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- PDB-7t5m: Structure of HLA-A*02:01-FLPTPEELGLLGPPRPQVLA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7t5m
タイトルStructure of HLA-A*02:01-FLPTPEELGLLGPPRPQVLA complex
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • Interleukin-27 receptor subunit alpha
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA / long epitope / 20mer / T cell recognition
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of type 2 immune response / regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-27 receptor activity / positive regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of interleukin-17 production / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I ...negative regulation of T cell extravasation / negative regulation of T-helper 17 type immune response / negative regulation of type 2 immune response / regulation of isotype switching to IgG isotypes / interleukin-27 receptor activity / positive regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of interleukin-17 production / Interleukin-27 signaling / Interleukin-35 Signalling / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of interleukin-6 production / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / positive regulation of type II interferon production / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / negative regulation of neuron apoptotic process / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Fibronectin type 3 domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Fibronectin type-III domain profile. / Beta-2-Microglobulin ...: / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Fibronectin type 3 domain / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Fibronectin type-III domain profile. / Beta-2-Microglobulin / Fibronectin type III / : / Fibronectin type III superfamily / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-2-microglobulin / Interleukin-27 receptor subunit alpha / MHC class I antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.67 Å
データ登録者Gras, S.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1159272 オーストラリア
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2022
タイトル: Cutting Edge: Unconventional CD8 + T Cell Recognition of a Naturally Occurring HLA-A*02:01-Restricted 20mer Epitope.
著者: Meeuwsen, M.H. / Wouters, A.K. / Hagedoorn, R.S. / Kester, M.G.D. / Remst, D.F.G. / van der Steen, D.M. / de Ru, A. / van Veelen, P.A. / Rossjohn, J. / Gras, S. / Falkenburg, J.H.F. / Heemskerk, M.H.M.
履歴
登録2021年12月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
E: Interleukin-27 receptor subunit alpha
F: Interleukin-27 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,2099
ポリマ－92,0386
非ポリマー1713
水21,9421218
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
E: Interleukin-27 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,1665
ポリマ－46,0193
非ポリマー1462
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
2
C: MHC class I antigen
D: Beta-2-microglobulin
F: Interleukin-27 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0434
ポリマ－46,0193
非ポリマー241
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area19280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.178, 99.903, 135.464
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 32125.473 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q861F7
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 EF

#3: タンパク質・ペプチド Interleukin-27 receptor subunit alpha / IL-27 receptor subunit alpha / IL-27R subunit alpha / IL-27R-alpha / IL-27RA / Cytokine receptor ...IL-27 receptor subunit alpha / IL-27R subunit alpha / IL-27R-alpha / IL-27RA / Cytokine receptor WSX-1 / Cytokine receptor-like 1 / Type I T-cell cytokine receptor / TCCR / ZcytoR1


分子量: 2145.518 Da / 分子数: 2 / Fragment: residues 617-636 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6UWB1

-
非ポリマー , 3種, 1221分子

#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.12M Monosaccharides (D-Glucose; D-Mannose; D-Galactose; L-Fucose; D-Xylose; N-Acetyl-D-Glucosamine), 0.1M of Na-HEPES and MOPS buffer at pH 7.5, 20% W/V Glycerol and 10% W/V PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.954 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.67→48.74 Å / Num. obs: 111273 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.041 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.67→1.7 Å / Num. unique obs: 5154 / CC1/2: 0.72 / Rpim(I) all: 0.351

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GSO

3gso


解像度: 1.67→43.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.112 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.094
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 5546 4.99 %RANDOM
Rwork0.187 ---
obs0.188 111197 99.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 86.59 Å2 / Biso mean: 21.57 Å2 / Biso min: 4.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.9336 Å20 Å20 Å2
2---0.7927 Å20 Å2
3----0.1409 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.67→43.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6417 0 10 1222 7649
Biso mean--22.17 34.39 -
残基数----783
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2463SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1250HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7097HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion865SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9527SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d7097HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9717HARMONIC20.98
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.6
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.81
LS精密化 シェル解像度: 1.67→1.68 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 106 4.77 %
Rwork0.2449 2118 -
all0.2457 2224 -
obs--85.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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