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万見
- PDB-7t8u: Structure of PSMbeta2 nanotubes -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t8u
タイトルStructure of PSMbeta2 nanotubes
要素Antibacterial protein抗生物質
キーワードPROTEIN FIBRIL / nanotubes (カーボンナノチューブ) / amyloid (アミロイド) / cross-alpha
機能・相同性Phenol-soluble modulin beta protein / Phenol-soluble modulin beta protein / Antibacterial protein
機能・相同性情報
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Kreutzberger, M.A. / Wang, S. / Egelman, E.H. / Conicello, V.P.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1534317 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM122510 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Phenol-soluble modulins PSMα3 and PSMβ2 form nanotubes that are cross-α amyloids.
著者: Mark A B Kreutzberger / Shengyuan Wang / Leticia C Beltran / Abraham Tuachi / Xiaobing Zuo / Edward H Egelman / Vincent P Conticello /
要旨: Phenol-soluble modulins (PSMs) are peptide-based virulence factors that play significant roles in the pathogenesis of staphylococcal strains in community-associated and hospital-associated infections. ...Phenol-soluble modulins (PSMs) are peptide-based virulence factors that play significant roles in the pathogenesis of staphylococcal strains in community-associated and hospital-associated infections. In addition to cytotoxicity, PSMs display the propensity to self-assemble into fibrillar species, which may be mediated through the formation of amphipathic conformations. Here, we analyze the self-assembly behavior of two PSMs, PSMα3 and PSMβ2, which are derived from peptides expressed by methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA), a significant human pathogen. In both cases, we observed the formation of a mixture of self-assembled species including twisted filaments, helical ribbons, and nanotubes, which can reversibly interconvert in vitro. Cryo–electron microscopy structural analysis of three PSM nanotubes, two derived from PSMα3 and one from PSMβ2, revealed that the assemblies displayed remarkably similar structures based on lateral association of cross-α amyloid protofilaments. The amphipathic helical conformations of PSMα3 and PSMβ2 enforced a bilayer arrangement within the protofilaments that defined the structures of the respective PSMα3 and PSMβ2 nanotubes. We demonstrate that, similar to amyloids based on cross-β protofilaments, cross-α amyloids derived from these PSMs display polymorphism, not only in terms of the global morphology (e.g., twisted filament, helical ribbon, and nanotube) but also with respect to the number of protofilaments within a given peptide assembly. These results suggest that the folding landscape of PSM derivatives may be more complex than originally anticipated and that the assemblies are able to sample a wide range of supramolecular structural space.
履歴
登録2021年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antibacterial protein
B: Antibacterial protein
C: Antibacterial protein
D: Antibacterial protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,8364
ポリマ－17,8364
非ポリマー00
水0
1
A: Antibacterial protein
B: Antibacterial protein
C: Antibacterial protein
D: Antibacterial protein
x 120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,140,371480
ポリマ－2,140,371480
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
helical symmetry operation119
2


  • 登録構造と同一
  • helical asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
対称性らせん対称: (回転対称性: 6 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 120 / Rise per n subunits: 8.3 Å / Rotation per n subunits: 28.6 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Antibacterial protein / 抗生物質 / Antibacterial protein 3 / Antibacterial protein 3 homolog / Psm beta2 / Uncharacterized protein


分子量: 4459.106 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
参照: UniProt: H9BRQ4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSMbeta2 nanotubes / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: SYNTHETIC
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
緩衝液pH: 10 / 詳細: 10 mM CAPS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1100 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 28.6 ° / 軸方向距離/サブユニット: 8.3 Å / らせん対称軸の対称性: C6
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 44441 / 対称性のタイプ: HELICAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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