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- PDB-7t7t: Structure of TSK/BRU1 bound to histone H3.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t7t
タイトルStructure of TSK/BRU1 bound to histone H3.1
要素
  • Histone H3.1
  • Protein TONSOKU
キーワードNUCLEAR PROTEIN / Epigenetic protein / H3.1 reader / nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


meristem structural organization / response to DNA damage checkpoint signaling / chromocenter / plastid / epigenetic regulation of gene expression / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding / extracellular region ...meristem structural organization / response to DNA damage checkpoint signaling / chromocenter / plastid / epigenetic regulation of gene expression / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding / extracellular region / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein TONSOKU / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histone H3 signature 1. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A ...Protein TONSOKU / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Histone H3 signature 1. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Histone H3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Citrus unshiu (ウンシュウミカン)
Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Davarinejad, H. / Couture, J.F.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: The histone H3.1 variant regulates TONSOKU-mediated DNA repair during replication.
著者: Davarinejad, H. / Huang, Y.C. / Mermaz, B. / LeBlanc, C. / Poulet, A. / Thomson, G. / Joly, V. / Munoz, M. / Arvanitis-Vigneault, A. / Valsakumar, D. / Villarino, G. / Ross, A. / Rotstein, B. ...著者: Davarinejad, H. / Huang, Y.C. / Mermaz, B. / LeBlanc, C. / Poulet, A. / Thomson, G. / Joly, V. / Munoz, M. / Arvanitis-Vigneault, A. / Valsakumar, D. / Villarino, G. / Ross, A. / Rotstein, B.H. / Alarcon, E.I. / Brunzelle, J.S. / Voigt, P. / Dong, J. / Couture, J.F. / Jacob, Y.
履歴
登録2021年12月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein TONSOKU
B: Protein TONSOKU
X: Histone H3.1
W: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,8634
ポリマ－134,8634
非ポリマー00
水181
1
A: Protein TONSOKU
W: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4322
ポリマ－67,4322
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
2
B: Protein TONSOKU
X: Histone H3.1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,4322
ポリマ－67,4322
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.890, 92.330, 209.910
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 2 through 7 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 2 through 7 and (name N...
d_1ens_2(chain "W" and (resid 4 or (resid 5 through 18...
d_2ens_2(chain "X" and resid 4 through 36)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYASPA2 - 56
d_12ens_1LEUSERA67 - 102
d_13ens_1VALPHEA105 - 122
d_14ens_1TYRTHRA125 - 143
d_15ens_1PHEILEA148 - 306
d_16ens_1GLYILEA310 - 395
d_17ens_1GLUALAA399 - 419
d_18ens_1LEUASPA422 - 423
d_19ens_1PROGLNA438 - 466
d_21ens_1GLYPHEB1 - 109
d_22ens_1TYRGLUB112 - 148
d_23ens_1ASPGLUB150 - 169
d_24ens_1ASPGLNB174 - 432
d_11ens_2LYSLYSD1 - 24
d_21ens_2LYSLYSC2 - 25

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.285457550751, 0.958362648068, -0.00741764842175), (-0.956606169973, 0.284445120165, -0.0632108312277), (-0.0584689857053, 0.0251397773101, 0.997972629538)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.285457550751, 0.958362648068, -0.00741764842175), (-0.956606169973, 0.284445120165, -0.0632108312277), (-0.0584689857053, 0.0251397773101, 0.997972629538)
ベクター: -14.5493573448, -19.248230852, -53.1442852977)

-
要素

#1: タンパク質 Protein TONSOKU


分子量: 62659.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Citrus unshiu (ウンシュウミカン)
遺伝子: CUMW_187040 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2H5Q1B8
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3.1 / Histone H3.2


分子量: 4771.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P59226
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.96 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 25% 1,2-Propanediol, 20% glycerol, 0.1M sodium potassium phosphate pH 6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.17→38.53 Å / Num. obs: 28135 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 26.1 % / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 3.17→3.25 Å / Num. unique obs: 2036 / CC1/2: 0.92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXDE位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX1.19.2_4158精密化
Coot0.9.4モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.17→38.53 Å / SU ML: 0.4629 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.39 / 位相誤差: 31.3428
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3183 2000 7.31 %
Rwork0.2787 25366 -
obs0.2816 27366 97.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.17→38.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7175 0 0 1 7176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00357268
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73529786
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04271097
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671264
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.98731010
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.01006264411
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS2.71288391924
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.17-3.250.38161300.3621647X-RAY DIFFRACTION90.76
3.25-3.340.37731330.33211695X-RAY DIFFRACTION92.51
3.34-3.440.37881370.3211725X-RAY DIFFRACTION93.95
3.44-3.550.35251380.3051756X-RAY DIFFRACTION96.24
3.55-3.670.31041390.29071759X-RAY DIFFRACTION95.96
3.67-3.820.34341410.27241803X-RAY DIFFRACTION97.89
3.82-3.990.33581430.2731809X-RAY DIFFRACTION98.64
3.99-4.20.31451450.26531836X-RAY DIFFRACTION99.15
4.2-4.470.26921440.22391824X-RAY DIFFRACTION99.44
4.47-4.810.23291460.23771863X-RAY DIFFRACTION99.75
4.81-5.290.32361470.26431862X-RAY DIFFRACTION99.95
5.29-6.060.35491480.29721879X-RAY DIFFRACTION99.85
6.06-7.620.30721510.27621914X-RAY DIFFRACTION100
7.62-38.530.27531580.25711994X-RAY DIFFRACTION99.68

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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