PDB-7t8n: Crystal structure of the PNAG binding module PgaA-TPR 220-359

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t8n

タイトル

Crystal structure of the PNAG binding module PgaA-TPR 220-359

要素

Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine export protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / PNAG binding module / tetra-trico repeat (TPR) domain / PNAG secretion

機能・相同性

機能・相同性情報

poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine transmembrane transporter activity / polysaccharide transmembrane transporter activity / polysaccharide transport / single-species biofilm formation / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Pfoh, R. / Little, D.J. / Howell, P.L.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2022
タイトル: The TPR domain of PgaA is a multifunctional scaffold that binds PNAG and modulates PgaB-dependent polymer processing.
著者: Pfoh, R. / Subramanian, A.S. / Huang, J. / Little, D.J. / Forman, A. / DiFrancesco, B.R. / Balouchestani-Asli, N. / Kitova, E.N. / Klassen, J.S. / Pomes, R. / Nitz, M. / Howell, P.L.

履歴

登録	2021年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年8月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t8n.cif.gz	115.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t8n.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t8n.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8n ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8n	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine export protein

BBB: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine export protein

ヘテロ分子

34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine export protein

BBB: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine export protein

ヘテロ分子

AAA: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine export protein

BBB: Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine export protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
69.3 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.670, 60.670, 185.520
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	171
Space group name H-M	P6₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-401- MG

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 224 - 342 / Label seq-ID: 5 - 123

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine export protein / PGA export protein / Poly-beta-1 / 6-GlcNAc export protein 分子量: 17293.357 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pgaA, ycdS, b1024, JW1010 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P69434
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	The crystallized sequence is: ...The crystallized sequence is: GSHMSAVNNAYDALIIEARKGNTQPALSWFALKSALSNNQIADWLQIALWAGQDKQVITVYNRYRHQQLPARGYAAVAVA YRNLQQWQNSLTLWQKALSLEPQNKDYQRGQILTLADAGHYDTALVKLKQLNSGAPDKANLLAEAYIYKLAGRHQDELRA MTESLPENASTQQYPTEYVQALRNNQLAAAIDDANLTPDIRADIHAELVRLSFMPTRSESERYAIADRALAQYAALEILW HDNPDRTAQYQRIQVDHLGALLTRDRYKDVISHYQRLKKTGQIIPPWGQYWVASAYLKDHQPKKAQSIMTELFYHKETIA PDLSDEELADLFYSHLESEN. As per the authors, the protein must have cleaved and only the C-terminal fragment crystallized. They do not know exactly at which residue the cleavage occurred.
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.95 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 15% w/v PEG 8000, 0.1 M Tris pH 7.1, 200 mM MgCl2, and 3% w/v cadaverine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.85→20.001 Å / Num. obs: 8565 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 21.6 % / R_merge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 28.8
反射シェル	解像度: 2.85→2.95 Å / R_merge(I) obs: 0.634 / Num. unique obs: 829

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.85→20.001 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 41.677 / SU ML: 0.344 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.414 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2643	499	5.967 %
R_work	0.2347	7863	-
all	0.237	-	-
obs	-	8362	92.469 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.606 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.598 Å²	-0.799 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.598 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.184 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→20.001 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2125	0	3	19	2147

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2205
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2034
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.424	1.647	3000
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.231	1.582	4667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.795	5	262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.137	21.212	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.091	15	363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.061	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	535
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	523
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	1852
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	1051
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.204	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.291	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.395	2.666	1048
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.391	2.663	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.475	3.987	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.474	3.991	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.137	2.772	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.137	2.775	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.053	4.109	1689
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.053	4.111	1690
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.794	29.988	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.794	30.011	2545
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.131	0.05	3782

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13127	0.05007
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13127	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.85-2.922	0.207	11	0.277	236	0.274	666	0.852	0.767	37.0871	0.259
2.922-3.001	0.341	20	0.318	381	0.319	624	0.857	0.788	64.2628	0.259
3.001-3.086	0.33	38	0.344	588	0.343	627	0.741	0.803	99.8405	0.258
3.086-3.178	0.255	36	0.319	561	0.315	598	0.83	0.848	99.8328	0.231
3.178-3.28	0.329	37	0.276	542	0.279	580	0.825	0.877	99.8276	0.207
3.28-3.392	0.287	34	0.265	535	0.266	569	0.875	0.885	100	0.2
3.392-3.516	0.282	35	0.256	514	0.257	549	0.884	0.887	100	0.219
3.516-3.655	0.311	30	0.252	492	0.255	522	0.877	0.899	100	0.196
3.655-3.811	0.268	32	0.226	480	0.229	512	0.904	0.914	100	0.186
3.811-3.99	0.309	32	0.223	443	0.229	475	0.882	0.919	100	0.186
3.99-4.197	0.237	23	0.215	435	0.216	459	0.938	0.933	99.7821	0.18
4.197-4.439	0.309	28	0.181	416	0.188	444	0.908	0.952	100	0.156
4.439-4.729	0.212	25	0.179	394	0.181	419	0.955	0.961	100	0.159
4.729-5.084	0.17	26	0.212	360	0.209	386	0.973	0.948	100	0.199
5.084-5.534	0.32	24	0.233	342	0.239	366	0.922	0.937	100	0.209
5.534-6.129	0.203	15	0.215	305	0.214	320	0.958	0.937	100	0.192
6.129-6.969	0.172	17	0.207	280	0.205	297	0.957	0.949	100	0.195
6.969-8.287	0.247	15	0.184	226	0.188	241	0.962	0.965	100	0.189
8.287-10.827	0.217	13	0.18	195	0.182	209	0.968	0.978	99.5215	0.182
10.827-20.001	0.335	8	0.264	137	0.268	147	0.876	0.946	98.6395	0.283

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3353	0.2058	1.2802	0.2438	-0.0867	1.9893	0.0751	-0.1602	0.0225	-0.0637	-0.0022	0.0607	-0.1688	-0.1733	-0.0729	0.391	0.1359	0.0131	0.4226	0.0369	0.02	4.421	34.288	52.696
2	2.6314	-0.322	1.7147	2.2587	-0.2424	3.2472	0.0972	-0.2396	0.2161	0.067	-0.134	0.2208	-0.1371	-0.134	0.0368	0.2118	0.0415	0.0814	0.3467	-0.0033	0.0816	2.625	34.163	82.92

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	224 - 359
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	220 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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