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- PDB-7ta6: Trimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ta6
タイトルTrimer-to-Monomer Disruption of Tumor Necrosis Factor-alpha (TNF-alpha) by unnatural alpha/beta-peptide-1
要素
  • Alpha/Beta-peptide-1
  • Tumor necrosis factor
キーワードSIGNALING PROTEIN / tumor necrosis factor-alpha / signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell ...negative regulation of L-glutamate import across plasma membrane / negative regulation of branching involved in lung morphogenesis / negative regulation of bile acid secretion / response to Gram-negative bacterium / positive regulation of interleukin-33 production / positive regulation of neutrophil activation / positive regulation of blood microparticle formation / positive regulation of chronic inflammatory response to antigenic stimulus / positive regulation of fractalkine production / positive regulation of leukocyte adhesion to arterial endothelial cell / positive regulation of vitamin D biosynthetic process / positive regulation of protein transport / positive regulation of translational initiation by iron / response to 3,3',5-triiodo-L-thyronine / response to macrophage colony-stimulating factor / regulation of membrane lipid metabolic process / regulation of endothelial cell apoptotic process / chronic inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of branching involved in salivary gland morphogenesis / negative regulation of protein-containing complex disassembly / positive regulation of humoral immune response mediated by circulating immunoglobulin / response to gold nanoparticle / positive regulation of hair follicle development / negative regulation of myelination / response to isolation stress / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of amyloid-beta clearance / inflammatory response to wounding / positive regulation of interleukin-18 production / death receptor agonist activity / positive regulation of action potential / TNF signaling / epithelial cell proliferation involved in salivary gland morphogenesis / embryonic digestive tract development / toll-like receptor 3 signaling pathway / negative regulation of D-glucose import / vascular endothelial growth factor production / leukocyte migration involved in inflammatory response / response to fructose / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of synoviocyte proliferation / necroptotic signaling pathway / positive regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / leukocyte tethering or rolling / positive regulation of mononuclear cell migration / positive regulation of fever generation / negative regulation of myoblast differentiation / positive regulation of protein-containing complex disassembly / regulation of establishment of endothelial barrier / endothelial cell apoptotic process / negative regulation of oxidative phosphorylation / cellular response to toxic substance / positive regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of osteoclast differentiation / macrophage activation involved in immune response / tumor necrosis factor receptor binding / negative regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / regulation of immunoglobulin production / TNFR1-mediated ceramide production / positive regulation of hepatocyte proliferation / positive regulation of programmed cell death / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of podosome assembly / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of fat cell differentiation / positive regulation of leukocyte adhesion to vascular endothelial cell / TNFR1-induced proapoptotic signaling / regulation of metabolic process / negative regulation of bicellular tight junction assembly / regulation of reactive oxygen species metabolic process / positive regulation of DNA biosynthetic process / response to L-glutamate / positive regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of heart rate / negative regulation of viral genome replication / regulation of synapse organization / negative regulation of fat cell differentiation / negative regulation of endothelial cell proliferation / Interleukin-10 signaling / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of interleukin-6 production / humoral immune response / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of lipid storage / negative regulation of mitotic cell cycle / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of osteoblast differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / skeletal muscle contraction / positive regulation of synaptic transmission / positive regulation of MAP kinase activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor alpha / Tumour necrosis factor / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / AMINO GROUP / Tumor necrosis factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Niu, J. / Bingman, C.A. / Gellman, S.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM056414 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2022
タイトル: Trimer-to-Monomer Disruption Mechanism for a Potent, Protease-Resistant Antagonist of Tumor Necrosis Factor-alpha Signaling.
著者: Niu, J. / Cederstrand, A.J. / Eddinger, G.A. / Yin, B. / Checco, J.W. / Bingman, C.A. / Outlaw, V.K. / Gellman, S.H.
履歴
登録2021年12月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年2月15日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_refine_tls_group / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_peptide_omega / pdbx_validate_rmsd_angle / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _pdbx_refine_tls_group.beg_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.end_auth_seq_id / _pdbx_refine_tls_group.selection_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.seq_align_end
改定 3.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id
改定 3.12024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor necrosis factor
B: Tumor necrosis factor
C: Tumor necrosis factor
D: Tumor necrosis factor
E: Tumor necrosis factor
F: Tumor necrosis factor
G: Tumor necrosis factor
H: Tumor necrosis factor
I: Alpha/Beta-peptide-1
J: Alpha/Beta-peptide-1
K: Alpha/Beta-peptide-1
L: Alpha/Beta-peptide-1
M: Alpha/Beta-peptide-1
N: Alpha/Beta-peptide-1
O: Alpha/Beta-peptide-1
P: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)166,67633
ポリマ－166,01316
非ポリマー66417
水81145
1
A: Tumor necrosis factor
N: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9546
ポリマ－20,7522
非ポリマー2024
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Tumor necrosis factor
I: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8304
ポリマ－20,7522
非ポリマー782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Tumor necrosis factor
J: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8925
ポリマ－20,7522
非ポリマー1403
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Tumor necrosis factor
K: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8304
ポリマ－20,7522
非ポリマー782
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Tumor necrosis factor
M: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8304
ポリマ－20,7522
非ポリマー782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Tumor necrosis factor
L: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7683
ポリマ－20,7522
非ポリマー161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: Tumor necrosis factor
O: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7683
ポリマ－20,7522
非ポリマー161
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: Tumor necrosis factor
P: Alpha/Beta-peptide-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8074
ポリマ－20,7522
非ポリマー552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)143.774, 143.552, 76.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 16分子 ABCDEFGHIJKLMNOP

