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万見
- PDB-7t9h: HIV Integrase in complex with Compound-15 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t9h
タイトルHIV Integrase in complex with Compound-15
要素Integrase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Viral protein / DNA Integration / AIDS / RNASEH / LEDGF / ENDONUCLEASE / HIV-1 integrase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / symbiont entry into host cell / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core ...Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GE7 / Integrase
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Khan, J.A. / Lewis, H. / Kish, K.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Design, Synthesis, and Preclinical Profiling of GSK3739936 (BMS-986180), an Allosteric Inhibitor of HIV-1 Integrase with Broad-Spectrum Activity toward 124/125 Polymorphs.
著者: Naidu, B.N. / Patel, M. / McAuliffe, B. / Ding, B. / Cianci, C. / Simmermacher, J. / Jenkins, S. / Parker, D.D. / Sivaprakasam, P. / Khan, J.A. / Kish, K. / Lewis, H. / Hanumegowda, U. / ...著者: Naidu, B.N. / Patel, M. / McAuliffe, B. / Ding, B. / Cianci, C. / Simmermacher, J. / Jenkins, S. / Parker, D.D. / Sivaprakasam, P. / Khan, J.A. / Kish, K. / Lewis, H. / Hanumegowda, U. / Krystal, M. / Meanwell, N.A. / Kadow, J.F.
履歴
登録2021年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Integrase
B: Integrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0196
ポリマ－36,2432
非ポリマー7764
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3540 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area12280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.885, 49.885, 226.385
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Integrase


分子量: 18121.600 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q76353
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GE7 / (2S)-tert-butoxy[2-methyl-4-(4-methylphenyl)quinolin-3-yl]acetic acid


分子量: 363.450 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 4.6%(w/v) PEG 3350, 261 mM ammonium acetate, 0.81% glycerol(v/v), 91 mM magnesium chloride and 100 mM MES pH 6.0
PH範囲: 6.0?

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.53→50 Å / Num. obs: 11604 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 68.56 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 20.6
反射 シェル解像度: 2.53→2.62 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.356 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Num. unique obs: 1119 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.7 (17-DEC-2019)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6NCJ

6ncj


解像度: 2.53→34.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.91 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU R Cruickshank DPI: 0.548 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.59 / SU Rfree Blow DPI: 0.306 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.306
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2732 554 4.8 %RANDOM
Rwork0.2284 ---
obs0.2305 11536 98.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.99 Å2 / Biso mean: 72.43 Å2 / Biso min: 43.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.9986 Å20 Å20 Å2
2---11.9986 Å20 Å2
3---23.9973 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.53→34.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2192 0 56 7 2255
Biso mean--64.04 52.24 -
残基数----296
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d736SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes390HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2289HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion315SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1731SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2289HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3121HARMONIC21.02
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.83
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.48
LS精密化 シェル解像度: 2.53→2.56 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2435 20 4.67 %
Rwork0.2982 408 -
all0.2949 428 -
obs--95.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.7874-0.52610.22122.8462-0.29156.7252-0.2948-0.47770.16310.09040.1458-0.1746-0.73230.12840.149-0.19190.1634-0.00540.19730.0431-0.263913.2073-18.7837-24.2932
24.0675-0.7475-0.30611.4665-1.3016.7664-0.2773-0.48860.02510.31220.22350.2126-0.0508-0.41880.0539-0.19250.25750.03820.21220.0971-0.22680.2397-27.5918-11.6742
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A53 - 209
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B57 - 208

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る