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- PDB-7t7z: The crystal structure of family 8 carbohydrate-binding module fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t7z
タイトルThe crystal structure of family 8 carbohydrate-binding module from Dictyostelium discoideum
要素Endoglucanaseセルラーゼ
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Carbohydrate-binding protein / ligand specificity / cellulose (セルロース) / CAZymes (CAZy)
機能・相同性
機能・相同性情報


発芽 / cellulose binding / セルラーゼ / sporulation resulting in formation of a cellular spore / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 9, His active site / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 2. / Glycosyl hydrolases family 9, Asp/Glu active sites / Glycosyl hydrolases family 9 (GH9) active site signature 3. / Glycoside hydrolase family 9 / Glycosyl hydrolase family 9 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-hydroxybutanedioic acid / セルラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Marcelo, M.V. / Campos, B.M. / Squina, F.M.
資金援助 ブラジル, 3件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/04105-4 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2015/50590-4 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)310177/2011-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Unique properties of a Dictyostelium discoideum carbohydrate-binding module expand our understanding of CBM-ligand interactions.
著者: Liberato, M.V. / Campos, B.M. / Tomazetto, G. / Crouch, L.I. / Garcia, W. / Zeri, A.C.M. / Bolam, D.N. / Squina, F.M.
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22023年10月18日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8244
ポリマ－16,6051
非ポリマー2193
水3,945219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area280 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.739, 47.270, 79.449
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-927-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endoglucanase / セルラーゼ / Cellulase / Endo-1 / 4-beta-glucanase / Spore germination protein 270-6


分子量: 16605.338 Da / 分子数: 1 / 断片: carbohydrate-binding module (UNP residues 555-705) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dictyostelium discoideum (キイロタマホコリカビ)
遺伝子: celA, DDB_G0271134 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22699
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸 / リンゴ酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.6 M di-sodium DL-malate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.45863 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.45863 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→47.27 Å / Num. obs: 23773 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 10.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 19.4 / Num. measured all: 215097 / Scaling rejects: 221
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.46-1.493.80.229398510490.9560.1310.2664.890.9
8.02-47.279.30.06217811920.9960.0220.06530.799.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4.88 Å40.62 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLM7.3.0データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
PHENIX1.19.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 7T7Y

7t7y


解像度: 1.46→40.62 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 16.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1909 1113 4.69 %
Rwork0.1523 22619 -
obs0.154 23732 96.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 46.46 Å2 / Biso mean: 11.7208 Å2 / Biso min: 3.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→40.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1152 0 14 219 1385
Biso mean--11.49 22.93 -
残基数----154
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.46-1.530.24761300.22499262987
1.53-1.610.2141220.16032742286496
1.61-1.710.16481550.15832769292496
1.71-1.840.22741510.16042733288495
1.84-2.030.17441270.140729033030100
2.03-2.320.21891410.146529083049100
2.32-2.930.20211400.153129623102100
2.93-40.620.16121470.147331033250100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.8695 Å / Origin y: 15.9389 Å / Origin z: 25.7389 Å
111213212223313233
T0.0426 Å2-0.0028 Å20.0011 Å2-0.038 Å2-0.0009 Å2--0.0235 Å2
L0.9228 °2-0.1096 °2-0.003 °2-0.9124 °20.2075 °2--0.3966 °2
S0.0025 Å °-0.0283 Å °0.0146 Å °0.0315 Å °0.0074 Å °-0.0421 Å °0 Å °0.0262 Å °-0.0066 Å °
精密化 TLSグループSelection details: (chain 'A' and resid 552 through 705)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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