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万見
- PDB-7tab: G-925 bound to the SMARCA4 (BRG1) Bromodomain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7tab
タイトルG-925 bound to the SMARCA4 (BRG1) Bromodomain
要素Isoform 4 of Transcription activator BRG1
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / bromodomain BRG1 SMARCA4 inhibitor / protein binding / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 2-(6-amino-5-phenylpyridazin-3-yl)phenol / Isoform 4 of SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Tang, Y. / Poy, F. / Taylor, A.M. / Cochran, A.G. / Bellon, S.F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: GNE-064: A Potent, Selective, and Orally Bioavailable Chemical Probe for the Bromodomains of SMARCA2 and SMARCA4 and the Fifth Bromodomain of PBRM1.
著者: Taylor, A.M. / Bailey, C. / Belmont, L.D. / Campbell, R. / Cantone, N. / Cote, A. / Crawford, T.D. / Cummings, R. / DeMent, K. / Duplessis, M. / Flynn, M. / Good, A.C. / Huang, H.R. / Joshi, ...著者: Taylor, A.M. / Bailey, C. / Belmont, L.D. / Campbell, R. / Cantone, N. / Cote, A. / Crawford, T.D. / Cummings, R. / DeMent, K. / Duplessis, M. / Flynn, M. / Good, A.C. / Huang, H.R. / Joshi, S. / Leblanc, Y. / Murray, J. / Nasveschuk, C.G. / Neiss, A. / Poy, F. / Romero, F.A. / Sandy, P. / Tang, Y. / Tsui, V. / Zawadzke, L. / Sims 3rd, R.J. / Audia, J.E. / Bellon, S.F. / Magnuson, S.R. / Albrecht, B.K. / Cochran, A.G.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年8月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年9月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isoform 4 of Transcription activator BRG1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3682
ポリマ－15,1041
非ポリマー2631
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.227, 28.597, 65.740
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Isoform 4 of Transcription activator BRG1 / ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and ...ATP-dependent helicase SMARCA4 / BRG1-associated factor 190A / BAF190A / Mitotic growth and transcription activator / Protein BRG-1 / Protein brahma homolog 1 / SNF2-beta / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A member 4


分子量: 15104.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P51532-4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: 化合物 ChemComp-GGU / 2-(6-amino-5-phenylpyridazin-3-yl)phenol


分子量: 263.294 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13N3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.74 %
解説: Very thin plates that nonetheless diffract to extreme high resolution.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Protein in buffer: 20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, at a concentration of 15.55 mg/ml (1.03 mM) Reservoir solution contains: Jeffamine ED-2001 pH 7.0 at 30%, Tris-HCl pH 8.5 at 0.1 M, 4% PEG 400
PH範囲: 8.2-8.8 / Temp details: 4 degree Celsius

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2 flow / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月15日
放射モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→50 Å / Num. obs: 38722 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 134810
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.16-1.22.80.5733491.054186.4
1.2-1.253.40.50338981.0611100
1.25-1.313.50.37139431.0111100
1.31-1.383.60.28139161.0231100
1.38-1.463.60.20938831.0671100
1.46-1.573.60.14539161.0281100
1.57-1.733.60.11239211.002199.9
1.73-1.983.60.08939501.044199.7
1.98-2.53.60.06439321.028199.5
2.5-503.40.0540141.051198.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GRC

2grc


解像度: 1.16→32.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.434 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2009 1943 5 %RANDOM
Rwork0.1798 ---
obs0.1809 36670 98.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 42.28 Å2 / Biso mean: 13.091 Å2 / Biso min: 5.47 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2 Å2-0 Å2-0.03 Å2
2--0.19 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.16→32.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1012 0 20 126 1158
Biso mean--10.6 19 -
残基数----123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0121063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0411.6441429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2545126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.14323.09155
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97915219
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.363157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2135
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02785
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.189 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.163 114 -
Rwork0.167 2252 -
obs--81.59 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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