#1: タンパク質
Tumor necrosis factor / Cachectin / TNF-alpha / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 2 / TNF-a


分子量: 17457.736 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNF, TNFA, TNFSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01375
#2: タンパク質・ペプチド
Alpha/Beta-peptide-1


分子量: 3293.842 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 62分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 化合物
ChemComp-NH2 / AMINO GROUP / アンモニア


分子量: 16.023 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NH2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.32 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.8 M potassium sodium tartrate, 0.1 M Tris HCl pH 8.5, 4% ethylene glycol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03323 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03323 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→101.11 Å / Num. obs: 43735 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 75.67 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 298842
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.67-2.8271.7894447963480.4280.7241.9311.1100
8.45-101.116.30.052894314110.9980.0220.05725.899.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSJan 31, 2020データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHENIX1.19.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
autoPROC20190923data processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TNF_A

解像度: 2.67→39.74 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2727 1997 4.57 %
Rwork0.2449 41695 -
obs0.2463 43692 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 228.26 Å2 / Biso mean: 101.43 Å2 / Biso min: 54.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.67→39.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10204 0 217 45 10466
Biso mean--92.87 73.89 -
残基数----1320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.67-2.740.38941000.34329993099100
2.74-2.810.35592000.336928973097100
2.81-2.90.3784990.337330223121100
2.9-2.990.33472000.329529073107100
2.99-3.10.32931000.320630243124100
3.1-3.220.35951850.300328943079100
3.22-3.370.28671150.282230263141100
3.37-3.540.37551000.287530093109100
3.54-3.770.30922000.256529313131100
3.77-4.060.32621000.243530403140100
4.06-4.460.26132000.203229143114100
4.46-5.110.2269990.196330333132100
5.11-6.430.26221990.231529393138100
6.43-39.740.18181000.22083060316099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5494-1.538-1.08072.8330.48034.08870.18220.0527-0.2818-0.45810.19390.25720.8911-0.15820.00021.0438-0.1094-0.25160.4820.05110.6778-38.91612.3869.163
24.3669-2.2788-1.09783.52351.4133.13630.00690.0638-0.50320.0619-0.2751.03760.0836-0.544300.5813-0.0233-0.01880.91440.05490.8805-59.37931.495-24.849
34.26952.1275-0.37812.9726-1.012.2215-0.0275-0.0494-0.79320.0111-0.1395-0.27530.30440.213600.8246-0.0086-0.03510.615-0.05290.7699-29.37312.944-25.266
44.24491.7934-1.36064.5327-1.74034.10330.02620.4037-0.3865-0.06210.2815-0.52530.09960.779500.5220.0044-0.0131.0089-0.29420.6991-11.32633.7739.177
53.0217-1.58910.90843.8123-0.64313.8341-0.1169-0.10250.5681-0.22140.1098-0.8165-0.1010.281600.5895-0.02990.01320.9255-0.04380.8078-11.81242.56-24.82
63.51321.81551.86133.16871.71933.8571-0.01750.34790.2617-0.06530.30030.246-0.1857-0.619500.50180.02630.06191.04210.24690.6745-60.31339.9228.632
73.4043-1.47990.97543.3912-1.33713.41170.44370.11740.6028-0.4580.001-0.3986-0.85290.11820.00111.1347-0.06560.35680.4761-0.03960.81-32.73761.3559.134
83.62860.83590.53552.9534-0.18773.3505-0.05280.4540.91240.1004-0.06930.4192-0.45540.033400.87890.09010.03450.56190.06310.8504-41.72260.716-25.065
