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万見
- PDB-7t62: GPC2 HEP CT3 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t62
タイトルGPC2 HEP CT3 complex
要素
  • CT3
  • Glypican-2
キーワードIMMUNE SYSTEM / Glypican-3 complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein localization to membrane / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / smoothened signaling pathway ...regulation of protein localization to membrane / Defective B3GALT6 causes EDSP2 and SEMDJL1 / Defective B4GALT7 causes EDS, progeroid type / Defective B3GAT3 causes JDSSDHD / Defective EXT2 causes exostoses 2 / Defective EXT1 causes exostoses 1, TRPS2 and CHDS / A tetrasaccharide linker sequence is required for GAG synthesis / HS-GAG biosynthesis / HS-GAG degradation / smoothened signaling pathway / RSV-host interactions / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of signal transduction / Retinoid metabolism and transport / side of membrane / lysosomal lumen / neuron differentiation / positive regulation of neuron projection development / Golgi lumen / cell migration / collagen-containing extracellular matrix / Attachment and Entry / synapse / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glypican, conserved site / Glypicans signature. / Glypican / Glypican
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21 Å
データ登録者Zhu, J. / Cachau, R. / De Val Alda, N. / Li, N. / Ho, M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Z01 BC010891 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Cancer Moonshot Program 米国
引用ジャーナル: Cell Rep Med / 年: 2021
タイトル: CAR T cells targeting tumor-associated exons of glypican 2 regress neuroblastoma in mice.
著者: Nan Li / Madeline B Torres / Madeline R Spetz / Ruixue Wang / Luyi Peng / Meijie Tian / Christopher M Dower / Rosa Nguyen / Ming Sun / Chin-Hsien Tai / Natalia de Val / Raul Cachau / Xiaolin ...著者: Nan Li / Madeline B Torres / Madeline R Spetz / Ruixue Wang / Luyi Peng / Meijie Tian / Christopher M Dower / Rosa Nguyen / Ming Sun / Chin-Hsien Tai / Natalia de Val / Raul Cachau / Xiaolin Wu / Stephen M Hewitt / Rosandra N Kaplan / Javed Khan / Brad St Croix / Carol J Thiele / Mitchell Ho /
要旨: Targeting solid tumors must overcome several major obstacles, in particular, the identification of elusive tumor-specific antigens. Here, we devise a strategy to help identify tumor-specific epitopes. ...Targeting solid tumors must overcome several major obstacles, in particular, the identification of elusive tumor-specific antigens. Here, we devise a strategy to help identify tumor-specific epitopes. Glypican 2 (GPC2) is overexpressed in neuroblastoma. Using RNA sequencing (RNA-seq) analysis, we show that exon 3 and exons 7-10 of GPC2 are expressed in cancer but are minimally expressed in normal tissues. Accordingly, we discover a monoclonal antibody (CT3) that binds exons 3 and 10 and visualize the complex structure of CT3 and GPC2 by electron microscopy. The potential of this approach is exemplified by designing CT3-derived chimeric antigen receptor (CAR) T cells that regress neuroblastoma in mice. Genomic sequencing of T cells recovered from mice reveals the CAR integration sites that may contribute to CAR T cell proliferation and persistence. These studies demonstrate how RNA-seq data can be exploited to help identify tumor-associated exons that can be targeted by CAR T cell therapies.
履歴
登録2021年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02021年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-25708
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glypican-2
B: CT3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,3622
ポリマ－108,3622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Glypican-2


分子量: 61002.066 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPC2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N158
#2: 抗体 CT3


分子量: 47359.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GPC2 HET CT3 complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.01 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: YES / 凍結: NO
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: A 3 uL aliquot containing ~0.01 mg/mL of the samples was applied for 20 s onto a carbon-coated 200 Cu mesh grid (Electron Microscopy Sciences, Protochips, Inc.) that had been glow discharged ...詳細: A 3 uL aliquot containing ~0.01 mg/mL of the samples was applied for 20 s onto a carbon-coated 200 Cu mesh grid (Electron Microscopy Sciences, Protochips, Inc.) that had been glow discharged at 30 mA for 30 s (Pelco easiGlow, Ted Pella, Inc.), then negatively stained with 0.7% (w/v) uranyl formate for 40 sec.
染色剤: uranyl formate
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 20
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 100000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / 実像数: 200
画像スキャン横: 2048 / 縦: 2048

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
10RELION3.08初期オイラー角割当
11RELION3.08最終オイラー角割当
12RELION3.08分類
13RELION3.08３次元再構成
CTF補正タイプ: NONE
粒子像の選択選択した粒子像数: 21000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 21000 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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