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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t8k
タイトルBrxR from Acinetobacter BREX type I phage restriction system bound to DNA
要素
  • (DNA) x 2
  • BrxR
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Phage restriction / BREX / DNA binding / regulatory / Acinetobacter / Bacteriophage Exclusion / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性WYL domain protein, s026 type / WYL domain / WYL domain / DNA / DNA (> 10) / WYL domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Doyle, L. / Kaiser, B. / Stoddard, B.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM105691 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R15GM140375-01A1 米国
Other private 米国
Other private
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Identification and characterization of the WYL BrxR protein and its gene as separable regulatory elements of a BREX phage restriction system.
著者: Luyten, Y.A. / Hausman, D.E. / Young, J.C. / Doyle, L.A. / Higashi, K.M. / Ubilla-Rodriguez, N.C. / Lambert, A.R. / Arroyo, C.S. / Forsberg, K.J. / Morgan, R.D. / Stoddard, B.L. / Kaiser, B.K.
履歴
登録2021年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BrxR
B: BrxR
C: DNA
D: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,59412
ポリマ－82,1514
非ポリマー4438
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15510 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area29730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.586, 71.477, 87.413
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.130, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...
21(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAASPASP(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...AA3 - 46 - 7
12LYSLYSLYSLYS(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...AA58
13ALAALASERSER(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...AA3 - 2886 - 291
14ALAALASERSER(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...AA3 - 2886 - 291
15ALAALASERSER(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...AA3 - 2886 - 291
16ALAALASERSER(chain A and (resid 3 through 4 or (resid 5...AA3 - 2886 - 291
21ALAALALEULEU(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...BB3 - 576 - 60
22ILEILEILEILE(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...BB5861
23ALAALALEULEU(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...BB3 - 2796 - 282
24ALAALALEULEU(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...BB3 - 2796 - 282
25ALAALALEULEU(chain B and (resid 3 through 57 or (resid 58...BB3 - 2796 - 282

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BrxR


分子量: 33400.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Homodimer
由来: (組換発現) Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
遺伝子: HUK62_18310 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7H8SL41

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA


分子量: 7686.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 7664.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Acinetobacter sp. NEB 394 (バクテリア)

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非ポリマー , 3種, 125分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 0.04 M Citric acid, 20% w/v PEG 3350, 0.06 M BIS-TRIS propane, pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→100 Å / Num. obs: 38735 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.105 / Χ2: 1.375 / Net I/σ(I): 11.3 / Num. measured all: 239308
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.386.10.61239290.8470.2640.6680.655100
2.38-2.486.20.47739220.9090.2050.520.75999.8
2.48-2.595.90.35839480.9230.160.3930.90799.9
2.59-2.736.40.26639680.960.1130.2891.19399.9
2.73-2.96.50.20839340.9750.0880.2261.22999.7
2.9-3.126.10.15839520.9810.070.1731.54999.5
3.12-3.446.30.12138150.9890.0520.1322.02496.5
3.44-3.936.20.09837030.9920.0430.1082.20692.7
3.93-4.9660.08235770.9930.0370.0912.02789.6
4.96-1006.10.06339870.9970.0270.0681.30997.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.3 Å84.38 Å
Translation2.3 Å84.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18_3855精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo BrxR

解像度: 2.3→64.22 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2376 1984 5.17 %
Rwork0.1958 36367 -
obs0.1979 38351 95.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 126.97 Å2 / Biso mean: 55.099 Å2 / Biso min: 30.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→64.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4410 1019 32 117 5578
Biso mean--73.09 51.91 -
残基数----613
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1669X-RAY DIFFRACTION5.797TORSIONAL
12B1669X-RAY DIFFRACTION5.797TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.360.32891170.22782118223579
2.36-2.420.28661420.23782584272696
2.42-2.490.26921450.23132665281098
2.49-2.570.28571460.24082666281298
2.57-2.670.32291460.23032681282799
2.67-2.770.27031460.23652675282199
2.77-2.90.33831460.24242701284799
2.9-3.050.27181470.24222686283399
3.05-3.240.27461470.23352677282498
3.24-3.490.30861410.23012608274995
3.49-3.840.25581380.20012519265793
3.84-4.40.21561350.17182478261390
4.4-5.540.18621380.16742538267692
5.54-64.220.16561500.14952771292198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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