90.7174-0.4557-0.3670.686-0.17110.29720.11221.06940.2136-1.0882-0.2227-0.64150.1419-0.2891-00.83720.0361-0.03760.9330.03580.7181-46.8333.993-34.212
100.5253-0.34510.50850.5215-0.49510.48520.68630.65460.406-0.1108-0.24710.58520.0108-0.418500.8129-0.02020.0510.7553-0.07070.8246-32.58126.078-33.98
110.51520.2452-0.46960.6456-0.1170.42740.2006-0.62850.44230.7020.29130.9862-0.390.3468-00.8013-0.06810.05840.81850.02030.8581-24.36935.3318.266
120.24870.2959-0.07950.5722-0.28390.20560.1388-0.1285-0.11520.30870.6313-0.901-0.46620.0233-0.00020.7922-0.04410.02540.84350.02690.7112-47.38338.45818.175
130.58910.02790.25690.61110.42630.32650.28161.0822-1.0288-0.5913-0.10051.2483-0.4640.23020.00770.85540.037-0.03231.0320.19440.8176-24.61139.926-34.344
141.205-0.22270.95260.55220.17490.73160.2022-0.45540.81170.14330.0696-0.6827-0.12180.14580.00010.7074-0.00620.00020.63970.02180.7325-37.72325.8717.611
150.8576-0.2282-0.7760.4392-0.29650.69670.7831-0.406-0.80310.274-0.32030.5487-0.2748-0.3316-00.8252-0.04540.11560.80030.0330.8913-34.03248.03417.835
160.6313-0.0407-0.06670.27960.22490.0881-0.09040.98220.1319-0.4262-0.1014-0.5694-0.2908-0.12340.00010.90560.0145-0.15191.0237-0.0250.922-38.8647.823-34.13
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 7:157 )A7 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 7:157 )B7 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN C AND RESID 7:157 )C7 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN D AND RESID 6:157 )D6 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN E AND RESID 7:157 )E7 - 157
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN F AND RESID 5:157 )F5 - 157
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN G AND RESID 6:157 )G6 - 157
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN H AND RESID 7:157 )H7 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN I AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )I1 - 28
10X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN I AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )I29
11X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN J AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )J1 - 28
12X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN J AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )J29
13X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN K AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )K1 - 28
14X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN K AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )K29
15X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )L1 - 28
16X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN L AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )L29
17X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN M AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )M1 - 28
18X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN M AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )M29
19X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN N AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )N1 - 28
20X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN N AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )N29
21X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN O AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )O1 - 28
22X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN O AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )O29
23X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN P AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )P1 - 28
24X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN P AND ( RESID 1:28 OR RESID 29:29 ) )P29

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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