PDB-7t8l: BrxR from Acinetobacter BREX type I phage restriction system

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7t8l

タイトル

BrxR from Acinetobacter BREX type I phage restriction system

要素

BrxR

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Phage restriction / BREX / DNA binding / regulatory / Acinetobacter / Bacteriophage Exclusion

機能・相同性

WYL domain protein, s026 type / WYL domain / WYL domain / WYL domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Doyle, L. / Kaiser, B. / Stoddard, B.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM105691	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R15GM140375-01A1	米国
Other private		米国
Other private		米国

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Identification and characterization of the WYL BrxR protein and its gene as separable regulatory elements of a BREX phage restriction system.
著者: Luyten, Y.A. / Hausman, D.E. / Young, J.C. / Doyle, L.A. / Higashi, K.M. / Ubilla-Rodriguez, N.C. / Lambert, A.R. / Arroyo, C.S. / Forsberg, K.J. / Morgan, R.D. / Stoddard, B.L. / Kaiser, B.K.

履歴

登録	2021年12月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7t8l.cif.gz	226.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7t8l.ent.gz	185.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7t8l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7t8l_validation.pdf.gz	450.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7t8l_full_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示
XML形式データ	7t8l_validation.xml.gz	23.2 KB	表示
CIF形式データ	7t8l_validation.cif.gz	32.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t8/7t8l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7t8kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: BrxR

B: BrxR

ヘテロ分子

68 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.414, 48.672, 96.005
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.251, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	BrxR 分子量: 33807.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The protein was expressed and crystallized with only Cysteines, however some of those Cysteines were converted to S-Sulfinocysteines (CSD) due to treatment of the crystals with Hydrogen ...詳細: The protein was expressed and crystallized with only Cysteines, however some of those Cysteines were converted to S-Sulfinocysteines (CSD) due to treatment of the crystals with Hydrogen peroxide (supported by very clear electron density). The CSD are only a byproduct of H2O2 treatment during freezing, not originally in the expressed/crystallized protein. 由来: (組換発現) Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア) 遺伝子: HUK62_18310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7H8SL41
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.93 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 10%PEG3000 / 0.1 M Hepes, pH 7.3 / 2% Benz-HCL

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月20日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→63.92 Å / Num. obs: 40089 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3 % / CC_1/2: 0.985 / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.074 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 6.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 2.8 %

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
8.94-63.92	0.042	495	0.993	0.041	0.059	99.7
2-2.05	0.317	2882	0.863	0.3	0.438	97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS	2.1.3	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
pointless	1.11.21	データスケーリング
CRANK2	2.0.229	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→63.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.93 / SU B: 4.385 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.169 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2384	2075	5.178 %
R_work	0.1905	38002	-
all	0.193	-	-
obs	-	40077	99.447 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.848 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.993 Å²	-0 Å²	0.227 Å²
2-	-	-0.75 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.226 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→63.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4372	0	21	157	4550

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	4507
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	4230
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.571	1.65	6145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.269	1.567	9673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.595	5	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.28	21.579	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.73	15	667
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.306	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	603
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	156
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.121	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.147	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.212	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.378	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.032	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.726	3.146	2239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.725	3.144	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.848	4.704	2797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.848	4.706	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.393	3.441	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.392	3.441	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.117	5.016	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.116	5.016	3349
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.657	37.1	4750
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.656	37.108	4751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.301	135	0.23	2744	X-RAY DIFFRACTION	97.5271
2.052-2.108	0.29	163	0.222	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.6194
2.108-2.169	0.243	141	0.203	2630	X-RAY DIFFRACTION	99.6046
2.169-2.236	0.239	126	0.203	2574	X-RAY DIFFRACTION	99.4109
2.236-2.309	0.247	139	0.195	2478	X-RAY DIFFRACTION	99.0913
2.309-2.39	0.258	120	0.196	2439	X-RAY DIFFRACTION	98.9942
2.39-2.48	0.233	132	0.198	2290	X-RAY DIFFRACTION	99.9587
2.48-2.581	0.282	134	0.198	2240	X-RAY DIFFRACTION	99.3305
2.581-2.696	0.214	124	0.19	2156	X-RAY DIFFRACTION	99.5633
2.696-2.827	0.251	122	0.2	2056	X-RAY DIFFRACTION	99.7253
2.827-2.98	0.286	119	0.204	1952	X-RAY DIFFRACTION	99.2333
2.98-3.16	0.229	120	0.191	1844	X-RAY DIFFRACTION	99.8983
3.16-3.378	0.233	80	0.194	1775	X-RAY DIFFRACTION	100
3.378-3.647	0.228	77	0.193	1651	X-RAY DIFFRACTION	99.9422
3.647-3.994	0.24	82	0.176	1514	X-RAY DIFFRACTION	99.8124
3.994-4.463	0.208	76	0.155	1381	X-RAY DIFFRACTION	100
4.463-5.15	0.183	69	0.157	1212	X-RAY DIFFRACTION	100
5.15-6.297	0.223	44	0.213	1048	X-RAY DIFFRACTION	99.635
6.297-8.862	0.308	48	0.198	819	X-RAY DIFFRACTION	99.8848
8.862-63.92	0.206	24	0.198	483	X-RAY DIFFRACTION	99.8031

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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