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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7tab | ||||||
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タイトル | G-925 bound to the SMARCA4 (BRG1) Bromodomain | ||||||
要素 | Isoform 4 of Transcription activator BRG1 | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / bromodomain BRG1 SMARCA4 inhibitor / protein binding / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / 2-(6-amino-5-phenylpyridazin-3-yl)phenol / Isoform 4 of Transcription activator BRG1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.16 Å | ||||||
データ登録者 | Tang, Y. / Poy, F. / Taylor, A.M. / Cochran, A.G. / Bellon, S.F. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: GNE-064: A Potent, Selective, and Orally Bioavailable Chemical Probe for the Bromodomains of SMARCA2 and SMARCA4 and the Fifth Bromodomain of PBRM1. 著者: Taylor, A.M. / Bailey, C. / Belmont, L.D. / Campbell, R. / Cantone, N. / Cote, A. / Crawford, T.D. / Cummings, R. / DeMent, K. / Duplessis, M. / Flynn, M. / Good, A.C. / Huang, H.R. / Joshi, ...著者: Taylor, A.M. / Bailey, C. / Belmont, L.D. / Campbell, R. / Cantone, N. / Cote, A. / Crawford, T.D. / Cummings, R. / DeMent, K. / Duplessis, M. / Flynn, M. / Good, A.C. / Huang, H.R. / Joshi, S. / Leblanc, Y. / Murray, J. / Nasveschuk, C.G. / Neiss, A. / Poy, F. / Romero, F.A. / Sandy, P. / Tang, Y. / Tsui, V. / Zawadzke, L. / Sims 3rd, R.J. / Audia, J.E. / Bellon, S.F. / Magnuson, S.R. / Albrecht, B.K. / Cochran, A.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7tab.cif.gz | 44.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7tab.ent.gz | 28.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7tab.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7tab_validation.pdf.gz | 715.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7tab_full_validation.pdf.gz | 715.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7tab_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7tab_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7tab ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ta/7tab | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7td9C 2grcS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15104.229 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCA4, BAF190A, BRG1, SNF2B, SNF2L4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P51532-4, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 |
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#2: 化合物 | ChemComp-GGU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.74 % 解説: Very thin plates that nonetheless diffract to extreme high resolution. |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Protein in buffer: 20 mM Hepes pH 7.5, 150 mM NaCl, 0.5 mM TCEP, at a concentration of 15.55 mg/ml (1.03 mM) Reservoir solution contains: Jeffamine ED-2001 pH 7.0 at 30%, Tris-HCl pH 8.5 at 0.1 M, 4% PEG 400 PH範囲: 8.2-8.8 / Temp details: 4 degree Celsius |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN2 flow / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.98011 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年12月15日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.16→50 Å / Num. obs: 38722 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.036 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 134810 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2GRC 解像度: 1.16→32.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.434 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.041 / ESU R Free: 0.043 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 42.28 Å2 / Biso mean: 13.091 Å2 / Biso min: 5.47 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.16→32.88 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.16→1.189 Å / Rfactor Rfree error: 0
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