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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7t8p | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF T151V CAO1 | ||||||
![]() | Carotenoid oxygenase 1 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / non-heme iron / beta propeller / stilbene / dioxygenase | ||||||
機能・相同性 | carotenoid dioxygenase activity / 9-cis-epoxycarotenoid dioxygenase activity / carotene catabolic process / 酸化還元酵素; 分子状酸素を取り込み一電子供与する; オキシゲナーゼ類; 2分子の酸素を取り込む / Carotenoid oxygenase / Retinal pigment epithelial membrane protein / metal ion binding / : / Carotenoid cleavage oxygenase 1![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Daruwalla, A. / Kiser, P.D. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF T151V CAO1 著者: Daruwalla, A. / Kiser, P.D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 436.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 351.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 121.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5u8xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / Refine code: _
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 59495.965 Da / 分子数: 4 / 変異: T151V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 24698 / 74-OR23-1A / CBS 708.71 / DSM 1257 / FGSC 987 遺伝子: cao-1, NCU07008 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 化合物 | ChemComp-CL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.05 M HEPES pH 7 36% sodium polyacrylate 2100 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97911 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 210666 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.02 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 1.542 / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 32972 / CC1/2: 0.343 / % possible all: 97 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5U8X 解像度: 1.9→48.08 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 4.465 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.117 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120.67 Å2 / Biso mean: 38.782 Å2 / Biso min: 23.34 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→48.08 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.901→1.951 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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