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万見
- PDB-7t71: Crystal Structure of Mevalonate 3,5-Bisphosphate Decarboxylase fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t71
タイトルCrystal Structure of Mevalonate 3,5-Bisphosphate Decarboxylase from Picrophilus Torridus
要素Mevalonate 3,5-bisphosphate decarboxylase
キーワードLYASE / mevalonate pathway / mevalonic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


bisphosphomevalonate decarboxylase / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / carboxy-lyase activity
類似検索 - 分子機能
: / Diphosphomevalonate/phosphomevalonate decarboxylase / : / Diphosphomevalonate decarboxylase-like N-terminal domain / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Mevalonate 3,5-bisphosphate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Picrophilus torridus DSM 9790 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å
データ登録者Vinokur, J.M. / Sawaya, M.R. / Cascio, D. / Collazo, M. / Bowie, J.U.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FC02-02ER63421 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1144087 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Crystal structure of mevalonate 3,5-bisphosphate decarboxylase reveals insight into the evolution of decarboxylases in the mevalonate metabolic pathways.
著者: Aoki, M. / Vinokur, J. / Motoyama, K. / Ishikawa, R. / Collazo, M. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Ito, T. / Bowie, J.U. / Hemmi, H.
履歴
登録2021年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mevalonate 3,5-bisphosphate decarboxylase
B: Mevalonate 3,5-bisphosphate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7723
ポリマ－84,4902
非ポリマー2821
水2,054114
1
A: Mevalonate 3,5-bisphosphate decarboxylase
ヘテロ分子

B: Mevalonate 3,5-bisphosphate decarboxylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,7723
ポリマ－84,4902
非ポリマー2821
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_557-x+1/2,y+1/2,-z+21
Buried area3070 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area26870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.560, 125.490, 52.140
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Mevalonate 3,5-bisphosphate decarboxylase / MBD / Bisphosphomevalonate decarboxylase


分子量: 42244.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Picrophilus torridus DSM 9790 (古細菌)
株: ATCC 700027 / DSM 9790 / JCM 10055 / NBRC 100828 / 遺伝子: PTO0478 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6L1T9, bisphosphomevalonate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Final drop concentration: 1.4 M sodium malonate, 1.0 M NaCl, protein concentration 5.5 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.19→97.17 Å / Num. obs: 52437 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.838 % / Biso Wilson estimate: 41.44 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.085 / Net I/σ(I): 15.42
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.19-2.259.6690.8762.9235460.8520.92492.4
2.25-2.3111.5850.7544.1437320.9210.789100
2.31-2.3811.5090.6424.9136780.9490.671100
2.38-2.4511.4730.5535.7535110.9620.579100
2.45-2.5311.4690.461734380.9740.483100
2.53-2.6211.2710.3937.8733640.9770.41199.9
2.62-2.7211.0310.3159.2932160.9860.331100
2.72-2.8310.0310.25310.5730790.9860.266100
2.83-2.9511.7010.21213.2329910.9920.22299.9
2.95-3.111.6890.16316.4128520.9950.17100
3.1-3.2711.3610.12120.6427290.9960.127100
3.27-3.4611.0460.123.6125860.9970.105100
3.46-3.710.5080.08326.5324310.9960.087100
3.7-49.7240.0728.5222780.9970.07499.8
4-4.389.3910.06430.6120980.9970.06899.8
4.38-4.910.4940.05934.6518990.9980.062100
4.9-5.6610.2270.05833.6817110.9980.06199.9
5.66-6.93100.05931.7614500.9980.062100
6.93-9.89.1080.04533.7611560.9990.04799.4
9.8-97.179.7270.04537.216920.9960.04799.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QT5

3qt5


解像度: 2.19→97.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU R Cruickshank DPI: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.171 / SU Rfree Blow DPI: 0.146 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.148
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 5298 10.1 %RANDOM
Rwork0.184 ---
obs0.187 52436 99.3 %-
原子変位パラメータBiso max: 124.64 Å2 / Biso mean: 42.46 Å2 / Biso min: 22.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.4342 Å20 Å20 Å2
2--3.6172 Å20 Å2
3----9.0515 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.26 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.19→97.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5429 0 20 114 5563
Biso mean--54.48 43.79 -
残基数----695
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1893SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes118HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes835HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5563HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion742SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6476SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5563HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7516HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.32
LS精密化 シェル解像度: 2.19→2.25 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2896 377 10.89 %
Rwork0.2628 3086 -
all0.2657 3463 -
obs--90.47 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 38.3927 Å / Origin y: 27.738 Å / Origin z: 58.3124 Å
111213212223313233
T-0.0636 Å2-0.0039 Å2-0.0171 Å2--0.0227 Å2-0.0037 Å2---0.0262 Å2
L0.4615 °2-0.2512 °2-0.0647 °2-0.5237 °20.032 °2--0.1696 °2
S-0.0077 Å °-0.0347 Å °0.0123 Å °-0.0101 Å °0.0285 Å °-0.027 Å °-0.022 Å °0.0034 Å °-0.0208 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }A1 - 349
2X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }B1 - 349
3X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }C1 - 349
4X-RAY DIFFRACTION1{ *|* }E1 - 349

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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