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- PDB-7t8q: CRYSTAL STRUCTURE OF T151G CAO1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t8q
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF T151G CAO1
要素Carotenoid oxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / non-heme iron / beta propeller / stilbene / dioxygenase
機能・相同性carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Carotenoid cleavage oxygenase 1
機能・相同性情報
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Daruwalla, A. / Kiser, P.D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)CHE-2107713 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF T151G CAO1
著者: Daruwalla, A. / Kiser, P.D.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carotenoid oxygenase 1
B: Carotenoid oxygenase 1
C: Carotenoid oxygenase 1
D: Carotenoid oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,39318
ポリマ－237,8164
非ポリマー57814
水22,2491235
1
A: Carotenoid oxygenase 1
D: Carotenoid oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,23210
ポリマ－118,9082
非ポリマー3248
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Carotenoid oxygenase 1
C: Carotenoid oxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,1618
ポリマ－118,9082
非ポリマー2546
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.632, 100.632, 447.661
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUAA30 - 52630 - 526
21LEULEUBB30 - 52630 - 526
12PROPROAA30 - 52530 - 525
22PROPROCC30 - 52530 - 525
13LEULEUAA30 - 52630 - 526
23LEULEUDD30 - 52630 - 526
14PROPROBB30 - 52530 - 525
24PROPROCC30 - 52530 - 525
15LEULEUBB30 - 52630 - 526
25LEULEUDD30 - 52630 - 526
16PROPROCC30 - 52530 - 525
26PROPRODD30 - 52530 - 525

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Carotenoid oxygenase 1


分子量: 59453.887 Da / 分子数: 4 / 変異: T151G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neurospora crassa (strain ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987) (菌類)
株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987
遺伝子: cao-1, NCU07008 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7S860
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES-NaOH pH 7 42% sodium polyacrylate 2100

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 142491 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 1.475 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 22485 / CC1/2: 0.429

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5U8X

5u8x


解像度: 2.15→49.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 7.106 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2111 6063 4.3 %RANDOM
Rwork0.1902 ---
obs0.1911 136427 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.13 Å2 / Biso mean: 45.495 Å2 / Biso min: 28.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20.2 Å20 Å2
2--0.39 Å2-0 Å2
3----1.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→49.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15922 0 14 1235 17171
Biso mean--57.03 48.7 -
残基数----1991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01316444
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01514917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1971.65222336
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0791.5834425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.27951989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.85321.855949
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.533152534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.88315116
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0410.21992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023984
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A161960.06
12B161960.06
21A162920.05
22C162920.05
31A162700.06
32D162700.06
41B161750.06
42C161750.06
51B162530.06
52D162530.06
61C162750.05
62D162750.05
LS精密化 シェル解像度: 2.153→2.209 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 278 -
Rwork0.34 9802 -
all-10080 -
obs--96.06 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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