.2897	0.1607	0.1883	-1.0607	-0.1197	0.3558	-0.0923	0.6283	-0.0648	-0.0624	1.013	-0.0486	0.8708	36.997	0.189	19.719
4	3.7415	0.4062	-0.7461	3.0959	-0.3459	0.7529	-0.0441	-0.9694	-1.1619	0.5942	0.2577	-0.3	0.1989	0.0684	-0.2569	0.8885	0.0891	-0.2458	1.1602	0.1351	1.0148	25.765	-18.462	26.292
5	4.8554	-0.4224	-1.1929	4.7451	1.8968	3.0807	0.0684	0.3059	-1.5943	0.2316	-0.0031	0.7731	0.1961	-0.1958	-0.0813	0.633	-0.0153	-0.1377	0.8909	-0.0404	1.1761	-0.982	-32.018	17.009
6	4.6468	-0.3453	0.3373	2.4229	-0.4076	3.1301	-0.0998	-0.7444	-1.1354	0.4168	0.3464	-0.3819	0.1431	-0.0613	-0.1643	0.9963	-0.0198	-0.0577	0.9784	0.3074	1.0224	11.611	-27.818	28.228
7	6.0298	0.1919	-1.8334	1.9725	-0.6568	2.8009	0.1181	0.489	-1.5818	-0.2698	-0.0434	-0.1485	0.2805	0.0298	-0.1034	0.8336	0.0372	-0.0504	0.7268	-0.1498	1.0314	10.039	-28.386	14.356

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:130 )	A	1 - 130
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 131:207 )	A	131 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 208:366 )	A	208 - 366
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 367:457 )	A	367 - 457
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 2:130 )	B	2 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 131:233 )	B	131 - 233
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 234:457 )	B	234 - 457

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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